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patent

至尊木虫 (正式写手)


[交流] 【求助】怎样才能使整个盒子充满水,用gromacs

俺用gromacs作蛋白质的动力学,把蛋白质放进盒子里,再加水

但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水,有一半是空的,水也没有全部在盒子里,有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分),这是为什么呢?与周期性边界有关吗?这样对模拟结果有影响吗?怎样才能使整个盒子充满水?
加盒子命令为:editconf -bt dodecahedron -f trp.gro -o trp.gro -c -d 1.0

谢谢!!!


[ Last edited by patent on 2011-3-9 at 09:35 ]
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ruthxu

金虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by hhwinhuanghe at 2011-03-11 03:05:45:
没有关系的,因为你选的是dodecahedron,vmd默认是显示不出真实情况的,实际上你的蛋白在盒子中央,而且充满水。接着做就是了

弱问一下什么是dodecahedron
5楼2011-03-11 09:54:07
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查看全部 7 个回答

shengxiang

木虫 (著名写手)


★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-09 14:04:50
patent(金币+10): 谢谢 2011-03-13 17:52:18
jiaoyixiong: 回帖置顶 2011-12-11 21:05:58
在你将蛋白质加入盒子之后,最好将其移动到盒子中心,可以通过editconf -f **.gro -translate a b c -o **.gro (表示向xyz方向分别移动a b c nm)来实现,然后你再加水试试,另外,我认为最好是将蛋白质都置于水环境中,还有就是由于存在周期边界条件,是不是你的盒子应该大一点从而避免周期边界条件产生的影响呢~
2楼2011-03-09 09:33:58
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hhwinhuanghe

木虫 (小有名气)


★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-11 11:57:38
patent(金币+10): Thank You 2011-03-13 17:52:53
引用回帖:
Originally posted by patent at 2011-03-09 08:47:47:
俺用gromacs作蛋白质的动力学,把蛋白质放进盒子里,再加水

但用VMD查看时发现整个盒子并没有充满水,有一半是空的,水也没有全部在盒子里,有一半在盒子外面。且蛋白质的一部分在水的外面(图中圆圈部分),这是 ...

没有关系的,因为你选的是dodecahedron,vmd默认是显示不出真实情况的,实际上你的蛋白在盒子中央,而且充满水。接着做就是了
3楼2011-03-11 03:05:45
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patent

至尊木虫 (正式写手)


引用回帖:
Originally posted by ruthxu at 2011-03-11 09:54:07:
弱问一下什么是dodecahedron

等边十二面体

这样的盒子接近于球体,体积小,可以减少计算量

[ Last edited by patent on 2011-3-11 at 10:03 ]
6楼2011-03-11 10:02:03
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