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eastlife

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saabx

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jerkwin at 2013-08-28 08:00:49
溶剂分子一个一个加就是了:
1. 做出水箱
2. 向水箱里插入一种溶剂
3. 再向2所得溶液插入另一种溶剂
.....
genbox有-i选项

您意思是不是算出水盒子的大小,然后按照计算的结果计算需要多少A(溶剂)分子和B(溶剂)分子,然后再放入盒子里进行模拟?
8楼2013-08-30 09:40:50
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
1、不知道语句怎么编写 ,你应该去仔细阅读手册啊。
2、据我所知,没有自带的“醇、乙醇、尿素的结构”,不过这些小分子你可以直接找到他们的PDB 文件和力场参数,具体的混合你可以试试packmol,一个很小但是很好用的建模软件
2楼2013-08-27 15:58:05
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
溶剂分子一个一个加就是了:
1. 做出水箱
2. 向水箱里插入一种溶剂
3. 再向2所得溶液插入另一种溶剂
.....
genbox有-i选项
3楼2013-08-28 08:00:49
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eastlife

禁虫 (初入文坛)

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4楼2013-08-28 21:54:51
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