应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 请教Atoms too close错误
51/1返回列表
查看: 3634  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

cj4566

木虫 (正式写手)

[求助] 请教Atoms too close错误

ONIOM计算时，出现下面错误，麻烦高手指点一下啊。
输出文件：
Small interatomic distances encountered:
     2    1      NaN
Atoms too close.
Error termination via Lnk1e in /pkg/suse11/gaussian/g09/l202.exe at Sat Jul  9 04:48:26 2011.

输入文件：
%chk=ONIOM-THMA-5.chk
%mem=2000MB
%nprocs=6
#p opt=(cartesian,maxcyc=600) geom=nocrowd iop(5/13=1) oniom(b3lyp/lanl2dz:pm6) test

ZnO (-1 0 0)

0 1 0 1 0 1
O               -1    4.68990000    1.62460000    4.59430000 L
O               -1    7.50390000    0.00000000    4.59430000 L
Zn              -1    6.56590000    1.62460000    5.20540000 L
O               -1    6.56590000    1.62460000    7.19700000 L
Zn              -1    4.68990000    1.62460000    7.80820000 L
O               -1    4.68990000    1.62460000    9.79980000 L
Zn              -1    7.50390000    0.00000000    7.80820000 L
O               -1    7.50390000    0.00000000    9.79980000 L
Zn              -1    6.56590000    1.62460000   10.41090000 L
O               -1    6.56590000    1.62460000   12.40250000 L
Zn              -1    4.68990000    1.62460000   13.01360000 L
O               -1    4.68990000    1.62460000   15.00520000 L
Zn              -1    7.50390000    0.00000000   13.01360000 L
O               -1    7.50390000    0.00000000   15.00520000 L
Zn              -1    6.56590000    1.62460000   15.61630000 L
O               -1    1.87600000    3.24930000    4.59430000 L
O               -1    4.68990000    4.87390000    4.59430000 L
O               -1    7.50390000    3.24930000    4.59430000 L
Zn              -1    0.93800000    4.87390000    5.20540000 L H 20
O               -1    0.93800000    4.87390000    7.19700000 H
Zn              -1    3.75190000    3.24930000    5.20540000 L
O               -1    3.75190000    3.24930000    7.19700000 L
Zn              -1    6.56590000    4.87390000    5.20540000 L
O               -1    6.56590000    4.87390000    7.19700000 L
Zn              -1    1.87600000    3.24930000    7.80820000 L H 20
O               -1    1.87600000    3.24930000    9.79980000 L H 31
Zn              -1    4.68990000    4.87390000    7.80820000 L
O               -1    4.68990000    4.87390000    9.79980000 L
Zn              -1    7.50390000    3.24930000    7.80820000 L
O               -1    7.50390000    3.24930000    9.79980000 L
Zn              -1    0.93800000    4.87390000   10.41090000 H
O               -1    0.93800000    4.87390000   12.40250000 L H 31
Zn              -1    3.75190000    3.24930000   10.41090000 L
O               -1    3.75190000    3.24930000   12.40250000 L
Zn              -1    6.56590000    4.87390000   10.41090000 L
O               -1    6.56590000    4.87390000   12.40250000 L
Zn              -1    1.87600000    3.24930000   13.01360000 L
O               -1    1.87600000    3.24930000   15.00520000 L
Zn              -1    4.68990000    4.87390000   13.01360000 L
O               -1    4.68990000    4.87390000   15.00520000 L
Zn              -1    7.50390000    3.24930000   13.01360000 L
O               -1    7.50390000    3.24930000   15.00520000 L
Zn              -1    0.93800000    4.87390000   15.61630000 L
Zn              -1    3.75190000    3.24930000   15.61630000 L
Zn              -1    6.56590000    4.87390000   15.61630000 L
O               -1    1.87600000    6.49850000    4.59430000 L
O               -1    4.68990000    8.12320000    4.59430000 L
O               -1    7.50390000    6.49850000    4.59430000 L
Zn              -1    0.93800000    8.12320000    5.20540000 L H 50
O               -1    0.93800000    8.12320000    7.19700000 H
Zn              -1    3.75190000    6.49850000    5.20540000 L
O               -1    3.75190000    6.49850000    7.19700000 L H 55
Zn              -1    6.56590000    8.12320000    5.20540000 L
O               -1    6.56590000    8.12320000    7.19700000 L
Zn              -1    1.87600000    6.49850000    7.80820000 H
O               -1    1.87600000    6.49850000    9.79980000 H
Zn              -1    4.68990000    8.12320000    7.80820000 L
O               -1    4.68990000    8.12320000    9.79980000 L
Zn              -1    7.50390000    6.49850000    7.80820000 L
O               -1    7.50390000    6.49850000    9.79980000 L
Zn              -1    0.93800000    8.12320000   10.41090000 H
O               -1    0.93800000    8.12320000   12.40250000 L H 61
Zn              -1    3.75190000    6.49850000   10.41090000 L H 56
O               -1    3.75190000    6.49850000   12.40250000 L
Zn              -1    6.56590000    8.12320000   10.41090000 L
