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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】namd 出错Periodic cell has become too small for original patch grid!
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574384607

银虫 (小有名气)

[交流] 【求助】namd 出错Periodic cell has become too small for original patch grid! 已有3人参与

体系在水盒子里做模拟，运行过程中，
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disable useFlexibleCell for liquid simulation.
好像是周期性水盒子变小了，这样的话把cellBasisVector调大些预计可以处理掉吗？
还是别的地方出了问题哪？
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1楼 2010-08-10 15:20:23
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

superdirac

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-23 12:50:33
wrapAll                 on
后面再加一行。
margin                  3
赞一下(3人) 回复此楼
我认为，酒一口一口喝，路一步一步走~步子迈大了，喀~容易扯着蛋
8楼2011-03-22 15:13:16
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普通回帖

574384607

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 574384607 at 2010-08-10 15:20:23:
体系在水盒子里做模拟，运行过程中，
FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!
Possible solutions are to restart from a recent checkpoint,
increase margin, or disabl ...

不过我已经把盒子边长设的时候每个边调大了2A了
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2楼2010-08-10 15:24:24
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zhaoyanfei

木虫 (小有名气)
574384607(金币+1): 2011-03-26 07:35:24

遇到这个问题了，还在研究中……
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以虚养心，以德养身，以仁义养天下万物，以道养天下万世
3楼2011-02-22 13:11:47
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-02-24 13:34:35
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-03-22 12:11:43
574384607(金币+1): 2011-03-26 07:35:28

导致这个问题的原因很多
把config贴出来吧
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4楼2011-02-22 16:16:33
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crispsoft

金虫 (小有名气)
574384607(金币+1): 2011-03-26 07:35:37
引用回帖:
Originally posted by wally8962 at 2011-02-22 16:16:33:
导致这个问题的原因很多
把config贴出来吧

您好，我的计算过程中也出现了类似问题（FATAL ERROR: Periodic cell has become too small for original patch grid!），conf文件如下，请指教：structure          ../common/protein_ionized.psf
coordinates        ../common/protein_ionized.pdb

set temperature    310
set outputname     eq1

firsttimestep      0


# Input
paraTypeCharmm            on
parameters          ../common/par_all27_prot_lipid.inp
temperature         $temperature


# Force-Field Parameters
exclude             scaled1-4
1-4scaling          1.0
cutoff              12.0
switching           on
switchdist          10.0
pairlistdist        13.5


# Integrator Parameters
timestep            2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq       2
fullElectFrequency  4  
stepspercycle       20

# Constant Temperature Control
langevin            on    ;#
langevinDamping     5     ;#
langevinTemp        $temperature
langevinHydrogen    off    ;#

# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1    60.0    0.   0.
cellBasisVector2     0.   60.0   0.
cellBasisVector3     0.    0   50.0  
cellOrigin          15.01   5.22  -9.89

wrapAll             on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                 yes
PMEGridSpacing      1.0

#manual grid definition
PMEGridSizeX        72
PMEGridSizeY        72
PMEGridSizeZ        64  


# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure      yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell       no
useConstantArea       no

langevinPiston        on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  200.0
langevinPistonDecay   100.0
langevinPistonTemp    $temperature

#ionized.pdb是被我固定了CA 碳的文件
if {1} {
constraints        on
consref            ../common/ionized.pdb
conskfile          ../common/ionized.pdb
conskcol           B
constraintscaling  10.0
}

# Output
outputName          $outputname

restartfreq         1000     
dcdfreq             1000
xstFreq             1000
outputEnergies      1000
outputPressure      1000

# Minimization
minimize            1000
reinitvels          $temperature

run 10000000
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5楼2011-03-22 09:37:40
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-22 12:12:10
574384607(金币+1): 2011-03-26 07:35:42
langevinPistonPeriod  200.0
langevinPistonDecay   100.0
先把这个改大，这个值太小了，至少400、200，再看看情况
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6楼2011-03-22 10:12:58
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wally8962

木虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-22 12:12:18
574384607(金币+1): 2011-03-26 07:35:47
这个算是约束，不算固定（fix）
正确的步骤需要若干步动力学平衡，逐步减小约束K值，直到0时进入正式模拟。这是原则，目标是尽量使结构以你期望的构型开始计算。运用之妙，存乎一心。
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7楼2011-03-22 11:01:35
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476992939

铜虫 (初入文坛)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
楼主这个问题是怎么解决的？
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9楼2011-10-22 15:04:28
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-11-18 08:23:49
increase margin, or disable useFlexibleCell
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10楼2011-11-18 08:20:49
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