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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] Gromacs里关于设定水盒子形状的问题?? 已有1人参与

Gromacs在周期性边界条件设定那一步,需要设定水盒子的形状,-bt参数设定,可以设定立方体,八面体,十二面体。我想请教一下,选择这几个形状有什么讲究吗??或者说,选哪一个形状更好些,对于后面的模拟来说,更精确一些。note:我的体系就是模拟一个蛋白分子在溶液中。感谢!!
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李宝玉子

新虫 (初入文坛)

菱形十二面体吧,在同一周期距离下,其体积为立方体的71%,可以减少加入的水分子数。
7楼2014-07-05 12:24:28
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iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:31:18
没啥区别,只是计算量的大小

[ 发自小木虫客户端 ]
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
2楼2014-06-09 01:43:50
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

但是,我看NMR上面的例子有说,选择rhombic dodecahedron,因为其对应最优堆积空间,因此是自由旋转原子的最佳选择。对这句话不是很理解。。
3楼2014-06-09 11:44:32
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zhangmao511

铁虫 (小有名气)

或者说,什么样的体系或者情况下选择立方体,什么样的体系选择八面体或者十二面体???
4楼2014-06-09 11:46:14
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