O               -1    6.56590000    8.12320000   12.40250000 L
Zn              -1    1.87600000    6.49850000   13.01360000 L
O               -1    1.87600000    6.49850000   15.00520000 L
Zn              -1    4.68990000    8.12320000   13.01360000 L
O               -1    4.68990000    8.12320000   15.00520000 L
Zn              -1    7.50390000    6.49850000   13.01360000 L
O               -1    7.50390000    6.49850000   15.00520000 L
Zn              -1    0.93800000    8.12320000   15.61630000 L
Zn              -1    3.75190000    6.49850000   15.61630000 L
Zn              -1    6.56590000    8.12320000   15.61630000 L
O               -1    1.87600000    9.74780000    4.59430000 L
O               -1    4.68990000   11.37240000    4.59430000 L
O               -1    7.50390000    9.74780000    4.59430000 L
Zn              -1    0.93800000   11.37240000    5.20540000 L H 80
O               -1    0.93800000   11.37240000    7.19700000 H
Zn              -1    3.75190000    9.74780000    5.20540000 L
O               -1    3.75190000    9.74780000    7.19700000 L H 85
Zn              -1    6.56590000   11.37240000    5.20540000 L
O               -1    6.56590000   11.37240000    7.19700000 L
Zn              -1    1.87600000    9.74780000    7.80820000 H
O               -1    1.87600000    9.74780000    9.79980000 H
Zn              -1    4.68990000   11.37240000    7.80820000 L
O               -1    4.68990000   11.37240000    9.79980000 L
Zn              -1    7.50390000    9.74780000    7.80820000 L
O               -1    7.50390000    9.74780000    9.79980000 L
Zn              -1    0.93800000   11.37240000   10.41090000 H
O               -1    0.93800000   11.37240000   12.40250000 L H 91
Zn              -1    3.75190000    9.74780000   10.41090000 L H 86
O               -1    3.75190000    9.74780000   12.40250000 L
Zn              -1    6.56590000   11.37240000   10.41090000 L
O               -1    6.56590000   11.37240000   12.40250000 L
Zn              -1    1.87600000    9.74780000   13.01360000 L
O               -1    1.87600000    9.74780000   15.00520000 L
Zn              -1    4.68990000   11.37240000   13.01360000 L
O               -1    4.68990000   11.37240000   15.00520000 L
Zn              -1    7.50390000    9.74780000   13.01360000 L
O               -1    7.50390000    9.74780000   15.00520000 L
Zn              -1    0.93800000   11.37240000   15.61630000 L
Zn              -1    3.75190000    9.74780000   15.61630000 L
Zn              -1    6.56590000   11.37240000   15.61630000 L
O               -1    1.87600000   12.99710000    4.59430000 L
Zn              -1    0.93800000   14.62170000    5.20540000 L H 108
O               -1    0.93800000   14.62170000    7.19700000 H
Zn              -1    3.75190000   12.99710000    5.20540000 L
O               -1    3.75190000   12.99710000    7.19700000 L H 111
Zn              -1    1.87600000   12.99710000    7.80820000 H
O               -1    1.87600000   12.99710000    9.79980000 H
Zn              -1    0.93800000   14.62170000   10.41090000 H
O               -1    0.93800000   14.62170000   12.40250000 L H 113
Zn              -1    3.75190000   12.99710000   10.41090000 L H 112
O               -1    3.75190000   12.99710000   12.40250000 L
Zn              -1    1.87600000   12.99710000   13.01360000 L
O               -1    1.87600000   12.99710000   15.00520000 L
Zn              -1    0.93800000   14.62170000   15.61630000 L
Zn              -1    3.75190000   12.99710000   15.61630000 L
C                0   -3.75556586   10.58931651   10.40105206 H
C                0   -3.24222364   11.31527278    9.14364709 H
H                0   -3.60047457   12.32351646    9.14266835 H
H                0   -2.17222541   11.31695384    9.14462487 H
C                0   -3.24222364   11.31527278   11.65845703 H
H                0   -3.59920409   10.81109128   12.53210797 H
H                0   -2.17222371   11.31493355   11.65864558 H
C                0   -5.29556586   10.58933548   10.40105206 H
H                0   -5.65223842   10.08515821    9.52727293 H
H                0   -5.65222028   11.59814545   10.40130736 H
O                0   -3.71676264   10.63966222    7.97605851 H
H                0   -3.23189012   10.94910775    7.20746102 H
O                0   -3.71846274   12.66364078   11.65820528 H
H                0   -3.44227576   13.10119542   12.46682551 H
O                0   -5.77224041    9.91493751   11.56847175 H
H                0   -6.68168499    9.64003262   11.43085687 H
N                0   -3.26558268    9.20338127   10.40105206 H
H                0   -2.33314560    9.17948327   10.04051082 H
H                0   -3.27075869    8.84799979   11.33575908 H

