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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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cj4566

木虫 (正式写手)

[求助] 请教Atoms too close错误

ONIOM计算时，出现下面错误，麻烦高手指点一下啊。
输出文件：
Small interatomic distances encountered:
     2    1      NaN
Atoms too close.
Error termination via Lnk1e in /pkg/suse11/gaussian/g09/l202.exe at Sat Jul  9 04:48:26 2011.

输入文件：
%chk=ONIOM-THMA-5.chk
%mem=2000MB
%nprocs=6
#p opt=(cartesian,maxcyc=600) geom=nocrowd iop(5/13=1) oniom(b3lyp/lanl2dz:pm6) test

ZnO (-1 0 0)

0 1 0 1 0 1
O               -1    4.68990000    1.62460000    4.59430000 L
O               -1    7.50390000    0.00000000    4.59430000 L
Zn              -1    6.56590000    1.62460000    5.20540000 L
O               -1    6.56590000    1.62460000    7.19700000 L
Zn              -1    4.68990000    1.62460000    7.80820000 L
O               -1    4.68990000    1.62460000    9.79980000 L
Zn              -1    7.50390000    0.00000000    7.80820000 L
O               -1    7.50390000    0.00000000    9.79980000 L
Zn              -1    6.56590000    1.62460000   10.41090000 L
O               -1    6.56590000    1.62460000   12.40250000 L
Zn              -1    4.68990000    1.62460000   13.01360000 L
O               -1    4.68990000    1.62460000   15.00520000 L
Zn              -1    7.50390000    0.00000000   13.01360000 L
O               -1    7.50390000    0.00000000   15.00520000 L
Zn              -1    6.56590000    1.62460000   15.61630000 L
O               -1    1.87600000    3.24930000    4.59430000 L
O               -1    4.68990000    4.87390000    4.59430000 L
O               -1    7.50390000    3.24930000    4.59430000 L
Zn              -1    0.93800000    4.87390000    5.20540000 L H 20
O               -1    0.93800000    4.87390000    7.19700000 H
Zn              -1    3.75190000    3.24930000    5.20540000 L
O               -1    3.75190000    3.24930000    7.19700000 L
Zn              -1    6.56590000    4.87390000    5.20540000 L
O               -1    6.56590000    4.87390000    7.19700000 L
Zn              -1    1.87600000    3.24930000    7.80820000 L H 20
O               -1    1.87600000    3.24930000    9.79980000 L H 31
Zn              -1    4.68990000    4.87390000    7.80820000 L
O               -1    4.68990000    4.87390000    9.79980000 L
Zn              -1    7.50390000    3.24930000    7.80820000 L
O               -1    7.50390000    3.24930000    9.79980000 L
Zn              -1    0.93800000    4.87390000   10.41090000 H
O               -1    0.93800000    4.87390000   12.40250000 L H 31
Zn              -1    3.75190000    3.24930000   10.41090000 L
O               -1    3.75190000    3.24930000   12.40250000 L
Zn              -1    6.56590000    4.87390000   10.41090000 L
O               -1    6.56590000    4.87390000   12.40250000 L
Zn              -1    1.87600000    3.24930000   13.01360000 L
O               -1    1.87600000    3.24930000   15.00520000 L
Zn              -1    4.68990000    4.87390000   13.01360000 L
O               -1    4.68990000    4.87390000   15.00520000 L
Zn              -1    7.50390000    3.24930000   13.01360000 L
O               -1    7.50390000    3.24930000   15.00520000 L
Zn              -1    0.93800000    4.87390000   15.61630000 L
Zn              -1    3.75190000    3.24930000   15.61630000 L
Zn              -1    6.56590000    4.87390000   15.61630000 L
O               -1    1.87600000    6.49850000    4.59430000 L
O               -1    4.68990000    8.12320000    4.59430000 L
O               -1    7.50390000    6.49850000    4.59430000 L
Zn              -1    0.93800000    8.12320000    5.20540000 L H 50
O               -1    0.93800000    8.12320000    7.19700000 H
Zn              -1    3.75190000    6.49850000    5.20540000 L
O               -1    3.75190000    6.49850000    7.19700000 L H 55
Zn              -1    6.56590000    8.12320000    5.20540000 L
O               -1    6.56590000    8.12320000    7.19700000 L
Zn              -1    1.87600000    6.49850000    7.80820000 H
O               -1    1.87600000    6.49850000    9.79980000 H
Zn              -1    4.68990000    8.12320000    7.80820000 L
O               -1    4.68990000    8.12320000    9.79980000 L
Zn              -1    7.50390000    6.49850000    7.80820000 L
O               -1    7.50390000    6.49850000    9.79980000 L
Zn              -1    0.93800000    8.12320000   10.41090000 H
O               -1    0.93800000    8.12320000   12.40250000 L H 61
Zn              -1    3.75190000    6.49850000   10.41090000 L H 56
O               -1    3.75190000    6.49850000   12.40250000 L
Zn              -1    6.56590000    8.12320000   10.41090000 L
