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eastlife

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1楼 2013-08-27 15:45:46
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by eastlife at 2013-08-28 22:00:28
按照教程里面genbox添加溶剂
先添加水箱
genbox -cp fws.pdb -cs spc216.gro -o fws-4.pdb -p fws.top
再添加甲醇
genbox -cp fws.pdb -ci methanol.pdb -nmol 6 -o fws-4.pdb -p fws.top
(先在fws.pdb中添加 ...

genbox只用来创建构型, 不要用它做其他的
top文件需要你自己去合并, 不要用genbox来做
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6楼2013-08-29 07:35:18
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
1、不知道语句怎么编写 ，你应该去仔细阅读手册啊。
2、据我所知，没有自带的“醇、乙醇、尿素的结构”，不过这些小分子你可以直接找到他们的PDB 文件和力场参数，具体的混合你可以试试packmol，一个很小但是很好用的建模软件
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2楼2013-08-27 15:58:05
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jerkwin

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
溶剂分子一个一个加就是了:
1. 做出水箱
2. 向水箱里插入一种溶剂
3. 再向2所得溶液插入另一种溶剂
.....
genbox有-i选项
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3楼2013-08-28 08:00:49
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eastlife

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4楼2013-08-28 21:54:51
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