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793003946

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 45
帖子: 3
在线: 6.9小时
虫号: 780858
注册: 2009-05-27
专业: 理论和计算化学

[求助] 用GROMACS 做protein-protein complex的一些问题已有3人参与

我想求教一下，用GROMACS做蛋白蛋白相互做用的时候那个另外一个蛋白的topol文件怎么处理？谢谢·~~

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DS 2.5.0 操作问题已经有4人回复

1楼 2014-01-28 05:11:36

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smutao

禁虫 (著名写手)

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-12 16:34:31

本帖内容被屏蔽

2楼2014-01-28 11:13:52

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QQ_Q_Q_QQ

新虫 (正式写手)

应助: 20 (小学生)
金币: 668.7
红花: 5
帖子: 409
在线: 310.1小时
虫号: 2938954
注册: 2014-01-18

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-12 16:34:36

用 #include '...itp'

3楼2014-02-03 17:38:52

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彬哥

木虫 (小有名气)

应助: 5 (幼儿园)
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帖子: 157
在线: 79.9小时
虫号: 1469920
注册: 2011-10-31
专业: 计算机应用技术

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-20 11:06:17

貌似不用对top文件处理，建立索引文件，对另一蛋白进行处理就行了！

4楼2014-02-20 09:24:43

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yearzitian

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 138
帖子: 15
在线: 6小时
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注册: 2009-07-30
性别: MM
专业: 生物信息学

引用回帖:

4楼: Originally posted by 彬哥 at 2014-02-20 09:24:43
貌似不用对top文件处理，建立索引文件，对另一蛋白进行处理就行了！

可以详细说明一下吗？本人最近也在研究蛋白-蛋白复合物动力学。思路是把两个蛋白合为一个蛋白，刚做到优化一步两个蛋白就分开了。

好好向上，天天学习！

5楼2014-07-11 13:48:17

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