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请教做MD计算时，蛋白质分子有一部分跑出水盒子
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蛋白质分子水溶剂中的分子动力学计算。 用solvateOct 给初始结构加了一个八面体的水盒子。溶剂厚度是 9 埃（12的也试了）。 进行minization之后，在对溶剂做平衡化计算后，通过VMD观看发现蛋白质分子有部分跑出水盒子。 如图：  后来试着用solvateBox 加了一个同样厚度为9的六面体水盒子，用同样的输入文件计算后，蛋白质分子没有跑出来。 到底是怎么回事 ？难道在用八面体的时候还有别的设定要加么？ 下面贴初我的输入文件 ＃min.mdin &cntrl imin = 1, cut = 9.0, igb =0, ntb =1, ncyc = 200, maxcyc = 1000, ntc = 1, ntf =1, / # solvent_relax.mdin olvent equilibration for 10ps &cntrl nstlim = 50000, dt = 0.002, ntt = 1, ntb = 2, ntp = 1, temp0 = 300, ntc = 2, ntf = 2, ntpr = 1, ntwx = 1, iwrap = 1, ntr = 1, restraint_wt = 20.0 restraintmask = ' :1-142', / |
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