O               -1    6.56590000    8.12320000   12.40250000 L
Zn              -1    1.87600000    6.49850000   13.01360000 L
O               -1    1.87600000    6.49850000   15.00520000 L
Zn              -1    4.68990000    8.12320000   13.01360000 L
O               -1    4.68990000    8.12320000   15.00520000 L
Zn              -1    7.50390000    6.49850000   13.01360000 L
O               -1    7.50390000    6.49850000   15.00520000 L
Zn              -1    0.93800000    8.12320000   15.61630000 L
Zn              -1    3.75190000    6.49850000   15.61630000 L
Zn              -1    6.56590000    8.12320000   15.61630000 L
O               -1    1.87600000    9.74780000    4.59430000 L
O               -1    4.68990000   11.37240000    4.59430000 L
O               -1    7.50390000    9.74780000    4.59430000 L
Zn              -1    0.93800000   11.37240000    5.20540000 L H 80
O               -1    0.93800000   11.37240000    7.19700000 H
Zn              -1    3.75190000    9.74780000    5.20540000 L
O               -1    3.75190000    9.74780000    7.19700000 L H 85
Zn              -1    6.56590000   11.37240000    5.20540000 L
O               -1    6.56590000   11.37240000    7.19700000 L
Zn              -1    1.87600000    9.74780000    7.80820000 H
O               -1    1.87600000    9.74780000    9.79980000 H
Zn              -1    4.68990000   11.37240000    7.80820000 L
O               -1    4.68990000   11.37240000    9.79980000 L
Zn              -1    7.50390000    9.74780000    7.80820000 L
O               -1    7.50390000    9.74780000    9.79980000 L
Zn              -1    0.93800000   11.37240000   10.41090000 H
O               -1    0.93800000   11.37240000   12.40250000 L H 91
Zn              -1    3.75190000    9.74780000   10.41090000 L H 86
O               -1    3.75190000    9.74780000   12.40250000 L
Zn              -1    6.56590000   11.37240000   10.41090000 L
O               -1    6.56590000   11.37240000   12.40250000 L
Zn              -1    1.87600000    9.74780000   13.01360000 L
O               -1    1.87600000    9.74780000   15.00520000 L
Zn              -1    4.68990000   11.37240000   13.01360000 L
O               -1    4.68990000   11.37240000   15.00520000 L
Zn              -1    7.50390000    9.74780000   13.01360000 L
O               -1    7.50390000    9.74780000   15.00520000 L
Zn              -1    0.93800000   11.37240000   15.61630000 L
Zn              -1    3.75190000    9.74780000   15.61630000 L
Zn              -1    6.56590000   11.37240000   15.61630000 L
O               -1    1.87600000   12.99710000    4.59430000 L
Zn              -1    0.93800000   14.62170000    5.20540000 L H 108
O               -1    0.93800000   14.62170000    7.19700000 H
Zn              -1    3.75190000   12.99710000    5.20540000 L
O               -1    3.75190000   12.99710000    7.19700000 L H 111
Zn              -1    1.87600000   12.99710000    7.80820000 H
O               -1    1.87600000   12.99710000    9.79980000 H
Zn              -1    0.93800000   14.62170000   10.41090000 H
O               -1    0.93800000   14.62170000   12.40250000 L H 113
Zn              -1    3.75190000   12.99710000   10.41090000 L H 112
O               -1    3.75190000   12.99710000   12.40250000 L
Zn              -1    1.87600000   12.99710000   13.01360000 L
O               -1    1.87600000   12.99710000   15.00520000 L
Zn              -1    0.93800000   14.62170000   15.61630000 L
Zn              -1    3.75190000   12.99710000   15.61630000 L
C                0   -3.75556586   10.58931651   10.40105206 H
C                0   -3.24222364   11.31527278    9.14364709 H
H                0   -3.60047457   12.32351646    9.14266835 H
H                0   -2.17222541   11.31695384    9.14462487 H
C                0   -3.24222364   11.31527278   11.65845703 H
H                0   -3.59920409   10.81109128   12.53210797 H
H                0   -2.17222371   11.31493355   11.65864558 H
C                0   -5.29556586   10.58933548   10.40105206 H
H                0   -5.65223842   10.08515821    9.52727293 H
H                0   -5.65222028   11.59814545   10.40130736 H
O                0   -3.71676264   10.63966222    7.97605851 H
H                0   -3.23189012   10.94910775    7.20746102 H
O                0   -3.71846274   12.66364078   11.65820528 H
H                0   -3.44227576   13.10119542   12.46682551 H
O                0   -5.77224041    9.91493751   11.56847175 H
H                0   -6.68168499    9.64003262   11.43085687 H
N                0   -3.26558268    9.20338127   10.40105206 H
H                0   -2.33314560    9.17948327   10.04051082 H
H                0   -3.27075869    8.84799979   11.33575908 H

