24小时热门版块排行榜    

查看: 3030  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

patent

至尊木虫 (正式写手)


[交流] 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs

俺用gromacs作蛋白质的动力学,把蛋白质放进盒子里,再加水

但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水,有一半是空的,水也没有全部在盒子里,有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分),这是为什么呢?与周期性边界有关吗?这样对模拟结果有影响吗?怎样才能使整个盒子充满水?
加盒子命令为:editconf -bt dodecahedron -f trp.gro -o trp.gro -c -d 1.0

谢谢!!!


[ Last edited by patent on 2011-3-9 at 09:35 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

» 抢金币啦!回帖就可以得到:

查看全部散金贴

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

背包旅客

新虫 (初入文坛)


引用回帖:
3楼: Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-11 03:05:45
没有关系的,因为你选的是dodecahedron,vmd默认是显示不出真实情况的,实际上你的蛋白在盒子中央,而且充满水。接着做就是了...

大神!!!
7楼2015-01-16 15:33:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

shengxiang

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-09 14:04:50
patent(金币+10): 谢谢 2011-03-13 17:52:18
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-11 21:05:58
在你将蛋白质加入盒子之后,最好将其移动到盒子中心,可以通过editconf -f **.gro -translate a b c -o **.gro (表示向xyz方向分别移动a b c nm)来实现,然后你再加水试试,另外,我认为最好是将蛋白质都置于水环境中,还有就是由于存在周期边界条件,是不是你的盒子应该大一点从而避免周期边界条件产生的影响呢~
2楼2011-03-09 09:33:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)


★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-11 11:57:38
patent(金币+10): Thank You 2011-03-13 17:52:53
引用回帖:
Originally posted by patent at 2011-03-09 08:47:47:
俺用gromacs作蛋白质的动力学,把蛋白质放进盒子里,再加水

但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水,有一半是空的,水也没有全部在盒子里,有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分),这是 ...

没有关系的,因为你选的是dodecahedron,vmd默认是显示不出真实情况的,实际上你的蛋白在盒子中央,而且充满水。接着做就是了
3楼2011-03-11 03:05:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-11 03:05:45:
没有关系的,因为你选的是dodecahedron,vmd默认是显示不出真实情况的,实际上你的蛋白在盒子中央,而且充满水。接着做就是了

弱问一下什么是dodecahedron
5楼2011-03-11 09:54:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 328求调剂,英语六级551,有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-16 8/400 2026-03-17 19:03 by Wangjingyue
[考研] 070300化学319求调剂 +4 锦鲤0909 2026-03-17 4/200 2026-03-17 18:21 by 重科小霸王
[考研] 344求调剂 +4 knight344 2026-03-16 4/200 2026-03-17 17:27 by ruiyingmiao
[考研] 293求调剂 +6 世界首富 2026-03-11 6/300 2026-03-17 17:04 by ruiyingmiao
[考研] 0854可跨调剂,一作一项核心论文五项专利,省、国级证书40+数一英一287 +3 小李0854 2026-03-16 3/150 2026-03-17 13:40 by 热情沙漠
[考研] 211本,11408一志愿中科院277分,曾在中科院自动化所实习 +6 Losir 2026-03-12 7/350 2026-03-17 12:09 by danranxie
[考研] 283求调剂 +3 听风就是雨; 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:41 by 热情沙漠
[考研] 一志愿211 0703方向310分求调剂 +3 努力奋斗112 2026-03-15 3/150 2026-03-16 16:44 by houyaoxu
[考研] 321求调剂 +5 大米饭! 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +3 自由煎饼果子 2026-03-16 3/150 2026-03-16 14:10 by 运气yunqi
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[考研] 求材料调剂 +5 隔壁陈先生 2026-03-12 5/250 2026-03-13 22:03 by 星空星月
[考研] [0860]321分求调剂,ab区皆可 +4 宝贵热 2026-03-13 4/200 2026-03-13 22:01 by 星空星月
[考研] 材料工程调剂 +4 咪咪空空 2026-03-11 4/200 2026-03-13 19:57 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-12 5/250 2026-03-13 18:31 by ms629
[考研] 314求调剂 +7 无懈可击的巨人 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:40 by JourneyLucky
[考研] 290求调剂 +7 ADT 2026-03-12 7/350 2026-03-13 15:17 by JourneyLucky
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。,。,。,。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 283求调剂,材料、化工皆可 +8 苏打水7777 2026-03-11 10/500 2026-03-13 09:06 by Linda Hu
[考博] 2026年博士申请 +3 QwQwQW10 2026-03-11 3/150 2026-03-12 17:58 by gxch43
信息提示
请填处理意见