24小时热门版块排行榜    

查看: 3654  |  回复: 8
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

cj4566

木虫 (正式写手)

[求助] 请教Atoms too close错误

ONIOM计算时,出现下面错误,麻烦高手指点一下啊。
输出文件:
Small interatomic distances encountered:
     2    1      NaN
Atoms too close.
Error termination via Lnk1e in /pkg/suse11/gaussian/g09/l202.exe at Sat Jul  9 04:48:26 2011.

输入文件:
%chk=ONIOM-THMA-5.chk
%mem=2000MB
%nprocs=6
#p opt=(cartesian,maxcyc=600) geom=nocrowd iop(5/13=1) oniom(b3lyp/lanl2dz:pm6) test

ZnO (-1 0 0)

0 1 0 1 0 1
O               -1    4.68990000    1.62460000    4.59430000 L
O               -1    7.50390000    0.00000000    4.59430000 L
Zn              -1    6.56590000    1.62460000    5.20540000 L
O               -1    6.56590000    1.62460000    7.19700000 L
Zn              -1    4.68990000    1.62460000    7.80820000 L
O               -1    4.68990000    1.62460000    9.79980000 L
Zn              -1    7.50390000    0.00000000    7.80820000 L
O               -1    7.50390000    0.00000000    9.79980000 L
Zn              -1    6.56590000    1.62460000   10.41090000 L
O               -1    6.56590000    1.62460000   12.40250000 L
Zn              -1    4.68990000    1.62460000   13.01360000 L
O               -1    4.68990000    1.62460000   15.00520000 L
Zn              -1    7.50390000    0.00000000   13.01360000 L
O               -1    7.50390000    0.00000000   15.00520000 L
Zn              -1    6.56590000    1.62460000   15.61630000 L
O               -1    1.87600000    3.24930000    4.59430000 L
O               -1    4.68990000    4.87390000    4.59430000 L
O               -1    7.50390000    3.24930000    4.59430000 L
Zn              -1    0.93800000    4.87390000    5.20540000 L H 20
O               -1    0.93800000    4.87390000    7.19700000 H
Zn              -1    3.75190000    3.24930000    5.20540000 L
O               -1    3.75190000    3.24930000    7.19700000 L
Zn              -1    6.56590000    4.87390000    5.20540000 L
O               -1    6.56590000    4.87390000    7.19700000 L
Zn              -1    1.87600000    3.24930000    7.80820000 L H 20
O               -1    1.87600000    3.24930000    9.79980000 L H 31
Zn              -1    4.68990000    4.87390000    7.80820000 L
O               -1    4.68990000    4.87390000    9.79980000 L
Zn              -1    7.50390000    3.24930000    7.80820000 L
O               -1    7.50390000    3.24930000    9.79980000 L
Zn              -1    0.93800000    4.87390000   10.41090000 H
O               -1    0.93800000    4.87390000   12.40250000 L H 31
Zn              -1    3.75190000    3.24930000   10.41090000 L
O               -1    3.75190000    3.24930000   12.40250000 L
Zn              -1    6.56590000    4.87390000   10.41090000 L
O               -1    6.56590000    4.87390000   12.40250000 L
Zn              -1    1.87600000    3.24930000   13.01360000 L
O               -1    1.87600000    3.24930000   15.00520000 L
Zn              -1    4.68990000    4.87390000   13.01360000 L
O               -1    4.68990000    4.87390000   15.00520000 L
Zn              -1    7.50390000    3.24930000   13.01360000 L
O               -1    7.50390000    3.24930000   15.00520000 L
Zn              -1    0.93800000    4.87390000   15.61630000 L
Zn              -1    3.75190000    3.24930000   15.61630000 L
Zn              -1    6.56590000    4.87390000   15.61630000 L
O               -1    1.87600000    6.49850000    4.59430000 L
O               -1    4.68990000    8.12320000    4.59430000 L
O               -1    7.50390000    6.49850000    4.59430000 L
Zn              -1    0.93800000    8.12320000    5.20540000 L H 50
O               -1    0.93800000    8.12320000    7.19700000 H
Zn              -1    3.75190000    6.49850000    5.20540000 L
O               -1    3.75190000    6.49850000    7.19700000 L H 55
Zn              -1    6.56590000    8.12320000    5.20540000 L
O               -1    6.56590000    8.12320000    7.19700000 L
Zn              -1    1.87600000    6.49850000    7.80820000 H
O               -1    1.87600000    6.49850000    9.79980000 H
Zn              -1    4.68990000    8.12320000    7.80820000 L
O               -1    4.68990000    8.12320000    9.79980000 L
Zn              -1    7.50390000    6.49850000    7.80820000 L
O               -1    7.50390000    6.49850000    9.79980000 L
Zn              -1    0.93800000    8.12320000   10.41090000 H
O               -1    0.93800000    8.12320000   12.40250000 L H 61
Zn              -1    3.75190000    6.49850000   10.41090000 L H 56
O               -1    3.75190000    6.49850000   12.40250000 L
Zn              -1    6.56590000    8.12320000   10.41090000 L
O               -1    6.56590000    8.12320000   12.40250000 L
