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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 怎么用gromacs模拟混合溶剂？跪求大牛指导。。。
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eastlife

禁虫 (初入文坛)
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1楼2013-08-27 15:45:46
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s6120610021

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by 小仆人 at 2013-10-07 08:55:28
我看了你的语句，用genbox的时候 -cp  -ci 都是.gro  不是pdb

用两次genbox就可以一切搞定

GOOD LUCK ~

您好，那先建立水模型，之后往里面添加溶剂，那么水是不是仍然在盒子里。加的溶剂需要之前构建gro模型么，谢谢您的指教，不胜感激。
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14楼2013-12-11 20:26:45
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1、不知道语句怎么编写 ，你应该去仔细阅读手册啊。
2、据我所知，没有自带的“醇、乙醇、尿素的结构”，不过这些小分子你可以直接找到他们的PDB 文件和力场参数，具体的混合你可以试试packmol，一个很小但是很好用的建模软件
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2楼2013-08-27 15:58:05
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
溶剂分子一个一个加就是了:
1. 做出水箱
2. 向水箱里插入一种溶剂
3. 再向2所得溶液插入另一种溶剂
.....
genbox有-i选项
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3楼2013-08-28 08:00:49
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eastlife

禁虫 (初入文坛)
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4楼2013-08-28 21:54:51
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