应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS建盒子，放入溶质，如何再空隙处添加水分子？
51/1返回列表
查看: 3179  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

mengsk

金虫 (著名写手)

[求助] MS建盒子，放入溶质，如何再空隙处添加水分子？

请问用MS建了box，把溶质分子加进去了，这时候怎么在空余的地方添加水分子？因为我需要自己指定溶质分子在box中的明确位置，不能让它自己随意的安置。请高手给予详细的说明，不胜感激！
回复此楼

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

TOMA'S INDEX

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
奋斗中的小木虫
1楼 2012-05-31 23:24:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

020100099

铁杆木虫 (著名写手)
能不能在建立盒子的时候，同时加入水分子和溶质分子
赞一下 回复此楼
8楼2014-11-21 22:45:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答

andong1988

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mengsk: 金币+1, ★有帮助, helpless and nonsence. Could you think a little before you say sth. ? 2012-06-01 09:48:15
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-06-01 10:26:08
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。
赞一下 回复此楼
哈哈哈哈
2楼2012-06-01 08:44:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

mengsk

金虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by andong1988 at 2012-06-01 08:44:55
你要加明确的位置可以使用坐标啊。把原子一个个加进去。

这位童鞋，我说的明确的坐标是我的溶质分子，他们之间的空间顺序是我自己定义的。我的问题是如何在这些溶质分子的空隙处添加水分子，强调的是随机放置。
赞一下 回复此楼
奋斗中的小木虫
3楼2012-06-01 09:44:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

visualization

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
mengsk: 金币+9, ★★★★★最佳答案, 非常感谢，我怎么就没想到呢！ 2012-06-02 09:58:07
chaizhm: 金币+3, 谢谢~ 2012-06-02 10:58:48
遇到这种情况，我采用gromacs里的genbox程序。输出MS所建构型的pdb文件，然后使用gromacs中的命令 genbox -cp ***.pdb -cs spc216.gro -o out.pdb. 再把out.pdb用MS打开
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2012-06-01 18:45:20
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 10 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 327求调剂 +10 Xxjc1107. 2026-04-06 11/550 2026-04-09 01:21 by lature00
[考研] 一志愿985初试354分生物调剂 +3 031001 2026-04-06 3/150 2026-04-09 00:30 by Evan_Liu
[考研] 070300化学学硕311分求调剂 +17 梁富贵险中求 2026-04-04 18/900 2026-04-08 22:53 by may_新宇
[考研] 285求调剂 +20 哦呦呼o 2026-04-04 20/1000 2026-04-08 22:23 by yutian743
[基金申请] 有爆料，一个青年教师卖房得400万，然后换了一个四青帽子 +5 babu2015 2026-04-08 5/250 2026-04-08 22:23 by god_tian
[考研] 085600材料与化工专硕329 求调剂 +21 额cc 2026-04-06 22/1100 2026-04-08 18:33 by 环化材-小生
[考研] 287分求调剂 有专利国奖一志愿哈工大085406 +6 白易辰 2026-04-06 7/350 2026-04-06 22:46 by 875465
[考研] 考研调剂 +3 Wwwwwww哇 2026-04-06 3/150 2026-04-06 20:55 by lbsjt
[考研] 材料专硕322 +11 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-05 11/550 2026-04-06 14:07 by lqwchd
[考研] 求调剂 +10 chenxrlkx 2026-04-05 10/500 2026-04-06 11:31 by 猪会飞
[考研] 复试调剂 +5 asdasdassda 2026-04-05 5/250 2026-04-06 09:32 by dongzh2009
[考研] 282求调剂 +7 aaa车辆 2026-04-02 11/550 2026-04-05 17:24 by yulian1987
[考研] 306分材料与化工求调剂 +7 黎吧啦啦你很有� 2026-04-03 7/350 2026-04-05 17:18 by Hdyxbekcb
[考研] 0832食品科学与工程学硕282调剂 +6 鱼在水中游a 2026-04-02 9/450 2026-04-05 11:45 by flysky1234
[考研] 331求调剂 +3 niby 2026-04-02 3/150 2026-04-04 19:56 by 蓝云思雨
[考研] 一志愿北京科技大学材料工程085601，求调剂 +17 cdyw 2026-04-02 18/900 2026-04-04 11:14 by w_xuqing
[考研] 278求调剂 +6 Yy7400 2026-04-03 6/300 2026-04-04 09:53 by zhangdingwa
[考研] 一志愿北京交通大学材料工程总分358 +4 cs0106 2026-04-03 4/200 2026-04-03 13:41 by 百灵童888
[考研] 315分 085602 求调剂 +15 26考研上岸版26 2026-04-02 15/750 2026-04-03 12:45 by xingguangj
[考研] 270调剂 +7 maxjxbsk 2026-04-02 7/350 2026-04-02 09:50 by yulian1987
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