应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs
51/1返回列表
查看: 3447  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

patent

至尊木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs

俺用gromacs作蛋白质的动力学，把蛋白质放进盒子里，再加水

但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水，有一半是空的，水也没有全部在盒子里，有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分)，这是为什么呢？与周期性边界有关吗？这样对模拟结果有影响吗？怎样才能使整个盒子充满水？
加盒子命令为：editconf -bt dodecahedron -f trp.gro -o trp.gro -c -d 1.0

谢谢!!!


[ Last edited by patent on 2011-3-9 at 09:35 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-03-09 08:47:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-11 11:57:38
patent(金币+10): Thank You 2011-03-13 17:52:53
引用回帖:
Originally posted by patent at 2011-03-09 08:47:47:
俺用gromacs作蛋白质的动力学，把蛋白质放进盒子里，再加水

但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水，有一半是空的，水也没有全部在盒子里，有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分)，这是 ...

没有关系的，因为你选的是dodecahedron，vmd默认是显示不出真实情况的，实际上你的蛋白在盒子中央，而且充满水。接着做就是了
赞一下(4人) 回复此楼
3楼2011-03-11 03:05:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

shengxiang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-09 14:04:50
patent(金币+10): 谢谢 2011-03-13 17:52:18
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-11 21:05:58
在你将蛋白质加入盒子之后，最好将其移动到盒子中心，可以通过editconf -f **.gro -translate a b c -o **.gro （表示向xyz方向分别移动a b c nm）来实现，然后你再加水试试，另外，我认为最好是将蛋白质都置于水环境中，还有就是由于存在周期边界条件，是不是你的盒子应该大一点从而避免周期边界条件产生的影响呢~
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-03-09 09:33:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-11 03:05:45:
没有关系的，因为你选的是dodecahedron，vmd默认是显示不出真实情况的，实际上你的蛋白在盒子中央，而且充满水。接着做就是了

弱问一下什么是dodecahedron
赞一下 回复此楼
5楼2011-03-11 09:54:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

patent

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-11 09:54:07:
弱问一下什么是dodecahedron

等边十二面体

这样的盒子接近于球体，体积小，可以减少计算量

[ Last edited by patent on 2011-3-11 at 10:03 ]
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-03-11 10:02:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +37 医学老男孩 2026-08-13 86/4300 2026-08-18 00:18 by longsantaizi
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +8 wangze12014 2026-08-14 10/500 2026-08-17 17:05 by xter9665
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +4 基诺咪客 2026-08-17 4/200 2026-08-17 16:10 by Vivilian
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +13 archvillain 2026-08-15 25/1250 2026-08-16 20:13 by zhaosm1982
[基金申请] 2027广东省杰青 +3 奶牛小黑 2026-08-15 6/300 2026-08-16 20:07 by 奶牛小黑
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +7 启萌科技 2026-08-12 26/1300 2026-08-16 12:35 by 启萌科技
[基金申请] 有时候，自然基金真的不能太认真 （我的申报经验） +10 majunge000 2026-08-11 12/600 2026-08-16 08:18 by xli1984
[精细化工] 招聘 金属平磨液，抛光液研发工程师 +3 小天0311 2026-08-14 3/150 2026-08-16 07:31 by H9PLUS
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 是这周出结果还是下周出结果？ +4 yuleib84 2026-08-11 4/200 2026-08-14 23:05 by lfy8008
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 分享一下我之前已中青C的计划书的filecode +4 布布和一二 2026-08-11 5/250 2026-08-13 12:56 by cratir
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 2019年青年基金涵评意见，大家看看几个A，几个B? +11 Tide man 2026-08-11 11/550 2026-08-13 07:35 by 撸猫猫
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