24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 2920  |  回复: 7
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

[求助] Gromacs里关于设定水盒子形状的问题?? 已有1人参与

Gromacs在周期性边界条件设定那一步,需要设定水盒子的形状,-bt参数设定,可以设定立方体,八面体,十二面体。我想请教一下,选择这几个形状有什么讲究吗??或者说,选哪一个形状更好些,对于后面的模拟来说,更精确一些。note:我的体系就是模拟一个蛋白分子在溶液中。感谢!!
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

分子动力学

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tone鹅

新虫 (初入文坛)

我做的实例里说菱形12面体好,减少加入水分子数,计算量少一点。
8楼2014-08-21 15:33:05
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 8 个回答

iamthinking

铁杆木虫 (正式写手)

浪客琴心

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:31:18
没啥区别,只是计算量的大小

[ 发自小木虫客户端 ]
走马行酒醴,驱车布鱼肉~——咦,我的酒呢?
2楼2014-06-09 01:43:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

但是,我看NMR上面的例子有说,选择rhombic dodecahedron,因为其对应最优堆积空间,因此是自由旋转原子的最佳选择。对这句话不是很理解。。
3楼2014-06-09 11:44:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhangmao511

铁虫 (小有名气)

或者说,什么样的体系或者情况下选择立方体,什么样的体系选择八面体或者十二面体???
4楼2014-06-09 11:46:14
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组 +24 hualkop 2026-04-12 26/1300 2026-04-18 23:33 by 路病情
[考研] 291求调剂 +10 关忆北. 2026-04-14 10/500 2026-04-18 23:32 by 路病情
[考研] 一志愿沪9,326求生物学调剂 +12 刘墨墨 2026-04-13 12/600 2026-04-18 23:31 by 路病情
[考研] 生物学调剂 +10 纸扇zhishan 2026-04-13 10/500 2026-04-18 21:19 by zqndavala
[考研] 求调剂 +3 苦命人。。。 2026-04-18 3/150 2026-04-18 20:54 by 张zhihao
[考研] 320求调剂 +5 深郊akm 2026-04-17 5/250 2026-04-18 19:52 by 王珺璞
[考研] 接受任何调剂 +6 也就是栗子 2026-04-17 7/350 2026-04-18 17:20 by 涵竹刘
[有机交流] 二苯甲酮酸类衍生物 50+3 小白爱主人 2026-04-17 6/300 2026-04-17 18:47 by kf2781974
[考研] 294求调剂 +7 淡然654321 2026-04-17 8/400 2026-04-17 16:36 by wutongshun
[考研] 322求调剂 +6 tekuzu 2026-04-17 6/300 2026-04-17 13:48 by Espannnnnol
[论文投稿] 有没有接收比较快的sci期刊呀,最好在一个月之内的,研三孩子求毕业 20+4 之护着 2026-04-16 5/250 2026-04-17 10:02 by bobvan
[基金申请] RY:中国产出的科学垃圾论文,绝对数量和比例都世界第一 +7 zju2000 2026-04-14 18/900 2026-04-16 11:36 by 欢乐颂叶蓁
[考研] 327求调剂 +26 Xxjc1107. 2026-04-13 29/1450 2026-04-16 10:52 by Espannnnnol
[考研] 0854调剂 +13 长弓傲 2026-04-12 16/800 2026-04-15 13:45 by fenglj492
[考研] 各位老师好,求调剂,本科211,一志愿天津大学生物与医药学硕,差两名录取。 +11 路六六jjj 2026-04-13 11/550 2026-04-14 16:01 by zs92450
[考研] 085600材料与化工349分求调剂 +16 李木子啊哈哈 2026-04-12 17/850 2026-04-14 09:11 by fenglj492
[考研] 考研求调剂 +12 子木呐 2026-04-12 13/650 2026-04-14 01:19 by 王珺璞
[考研] 考研英一数一338分 +9 长江大学东校区 2026-04-13 10/500 2026-04-14 00:41 by 王珺璞
[考研] 339求调剂 +4 hanwudada 2026-04-12 4/200 2026-04-13 12:03 by 蓝云思雨
[考研] +10 李多米lee. 2026-04-12 11/550 2026-04-12 22:58 by yuyin1233
信息提示
请填处理意见