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ningll10

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我之前用VMD搭过,先做出小分子的PDB,然后复制小分子,根据需要的浓度调整小分子的间距,然后将小分子放入水盒子中,删除重叠的水,据说packmol搭结构更好
11楼2013-10-06 14:11:37
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小仆人

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

top file  自己制作, 按照其他top的模板, 改里面的东西就可以了

先用genbox 做一个水分子的盒子
再用genbox 插入你想插入的分子, 一切搞定
Jesus shall take the highest honor
12楼2013-10-07 08:52:25
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小仆人

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我看了你的语句,用genbox的时候 -cp  -ci 都是.gro  不是pdb

用两次genbox就可以一切搞定

GOOD LUCK ~
Jesus shall take the highest honor
13楼2013-10-07 08:55:28
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s6120610021

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
13楼: Originally posted by 小仆人 at 2013-10-07 08:55:28
我看了你的语句,用genbox的时候 -cp  -ci 都是.gro  不是pdb

用两次genbox就可以一切搞定

GOOD LUCK ~

您好,那先建立水模型,之后往里面添加溶剂,那么水是不是仍然在盒子里。加的溶剂需要之前构建gro模型么,谢谢您的指教,不胜感激。
14楼2013-12-11 20:26:45
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ronger1309

新虫 (初入文坛)

楼主,你的问题用gromacs添加混合溶剂的问题解决了吗?我现在也是初学者,和你前年一样,求指导啊!
15楼2015-04-10 16:05:11
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anoak

金虫 (初入文坛)

我也遇到这个问题了,我想加尿素,真心不知道怎么加,楼主解决了吗
趁年轻
16楼2017-08-18 16:54:18
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