24小时热门版块排行榜    

查看: 2835  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] Gromacs里关于设定水盒子形状的问题?? 已有1人参与

Gromacs在周期性边界条件设定那一步,需要设定水盒子的形状,-bt参数设定,可以设定立方体,八面体,十二面体。我想请教一下,选择这几个形状有什么讲究吗??或者说,选哪一个形状更好些,对于后面的模拟来说,更精确一些。note:我的体系就是模拟一个蛋白分子在溶液中。感谢!!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

但是,我看NMR上面的例子有说,选择rhombic dodecahedron,因为其对应最优堆积空间,因此是自由旋转原子的最佳选择。对这句话不是很理解。。
3楼2014-06-09 11:44:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:31:18
没啥区别,只是计算量的大小

[ 发自小木虫客户端 ]
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
2楼2014-06-09 01:43:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

或者说,什么样的体系或者情况下选择立方体,什么样的体系选择八面体或者十二面体???
4楼2014-06-09 11:46:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:31:23
zhangmao511: 金币+5, 有帮助, 不错。。 2014-06-22 23:03:34
对称性好的分子,当然要选对应对称性高的八面体,十二面体喽,如果你是个柱状分子,当然六面体最好,球状就随便了,只是同等buffer下,六面体内含溶剂分子最多,计算量大。
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
5楼2014-06-09 14:17:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 275求调剂 +7 明远求学 2026-03-01 7/350 2026-03-02 19:22 by zhukairuo
[考博] 26超级电容器申博 +3 dhdjdjend 2026-02-25 3/150 2026-03-02 19:21 by 轻松不少随
[考研] 289求调剂 +8 yang婷 2026-03-02 9/450 2026-03-02 19:08 by zhukairuo
[考研] 268求调剂 +3 好运连绵不绝 2026-03-02 3/150 2026-03-02 19:05 by zhukairuo
[考研] 中国科学技术大学材料与化工281求调剂,有科研和获奖经历 +4 wsxw 2026-03-02 4/200 2026-03-02 18:43 by caszguilin
[考研] 一志愿山东大学材料与化工325求调剂 +5 半截的诗0927 2026-03-02 5/250 2026-03-02 18:37 by 明亮9527
[考研] 环境调剂 +3 chenhanheng 2026-03-02 3/150 2026-03-02 17:37 by houyaoxu
[考研] 一志愿东北大学化学314分求调剂 +3 lr1212.. 2026-03-02 3/150 2026-03-02 17:36 by yeahyou
[考研] 338求调剂 +3 18162027187 2026-03-02 3/150 2026-03-02 13:12 by houyaoxu
[考研] 哈工大计算机刘劼团队招生 +4 hit_aiot 2026-03-01 6/300 2026-03-02 11:53 by 一声问好
[考研] 0856材料调剂 +4 沿岸有贝壳OUC 2026-03-02 4/200 2026-03-02 10:19 by 公瑾逍遥
[考研] 材料学调剂 +10 提神豆沙包 2026-02-28 12/600 2026-03-02 09:26 by 李老师!
[考研] 材料工程269求调剂 +3 白刺玫 2026-03-02 3/150 2026-03-02 09:25 by 一休哥FU
[基金申请] 成果系统访问量大,请一小时后再尝试。---NSFC啥时候好哦,已经两天这样了 +4 NSFC2026我来了 2026-02-28 4/200 2026-03-01 22:37 by 铁门栓
[考研] 272求调剂 +6 田智友 2026-02-28 6/300 2026-03-01 21:40 by 公瑾逍遥
[考研] 321求调剂一志愿东北林业大学材料与化工英二数二 +4 虫虫虫虫虫7 2026-03-01 7/350 2026-03-01 16:52 by caszguilin
[考研] 313求调剂 +3 水流年lc 2026-02-28 3/150 2026-03-01 16:01 by 新能源达人
[考研] 307求调剂 +5 wyyyqx 2026-03-01 5/250 2026-03-01 15:21 by Fff-1
[考研] 317一志愿华南理工电气工程求调剂 +6 Soliloquy_Q 2026-02-28 11/550 2026-03-01 11:14 by 歌liekkas
[高分子] 求环氧树脂研发1名 +3 孙xc 2026-02-25 11/550 2026-02-28 16:57 by ichall
信息提示
请填处理意见