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【求助】namd 出错Periodic cell has become too small for original patch grid! 已有3人参与
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体系在水盒子里做模拟，运行过程中， FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid! Possible solutions are to restart from a recent checkpoint, increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation. 好像是周期性水盒子变小了，这样的话把cellBasisVector调大些预计可以处理掉吗？ 还是别的地方出了问题哪？ |
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8楼2011-03-22 15:13:16
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574384607(金币+1): 2011-03-26 07:35:37
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您好，我的计算过程中也出现了类似问题（FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!），conf文件如下，请指教：structure ../common/protein_ionized.psf coordinates ../common/protein_ionized.pdb set temperature 310 set outputname eq1 firsttimestep 0 # Input paraTypeCharmm on parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp temperature $temperature # Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 pairlistdist 13.5 # Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 2 fullElectFrequency 4 stepspercycle 20 # Constant Temperature Control langevin on ;# langevinDamping 5 ;# langevinTemp $temperature langevinHydrogen off ;# # Periodic Boundary Conditions cellBasisVector1 60.0 0. 0. cellBasisVector2 0. 60.0 0. cellBasisVector3 0. 0 50.0 cellOrigin 15.01 5.22 -9.89 wrapAll on # PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 #manual grid definition PMEGridSizeX 72 PMEGridSizeY 72 PMEGridSizeZ 64 # Constant Pressure Control (variable volume) useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 200.0 langevinPistonDecay 100.0 langevinPistonTemp $temperature #ionized.pdb是被我固定了CA 碳的文件 if {1} { constraints on consref ../common/ionized.pdb conskfile ../common/ionized.pdb conskcol B constraintscaling 10.0 } # Output outputName $outputname restartfreq 1000 dcdfreq 1000 xstFreq 1000 outputEnergies 1000 outputPressure 1000 # Minimization minimize 1000 reinitvels $temperature run 10000000 |
5楼2011-03-22 09:37:40
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