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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 怎么用gromacs模拟混合溶剂？跪求大牛指导。。。
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ningll10

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我之前用VMD搭过，先做出小分子的PDB，然后复制小分子，根据需要的浓度调整小分子的间距，然后将小分子放入水盒子中，删除重叠的水，据说packmol搭结构更好
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11楼2013-10-06 14:11:37
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小仆人

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

top file  自己制作， 按照其他top的模板， 改里面的东西就可以了

先用genbox 做一个水分子的盒子
再用genbox 插入你想插入的分子， 一切搞定
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Jesus shall take the highest honor
12楼2013-10-07 08:52:25
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小仆人

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

我看了你的语句，用genbox的时候 -cp  -ci 都是.gro  不是pdb

用两次genbox就可以一切搞定

GOOD LUCK ~
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Jesus shall take the highest honor
13楼2013-10-07 08:55:28
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s6120610021

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 小仆人 at 2013-10-07 08:55:28
我看了你的语句，用genbox的时候 -cp  -ci 都是.gro  不是pdb

用两次genbox就可以一切搞定

GOOD LUCK ~

您好，那先建立水模型，之后往里面添加溶剂，那么水是不是仍然在盒子里。加的溶剂需要之前构建gro模型么，谢谢您的指教，不胜感激。
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14楼2013-12-11 20:26:45
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ronger1309

新虫 (初入文坛)
楼主，你的问题用gromacs添加混合溶剂的问题解决了吗？我现在也是初学者，和你前年一样，求指导啊！
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15楼2015-04-10 16:05:11
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anoak

金虫 (初入文坛)
我也遇到这个问题了，我想加尿素，真心不知道怎么加，楼主解决了吗
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趁年轻
16楼2017-08-18 16:54:18
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