应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建盒子，放入溶质，如何再空隙处添加水分子？
51/1返回列表
查看: 3082  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] MS建盒子，放入溶质，如何再空隙处添加水分子？

请问用MS建了box，把溶质分子加进去了，这时候怎么在空余的地方添加水分子？因为我需要自己指定溶质分子在box中的明确位置，不能让它自己随意的安置。请高手给予详细的说明，不胜感激！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

TOMA'S INDEX

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
奋斗中的小木虫
1楼 2012-05-31 23:24:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mengsk: 金币+9, ★★★★★最佳答案, 非常感谢，我怎么就没想到呢！ 2012-06-02 09:58:07
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-02 10:58:48
遇到这种情况，我采用gromacs里的genbox程序。输出MS所建构型的pdb文件，然后使用gromacs中的命令 genbox -cp ***.pdb -cs spc216.gro -o out.pdb. 再把out.pdb用MS打开
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-06-01 18:45:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

andong1988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mengsk: 金币+1, ★有帮助, helpless and nonsence. Could you think a little before you say sth. ? 2012-06-01 09:48:15
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-01 10:26:08
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。
赞一下 回复此楼
哈哈哈哈
2楼2012-06-01 08:44:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by andong1988 at 2012-06-01 08:44:55
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。

这位童鞋，我说的明确的坐标是我的溶质分子，他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子，强调的是随机放置。
赞一下 回复此楼
奋斗中的小木虫
3楼2012-06-01 09:44:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

andong1988

金虫 (小有名气)
★
chaizhm: 金币+1, 谢谢~ 2012-06-05 20:34:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by mengsk at 2012-06-01 09:44:07
这位童鞋，我说的明确的坐标是我的溶质分子，他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子，强调的是随机放置。...

这样啊，那你可以用一下MS里的sorption模块，然后用fixed loading模块试试吧。
赞一下 回复此楼
哈哈哈哈
5楼2012-06-05 12:39:49
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 化学工程321分求调剂 +9 大米饭！ 2026-03-15 12/600 2026-03-16 21:59 by 大米饭！
[考研] 085600调剂 +5 漾漾123sun 2026-03-12 6/300 2026-03-16 15:58 by 漾漾123sun
[考研] 材料与化工专硕调剂 +3 heming3743 2026-03-16 3/150 2026-03-16 15:05 by peike
[考研] 268求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-14 6/300 2026-03-14 22:20 by 运气yunqi
[考研] 255求调剂 +3 李嘉慧， 2026-03-12 4/200 2026-03-14 16:58 by 有只狸奴
[考研] 297求调剂 +4 学海漂泊 2026-03-13 4/200 2026-03-14 11:51 by 热情沙漠
[考研] 学硕285求调剂 +13 Wisjxn 2026-03-12 46/2300 2026-03-14 10:33 by JourneyLucky
[考研] 307求调剂 +7 超级伊昂大王 2026-03-10 7/350 2026-03-14 00:49 by JourneyLucky
[考研] b区环境工程求调剂 +4 Maps1 2026-03-10 6/300 2026-03-14 00:23 by JourneyLucky
[考研] 318求调剂 +3 李新光 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:21 by JourneyLucky
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +6 步川酷紫123 2026-03-13 6/300 2026-03-13 21:59 by 星空星月
[考研] 333求调剂 +3 球球古力 2026-03-11 3/150 2026-03-13 21:27 by JourneyLucky
[考研] 315求调剂 +9 小羊小羊_ 2026-03-11 10/500 2026-03-13 21:13 by SXNU李老师
[考研] 311求调剂 +3 冬十三 2026-03-13 3/150 2026-03-13 20:41 by JourneyLucky
[考研] 310求调剂 +3 【上上签】 2026-03-11 3/150 2026-03-13 16:16 by JourneyLucky
[考研] 302求调剂 +6 负心者当诛 2026-03-11 6/300 2026-03-13 16:11 by JourneyLucky
[考研] 工科调剂 +4 Jiang191123！ 2026-03-11 4/200 2026-03-13 15:15 by Miko19
[考研] 290求调剂 +3 ADT 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:19 by peike
[考研] 085602化工求调剂 +7 董boxing 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:07 by BruceLiu320
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