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xuwei0909

至尊木虫 (著名写手)

[交流] 【请教】这个C错误怎么解决？

PLAT369 Type_2 Test for long C3 - C3 (Angstrom Difference) XRAY: 1.34
--------------------------------------------------------------------------------

Large deviations from generally accepted values may indicate model problems,
over refinement etc.  Default C3-C3 = 1.34 Ang. (X-Ray) value from
Ladd & Palmer, Structure Determination by Xray Crystallography (1985).
Note:
  - C3-C3 indicates a bond between atoms with 4 with 3 bonds each.
  - Conjugated systems may cause some 'false alarm' messages.
  - A notable exception is the C-C bond in -C(=O)-C(=O)- systems with an
    observed mean value of 1.54 Angstrom.

是羧基碳原子与苯环碳原子间的C-C单键距离太长，结构里C-C单键距离只有1.53左右（也不算长啊），是不是Conjugated systems may cause some 'false alarm' messages这样的原因造成，如何解决是好，请各位高手帮忙!
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1楼 2011-03-22 09:17:18
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xuwei0909

至尊木虫 (著名写手)
Alert level C
PLAT369_ALERT_2_C Long   C(sp2)-C(sp2) Bond  C1     -   C6     ...       1.53 Ang.
PLAT369_ALERT_2_C Long   C(sp2)-C(sp2) Bond  C5     -   C9     ...       1.53 Ang.
PLAT369_ALERT_2_C Long   C(sp2)-C(sp2) Bond  C10    -   C15    ...       1.53 Ang.
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2楼2011-03-22 09:56:34
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
xuwei0909(金币+10): 谢谢！羧基和苯环的共轭单键有点长，没办法，重测试试 2011-03-23 10:28:39
C3-C3是苯环上的吗？
如果是，可以不管。
如是 CO2和苯环的距离， 则应是 单键。
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3楼2011-03-22 10:15:51
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xuwei0909

至尊木虫 (著名写手)
是 CO2和苯环的距离,但又有C错误提示，需要解决。
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4楼2011-03-22 10:17:39
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by xuwei0909 at 2011-03-22 10:17:39:
是 CO2和苯环的距离,但又有C错误提示，需要解决。

不可能是。
因为是C3-C3太短。
请仔细检查到底是什么的距离
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5楼2011-03-22 11:01:57
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liyaoman4

木虫 (职业作家)
发什么期刊啊，C错误需要解决那么细致么！？
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6楼2011-03-22 11:03:47
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xuwei0909

至尊木虫 (著名写手)
部分结构如图
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7楼2011-03-22 21:10:08
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
看不到结构
因为C3-C3是对称操作联系的，我怀疑是苯环上的，则1.33虽然略短，也是可以接受的。
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8楼2011-03-23 10:38:41
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