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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用GROMACS 做protein-protein complex的一些问题
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新虫 (初入文坛)

[求助] 用GROMACS 做protein-protein complex的一些问题 已有3人参与

我想求教一下，用GROMACS做蛋白蛋白相互做用的时候那个另外一个蛋白的topol文件怎么处理？谢谢·~~
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1楼 2014-01-28 05:11:36
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smutao

禁虫 (著名写手)
★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-12 16:34:31
本帖内容被屏蔽
2楼2014-01-28 11:13:52
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QQ_Q_Q_QQ

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-12 16:34:36
用 #include '...itp'
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3楼2014-02-03 17:38:52
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彬哥

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 11:06:17
貌似不用对top文件处理，建立索引文件，对另一蛋白进行处理就行了！
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4楼2014-02-20 09:24:43
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yearzitian

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 彬哥 at 2014-02-20 09:24:43
貌似不用对top文件处理，建立索引文件，对另一蛋白进行处理就行了！

可以详细说明一下吗？本人最近也在研究蛋白-蛋白复合物动力学。思路是把两个蛋白合为一个蛋白，刚做到优化一步两个蛋白就分开了。
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好好向上，天天学习！
5楼2014-07-11 13:48:17
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