Zn              -1    1.87600000    6.49850000   13.01360000 L
O               -1    1.87600000    6.49850000   15.00520000 L
Zn              -1    4.68990000    8.12320000   13.01360000 L
O               -1    4.68990000    8.12320000   15.00520000 L
Zn              -1    7.50390000    6.49850000   13.01360000 L
O               -1    7.50390000    6.49850000   15.00520000 L
Zn              -1    0.93800000    8.12320000   15.61630000 L
Zn              -1    3.75190000    6.49850000   15.61630000 L
Zn              -1    6.56590000    8.12320000   15.61630000 L
O               -1    1.87600000    9.74780000    4.59430000 L
O               -1    4.68990000   11.37240000    4.59430000 L
O               -1    7.50390000    9.74780000    4.59430000 L
Zn              -1    0.93800000   11.37240000    5.20540000 L H 80
O               -1    0.93800000   11.37240000    7.19700000 H
Zn              -1    3.75190000    9.74780000    5.20540000 L
O               -1    3.75190000    9.74780000    7.19700000 L H 85
Zn              -1    6.56590000   11.37240000    5.20540000 L
O               -1    6.56590000   11.37240000    7.19700000 L
Zn              -1    1.87600000    9.74780000    7.80820000 H
O               -1    1.87600000    9.74780000    9.79980000 H
Zn              -1    4.68990000   11.37240000    7.80820000 L
O               -1    4.68990000   11.37240000    9.79980000 L
Zn              -1    7.50390000    9.74780000    7.80820000 L
O               -1    7.50390000    9.74780000    9.79980000 L
Zn              -1    0.93800000   11.37240000   10.41090000 H
O               -1    0.93800000   11.37240000   12.40250000 L H 91
Zn              -1    3.75190000    9.74780000   10.41090000 L H 86
O               -1    3.75190000    9.74780000   12.40250000 L
Zn              -1    6.56590000   11.37240000   10.41090000 L
O               -1    6.56590000   11.37240000   12.40250000 L
Zn              -1    1.87600000    9.74780000   13.01360000 L
O               -1    1.87600000    9.74780000   15.00520000 L
Zn              -1    4.68990000   11.37240000   13.01360000 L
O               -1    4.68990000   11.37240000   15.00520000 L
Zn              -1    7.50390000    9.74780000   13.01360000 L
O               -1    7.50390000    9.74780000   15.00520000 L
Zn              -1    0.93800000   11.37240000   15.61630000 L
Zn              -1    3.75190000    9.74780000   15.61630000 L
Zn              -1    6.56590000   11.37240000   15.61630000 L
O               -1    1.87600000   12.99710000    4.59430000 L
Zn              -1    0.93800000   14.62170000    5.20540000 L H 108
O               -1    0.93800000   14.62170000    7.19700000 H
Zn              -1    3.75190000   12.99710000    5.20540000 L
O               -1    3.75190000   12.99710000    7.19700000 L H 111
Zn              -1    1.87600000   12.99710000    7.80820000 H
O               -1    1.87600000   12.99710000    9.79980000 H
Zn              -1    0.93800000   14.62170000   10.41090000 H
O               -1    0.93800000   14.62170000   12.40250000 L H 113
Zn              -1    3.75190000   12.99710000   10.41090000 L H 112
O               -1    3.75190000   12.99710000   12.40250000 L
Zn              -1    1.87600000   12.99710000   13.01360000 L
O               -1    1.87600000   12.99710000   15.00520000 L
Zn              -1    0.93800000   14.62170000   15.61630000 L
Zn              -1    3.75190000   12.99710000   15.61630000 L
C                0   -3.75556586   10.58931651   10.40105206 H
C                0   -3.24222364   11.31527278    9.14364709 H
H                0   -3.60047457   12.32351646    9.14266835 H
H                0   -2.17222541   11.31695384    9.14462487 H
C                0   -3.24222364   11.31527278   11.65845703 H
H                0   -3.59920409   10.81109128   12.53210797 H
H                0   -2.17222371   11.31493355   11.65864558 H
C                0   -5.29556586   10.58933548   10.40105206 H
H                0   -5.65223842   10.08515821    9.52727293 H
H                0   -5.65222028   11.59814545   10.40130736 H
O                0   -3.71676264   10.63966222    7.97605851 H
H                0   -3.23189012   10.94910775    7.20746102 H
O                0   -3.71846274   12.66364078   11.65820528 H
H                0   -3.44227576   13.10119542   12.46682551 H
O                0   -5.77224041    9.91493751   11.56847175 H
H                0   -6.68168499    9.64003262   11.43085687 H
N                0   -3.26558268    9.20338127   10.40105206 H
H                0   -2.33314560    9.17948327   10.04051082 H
H                0   -3.27075869    8.84799979   11.33575908 H

