应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs
51/1返回列表
查看: 3023  |  回复: 6
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

patent

至尊木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs

俺用gromacs作蛋白质的动力学，把蛋白质放进盒子里，再加水

但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水，有一半是空的，水也没有全部在盒子里，有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分)，这是为什么呢？与周期性边界有关吗？这样对模拟结果有影响吗？怎样才能使整个盒子充满水？
加盒子命令为：editconf -bt dodecahedron -f trp.gro -o trp.gro -c -d 1.0

谢谢!!!


[ Last edited by patent on 2011-3-9 at 09:35 ]
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

xuexijisuan

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-03-09 08:47:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-11 11:57:38
patent(金币+10): Thank You 2011-03-13 17:52:53
引用回帖:
Originally posted by patent at 2011-03-09 08:47:47:
俺用gromacs作蛋白质的动力学，把蛋白质放进盒子里，再加水

但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水，有一半是空的，水也没有全部在盒子里，有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分)，这是 ...

没有关系的，因为你选的是dodecahedron，vmd默认是显示不出真实情况的，实际上你的蛋白在盒子中央，而且充满水。接着做就是了
赞一下(4人) 回复此楼
3楼2011-03-11 03:05:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

shengxiang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-09 14:04:50
patent(金币+10): 谢谢 2011-03-13 17:52:18
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-11 21:05:58
在你将蛋白质加入盒子之后，最好将其移动到盒子中心，可以通过editconf -f **.gro -translate a b c -o **.gro （表示向xyz方向分别移动a b c nm）来实现，然后你再加水试试，另外，我认为最好是将蛋白质都置于水环境中，还有就是由于存在周期边界条件，是不是你的盒子应该大一点从而避免周期边界条件产生的影响呢~
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-03-09 09:33:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-11 03:05:45:
没有关系的，因为你选的是dodecahedron，vmd默认是显示不出真实情况的，实际上你的蛋白在盒子中央，而且充满水。接着做就是了

弱问一下什么是dodecahedron
赞一下 回复此楼
5楼2011-03-11 09:54:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

patent

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-11 09:54:07:
弱问一下什么是dodecahedron

等边十二面体

这样的盒子接近于球体，体积小，可以减少计算量

[ Last edited by patent on 2011-3-11 at 10:03 ]
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-03-11 10:02:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 26申博 +4 八旬速览 2026-03-16 4/200 2026-03-17 13:00 by 轻松不少随
[考研] 275求调剂 +4 太阳花天天开心 2026-03-16 4/200 2026-03-17 10:53 by 功夫疯狂
[论文投稿] 有没有大佬发小论文能带我个二作 +3 增锐漏人 2026-03-17 4/200 2026-03-17 09:26 by xs74101122
[考研] 08工科 320总分 求调剂 +3 梨花珞晚风 2026-03-17 3/150 2026-03-17 09:04 by 晗晗调剂上岸
[考研] 301求调剂 +3 A_JiXing 2026-03-16 3/150 2026-03-17 08:21 by 无际的草原
[考研] 一志愿，福州大学材料专硕339分求调剂 +3 木子momo青争 2026-03-15 3/150 2026-03-17 07:52 by laoshidan
[考研] 11408 一志愿西电，277分求调剂 +3 zhouzhen654 2026-03-16 3/150 2026-03-17 07:03 by laoshidan
[考研] 东南大学364求调剂 +5 JasonYuiui 2026-03-15 5/250 2026-03-16 21:28 by 木瓜膏
[考研] 药学383 求调剂 +3 药学chy 2026-03-15 4/200 2026-03-16 20:51 by 元子^0^
[考研] 328求调剂，英语六级551，有科研经历 +3 生物工程调剂 2026-03-16 4/200 2026-03-16 20:13 by Wangjingyue
[考研] 321求调剂 +5 大米饭！ 2026-03-15 5/250 2026-03-16 16:33 by houyaoxu
[考研] 材料与化工求调剂 +3 为学666 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:09 by 加号+
[考研] 材料与化工专硕调剂 +3 heming3743 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:05 by peike
[考研] 311求调剂 +6 冬十三 2026-03-15 6/300 2026-03-16 08:00 by wang_dand
[考研] 22408总分284求调剂 +3 InAspic 2026-03-13 3/150 2026-03-15 11:10 by zhq0425
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 【0703化学调剂】-一志愿华中师范大学-六级475 +5 Becho359 2026-03-11 5/250 2026-03-14 11:35 by 哦哦123
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +6 步川酷紫123 2026-03-13 6/300 2026-03-13 21:59 by 星空星月
[考研] 0703化学求调剂 +7 绿豆芹菜汤 2026-03-12 7/350 2026-03-13 17:25 by njzyff
[考博] 26申博求助 +3 跳跃饼干 2026-03-10 4/200 2026-03-10 21:15 by Tntcnn
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