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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs
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至尊木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs

俺用gromacs作蛋白质的动力学，把蛋白质放进盒子里，再加水

但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水，有一半是空的，水也没有全部在盒子里，有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分)，这是为什么呢？与周期性边界有关吗？这样对模拟结果有影响吗？怎样才能使整个盒子充满水？
加盒子命令为：editconf -bt dodecahedron -f trp.gro -o trp.gro -c -d 1.0

谢谢!!!


[ Last edited by patent on 2011-3-9 at 09:35 ]
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1楼2011-03-09 08:47:47
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shengxiang

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-09 14:04:50
patent(金币+10): 谢谢 2011-03-13 17:52:18
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-11 21:05:58
在你将蛋白质加入盒子之后，最好将其移动到盒子中心，可以通过editconf -f **.gro -translate a b c -o **.gro （表示向xyz方向分别移动a b c nm）来实现，然后你再加水试试，另外，我认为最好是将蛋白质都置于水环境中，还有就是由于存在周期边界条件，是不是你的盒子应该大一点从而避免周期边界条件产生的影响呢~
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2楼2011-03-09 09:33:58
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-11 11:57:38
patent(金币+10): Thank You 2011-03-13 17:52:53
引用回帖:
Originally posted by patent at 2011-03-09 08:47:47:
俺用gromacs作蛋白质的动力学，把蛋白质放进盒子里，再加水

但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水，有一半是空的，水也没有全部在盒子里，有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分)，这是 ...

没有关系的，因为你选的是dodecahedron，vmd默认是显示不出真实情况的，实际上你的蛋白在盒子中央，而且充满水。接着做就是了
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3楼2011-03-11 03:05:45
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591551904

木虫 (小有名气)
学习了
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4楼2011-03-11 09:25:36
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ruthxu

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-11 03:05:45:
没有关系的，因为你选的是dodecahedron，vmd默认是显示不出真实情况的，实际上你的蛋白在盒子中央，而且充满水。接着做就是了

弱问一下什么是dodecahedron
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5楼2011-03-11 09:54:07
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patent

至尊木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-11 09:54:07:
弱问一下什么是dodecahedron

等边十二面体

这样的盒子接近于球体，体积小，可以减少计算量

[ Last edited by patent on 2011-3-11 at 10:03 ]
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6楼2011-03-11 10:02:03
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背包旅客

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-11 03:05:45
没有关系的，因为你选的是dodecahedron，vmd默认是显示不出真实情况的，实际上你的蛋白在盒子中央，而且充满水。接着做就是了...

大神！！！
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7楼2015-01-16 15:33:20
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