麻烦大家帮忙看看，谢谢了！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-07-14 09:14:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mchen10 at 2011-07-19 03:48:01:
没用过uniom 但是你的Zn上没有ECP 原子会挤到一起的

我用了b3lyp/lanl2dz，应该可以吧，求解！
赞一下 回复此楼
8楼2011-07-19 08:38:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

冲刺哦

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献，奖励一下！ 2011-07-14 10:13:48
cj4566(金币+10): xiexie 2011-07-18 06:30:33
是不是可以去查查一般你的体系各原子的正常距离，然后把有大的差距的键长，在输入文件上调一下就可！^_^
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-07-14 09:41:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 冲刺哦 at 2011-07-14 09:41:55:
是不是可以去查查一般你的体系各原子的正常距离，然后把有大的差距的键长，在输入文件上调一下就可！^_^

好的，我试试，是找距离太近的吧。
赞一下 回复此楼
3楼2011-07-14 10:07:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cj4566

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 冲刺哦 at 2011-07-14 09:41:55:
是不是可以去查查一般你的体系各原子的正常距离，然后把有大的差距的键长，在输入文件上调一下就可！^_^

你好，我实在没看出来原子距离有什么不对，还有其他原因吗？
赞一下 回复此楼
4楼2011-07-18 06:31:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 2JOx3r2CYEgw 2026-08-22 5/250 2026-08-23 07:41 by OEbVnUOu01ol
[教师之家] 跳槽后在研项目怎么办？ +4 简单化xn 2026-08-22 8/400 2026-08-23 07:20 by ilovexiaobin
[论文投稿] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 9/450 2026-08-23 03:04 by OEbVnUOu01ol
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 QTy3jDtz1uLt 2026-08-21 11/550 2026-08-23 02:55 by OEbVnUOu01ol
[考博] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +3 DpSrDtM079iu 2026-08-22 3/150 2026-08-23 00:55 by OEbVnUOu01ol
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +7 且听虎啸 2026-08-17 8/400 2026-08-22 21:55 by 医学老男孩
[基金申请] 什么时候开奖？ +7 CrisMessi 2026-08-18 8/400 2026-08-22 18:29 by 淀粉搬运工
[教师之家] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +4 2JOx3r2CYEgw 2026-08-21 4/200 2026-08-22 16:52 by sunzitan
[基金申请] 人气不行了 +8 fansofjerry 2026-08-21 8/400 2026-08-22 16:30 by zyqchem
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +16 kkkl_v 2026-08-19 17/850 2026-08-22 16:12 by 阿布Abu
[基金申请] 科研孤儿太难了 +17 我4大白菜 2026-08-20 18/900 2026-08-21 20:57 by zhangev
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +7 angus9576 2026-08-17 12/600 2026-08-21 13:38 by weiyin
[论文投稿] 投稿咨询 +5 wwm09 2026-08-17 7/350 2026-08-21 10:11 by 期刊论文帮手
[基金申请] 基金啊基金 +4 longfie172 2026-08-20 4/200 2026-08-21 08:58 by mark mao
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +10 zju2000 2026-08-16 11/550 2026-08-20 20:02 by cl479861084
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +18 基诺咪客 2026-08-17 23/1150 2026-08-20 17:19 by Godzela
[基金申请] 今天放榜吗？ +14 布布和一二 2026-08-19 15/750 2026-08-19 18:07 by gltch
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