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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs里关于设定水盒子形状的问题？？
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] Gromacs里关于设定水盒子形状的问题？？ 已有1人参与

Gromacs在周期性边界条件设定那一步，需要设定水盒子的形状，-bt参数设定，可以设定立方体，八面体，十二面体。我想请教一下，选择这几个形状有什么讲究吗？？或者说，选哪一个形状更好些，对于后面的模拟来说，更精确一些。note:我的体系就是模拟一个蛋白分子在溶液中。感谢！！
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1楼 2014-06-09 00:16:07
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:31:18
没啥区别，只是计算量的大小

[ 发自小木虫客户端 ]
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走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
2楼2014-06-09 01:43:50
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
但是，我看NMR上面的例子有说，选择rhombic dodecahedron，因为其对应最优堆积空间，因此是自由旋转原子的最佳选择。对这句话不是很理解。。
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3楼2014-06-09 11:44:32
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
或者说，什么样的体系或者情况下选择立方体，什么样的体系选择八面体或者十二面体？？？
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4楼2014-06-09 11:46:14
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:31:23
zhangmao511: 金币+5, ★有帮助, 不错。。 2014-06-22 23:03:34
对称性好的分子，当然要选对应对称性高的八面体，十二面体喽，如果你是个柱状分子，当然六面体最好，球状就随便了，只是同等buffer下，六面体内含溶剂分子最多，计算量大。
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走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
5楼2014-06-09 14:17:42
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)
你说的六面体指的是triclinic和cubic吧？我的蛋白分子主体结构正好就是一个β桶形的，也就是桶状结构。那你说，我是选triclinic，还是cubic呢？？
triclinic默认是长方体吧？
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6楼2014-06-09 22:21:43
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李宝玉子

新虫 (初入文坛)
菱形十二面体吧，在同一周期距离下，其体积为立方体的71%，可以减少加入的水分子数。
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7楼2014-07-05 12:24:28
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tone鹅

新虫 (初入文坛)
我做的实例里说菱形12面体好，减少加入水分子数，计算量少一点。
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8楼2014-08-21 15:33:05
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