麻烦大家帮忙看看,谢谢了!
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mchen10

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

cj4566(金币+5): 2011-07-19 08:39:01
没用过uniom 但是你的Zn上没有ECP 原子会挤到一起的
更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
6楼2011-07-19 03:48:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 9 个回答

冲刺哦

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 非常感谢你对论坛的贡献,奖励一下! 2011-07-14 10:13:48
cj4566(金币+10): xiexie 2011-07-18 06:30:33
是不是可以去查查一般你的体系各原子的正常距离,然后把有大的差距的键长,在输入文件上调一下就可!^_^
2楼2011-07-14 09:41:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cj4566

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 冲刺哦 at 2011-07-14 09:41:55:
是不是可以去查查一般你的体系各原子的正常距离,然后把有大的差距的键长,在输入文件上调一下就可!^_^

好的,我试试,是找距离太近的吧。
3楼2011-07-14 10:07:01
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cj4566

木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 冲刺哦 at 2011-07-14 09:41:55:
是不是可以去查查一般你的体系各原子的正常距离,然后把有大的差距的键长,在输入文件上调一下就可!^_^

你好,我实在没看出来原子距离有什么不对,还有其他原因吗?
4楼2011-07-18 06:31:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗? +5 349506619 2026-08-28 5/250 2026-08-31 08:22 by huihoudubo
[基金申请] 投票:  有多少人是今天查系统知道结果的? +17 爱看书的可乐 2026-08-26 19/950 2026-08-31 08:09 by xiangy672
[基金申请] 能否申诉? +4 echo8914667 2026-08-30 5/250 2026-08-30 21:11 by echo8914667
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +7 德尚中行 2026-08-27 8/400 2026-08-30 20:52 by purplejack
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已,这评审意见是按照杰青的条件评的吧? +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 国自然评审意见 +13 wangmingqi 2026-08-28 19/950 2026-08-29 10:22 by Poppy1104
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高,自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 基金系统什么内容也没有 30+4 winsaint 2026-08-27 9/450 2026-08-28 11:06 by maolC
[基金申请] 怎么查啊 +6 huang1991js 2026-08-26 6/300 2026-08-28 08:42 by winsaint
[基金申请] 哪位高人中了,把查询到的截图贴出来让我看看,让我长长见识 +5 yuleib84 2026-08-26 6/300 2026-08-28 00:02 by yudaoqian88
[基金申请] 2026年8月25日国自然放榜前突然收到列入评审专家邮件,有关系吗? +25 木水思豆 2026-08-25 28/1400 2026-08-26 14:53 by draco1987
[基金申请] 国合里面能看到了 +7 一怀馨秋 2026-08-26 7/350 2026-08-26 11:23 by zhaosm1982
[基金申请] 项目信息和经费信息在系统里都可以看到了 +6 wittyboy 2026-08-26 14/700 2026-08-26 10:55 by wittyboy
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 今天务委会开完了,明天出结果吗 +19 angus9576 2026-08-25 23/1150 2026-08-26 10:03 by zp519
[基金申请] 牛来!米来!面来! +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 在坚冰还盖着北海的时候,我看到了怒放的梅花。 (金币+10) +6 ziyangfang 2026-08-25 9/450 2026-08-25 20:26 by huagongfeihu
[基金申请] 某些机构,以效率低为荣,以效率低作为存在感 +9 yuleib84 2026-08-25 10/500 2026-08-25 17:14 by alexon
[基金申请] 没有任何消息-是不是就凉了 +9 图啦图啦 2026-08-24 10/500 2026-08-25 11:59 by 南海小哥
信息提示
请填处理意见