麻烦大家帮忙看看，谢谢了！
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1楼 2011-07-14 09:14:42
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冲刺哦

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-14 10:13:48
cj4566(金币+10): xiexie 2011-07-18 06:30:33
是不是可以去查查一般你的体系各原子的正常距离，然后把有大的差距的键长，在输入文件上调一下就可！^_^
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2楼2011-07-14 09:41:55
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cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 冲刺哦 at 2011-07-14 09:41:55:
是不是可以去查查一般你的体系各原子的正常距离，然后把有大的差距的键长，在输入文件上调一下就可！^_^

好的，我试试，是找距离太近的吧。
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3楼2011-07-14 10:07:01
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cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 冲刺哦 at 2011-07-14 09:41:55:
是不是可以去查查一般你的体系各原子的正常距离，然后把有大的差距的键长，在输入文件上调一下就可！^_^

你好，我实在没看出来原子距离有什么不对，还有其他原因吗？
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4楼2011-07-18 06:31:52
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

【答案】应助回帖

你加入geom=nocrowd ，试试看行不行，有时可以
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
5楼2011-07-18 20:58:03
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mchen10

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

cj4566(金币+5): 2011-07-19 08:39:01
没用过uniom 但是你的Zn上没有ECP 原子会挤到一起的
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更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
6楼2011-07-19 03:48:01
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cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 游子8921 at 2011-07-18 20:58:03:
你加入geom=nocrowd ，试试看行不行，有时可以

谢谢啊，我试过geom=nocrowd，但还是出错。
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7楼2011-07-19 08:32:59
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cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mchen10 at 2011-07-19 03:48:01:
没用过uniom 但是你的Zn上没有ECP 原子会挤到一起的

我用了b3lyp/lanl2dz，应该可以吧，求解！
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8楼2011-07-19 08:38:42
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921

【答案】应助回帖

cj4566(金币+5): 2011-09-08 11:54:35
有金属当然要加赝势基组，只不过我没用过，我也刚开始做计算，我的体系没有金属，你只要在命令后直接加上geom=nocrowd就行，大多数情况下管用。
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
9楼2011-07-19 09:18:24
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