应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Gromacs里关于设定水盒子形状的问题？？
81/1返回列表
查看: 2851  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] Gromacs里关于设定水盒子形状的问题？？ 已有1人参与

Gromacs在周期性边界条件设定那一步，需要设定水盒子的形状，-bt参数设定，可以设定立方体，八面体，十二面体。我想请教一下，选择这几个形状有什么讲究吗？？或者说，选哪一个形状更好些，对于后面的模拟来说，更精确一些。note:我的体系就是模拟一个蛋白分子在溶液中。感谢！！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-06-09 00:16:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:31:18
没啥区别，只是计算量的大小

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
2楼2014-06-09 01:43:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)
但是，我看NMR上面的例子有说，选择rhombic dodecahedron，因为其对应最优堆积空间，因此是自由旋转原子的最佳选择。对这句话不是很理解。。
赞一下 回复此楼
3楼2014-06-09 11:44:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)
或者说，什么样的体系或者情况下选择立方体，什么样的体系选择八面体或者十二面体？？？
赞一下 回复此楼
4楼2014-06-09 11:46:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:31:23
zhangmao511: 金币+5, ★有帮助, 不错。。 2014-06-22 23:03:34
对称性好的分子，当然要选对应对称性高的八面体，十二面体喽，如果你是个柱状分子，当然六面体最好，球状就随便了，只是同等buffer下，六面体内含溶剂分子最多，计算量大。
赞一下 回复此楼
走马行酒醴，驱车布鱼肉~——咦，我的酒呢？
5楼2014-06-09 14:17:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)
你说的六面体指的是triclinic和cubic吧？我的蛋白分子主体结构正好就是一个β桶形的，也就是桶状结构。那你说，我是选triclinic，还是cubic呢？？
triclinic默认是长方体吧？
赞一下 回复此楼
6楼2014-06-09 22:21:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

李宝玉子

新虫 (初入文坛)
菱形十二面体吧，在同一周期距离下，其体积为立方体的71%，可以减少加入的水分子数。
赞一下 回复此楼
7楼2014-07-05 12:24:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tone鹅

新虫 (初入文坛)
我做的实例里说菱形12面体好，减少加入水分子数，计算量少一点。
赞一下 回复此楼
8楼2014-08-21 15:33:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 zhangmao511 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 323求调剂 +6 洼小桶 2026-03-18 6/300 2026-03-23 00:29 by king123！
[考研] 277材料科学与工程080500求调剂 +7 自由煎饼果子 2026-03-16 7/350 2026-03-22 22:40 by ACS Nano——
[考研] 一志愿上海交大生物与医药专硕324分，求调剂 +3 jiajunX 2026-03-22 3/150 2026-03-22 19:32 by brblmd
[考研] 287求调剂 +8 晨昏线与星海 2026-03-19 9/450 2026-03-22 17:01 by i_cooler
[考研] 寻找调剂 +4 倔强芒? 2026-03-21 4/200 2026-03-22 16:14 by 木托莫露露
[考研] 298求调剂一志愿211 +3 上岸6666@ 2026-03-20 3/150 2026-03-22 15:50 by ColorlessPI
[考研] 材料学硕333求调剂 +3 北道巷 2026-03-18 3/150 2026-03-21 18:17 by 学员8dgXkO
[考研] 0703化学297求调剂 +3 Daisy☆ 2026-03-20 3/150 2026-03-21 17:45 by ColorlessPI
[考研] 265求调剂 +12 梁梁校校 2026-03-19 14/700 2026-03-21 13:38 by lature00
[考研] 材料学学硕080502 337求调剂-一志愿华中科技大学 +4 顺顺顺mr 2026-03-18 5/250 2026-03-21 10:22 by luoyongfeng
[考研] 324分 085600材料化工求调剂 +4 llllkkkhh 2026-03-18 4/200 2026-03-21 01:24 by JourneyLucky
[考研] 304求调剂 +6 曼殊2266 2026-03-18 6/300 2026-03-21 00:32 by JourneyLucky
[考研] 295求调剂 +4 一志愿京区211 2026-03-18 6/300 2026-03-20 23:41 by JourneyLucky
[考研] 288求调剂 +16 于海海海海 2026-03-19 16/800 2026-03-20 22:28 by JourneyLucky
[考研] 一志愿西南交通 专硕 材料355 本科双非 求调剂 +5 西南交通专材355 2026-03-19 5/250 2026-03-20 21:10 by JourneyLucky
[考研] 求调剂 +3 eation27 2026-03-20 3/150 2026-03-20 19:32 by JourneyLucky
[考研] 081700化工学硕调剂 +3 【1】 2026-03-16 3/150 2026-03-19 23:40 by edmund7
[考研] 【同济软件】软件（085405）考研求调剂 +3 2026eternal 2026-03-18 3/150 2026-03-18 19:09 by 搏击518
[考研] 材料专硕306英一数二 +10 z1z2z3879 2026-03-16 13/650 2026-03-18 14:20 by 007_lilei
[考研] 考研求调剂 +3 橘颂. 2026-03-17 4/200 2026-03-17 21:43 by 有只狸奴
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