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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] Gromacs里关于设定水盒子形状的问题?? 已有1人参与

Gromacs在周期性边界条件设定那一步,需要设定水盒子的形状,-bt参数设定,可以设定立方体,八面体,十二面体。我想请教一下,选择这几个形状有什么讲究吗??或者说,选哪一个形状更好些,对于后面的模拟来说,更精确一些。note:我的体系就是模拟一个蛋白分子在溶液中。感谢!!
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:31:18
没啥区别,只是计算量的大小

[ 发自小木虫客户端 ]
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
2楼2014-06-09 01:43:50
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

但是,我看NMR上面的例子有说,选择rhombic dodecahedron,因为其对应最优堆积空间,因此是自由旋转原子的最佳选择。对这句话不是很理解。。
3楼2014-06-09 11:44:32
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

或者说,什么样的体系或者情况下选择立方体,什么样的体系选择八面体或者十二面体???
4楼2014-06-09 11:46:14
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:31:23
zhangmao511: 金币+5, 有帮助, 不错。。 2014-06-22 23:03:34
对称性好的分子,当然要选对应对称性高的八面体,十二面体喽,如果你是个柱状分子,当然六面体最好,球状就随便了,只是同等buffer下,六面体内含溶剂分子最多,计算量大。
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
5楼2014-06-09 14:17:42
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

你说的六面体指的是triclinic和cubic吧?我的蛋白分子主体结构正好就是一个β桶形的,也就是桶状结构。那你说,我是选triclinic,还是cubic呢??
triclinic默认是长方体吧?
6楼2014-06-09 22:21:43
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李宝玉子

新虫 (初入文坛)

菱形十二面体吧,在同一周期距离下,其体积为立方体的71%,可以减少加入的水分子数。
7楼2014-07-05 12:24:28
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tone鹅

新虫 (初入文坛)

我做的实例里说菱形12面体好,减少加入水分子数,计算量少一点。
8楼2014-08-21 15:33:05
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