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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS中sorption模块使用自定义力场出现的问题
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xinghe99

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10楼: Originally posted by ghcacj at 2013-06-08 10:45:39
1电荷项我记得只有很少的力场里才包含，Dreiding和UFF这样的通用力场是不包含的，所以最好手动在属性框里修改
2键的断裂其实无所谓，GCMC算法都是只考虑原子的坐标位置，至于原子间的连接键是什么样的，不影响结果 ...

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按照你说的方法把电荷加到属性框里重新做了，发现吸附量一下变得很大。以前是从小逐渐增大，与实验趋势吻合但是有误差，现在一开始就变得非常的大。这是什么原因呢？
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11楼2013-06-12 10:32:20
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11楼: Originally posted by xinghe99 at 2013-06-12 10:32:20
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按照你说的方法把电荷加到属性框里重新做了，发现吸附量一下变得很大。以前是从小逐渐增大，与实验趋势吻合但是有误差，现在一开始就变得非常的大。这是什么原因呢？...

确定电荷的来源是否可靠，检查整个结构中是否每个原子都被附上了电荷，检查吸附剂总电荷是否为0
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xinghe99
12楼2013-06-12 20:34:22
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12楼: Originally posted by ghcacj at 2013-06-12 20:34:22
确定电荷的来源是否可靠，检查整个结构中是否每个原子都被附上了电荷，检查吸附剂总电荷是否为0...

电荷来源是一篇经典文献上的，每个原子都附上了电荷，总电荷为0。
我把MOF电荷去掉之后（CO2保留电荷）重做了一遍，结果几乎不变，而和之前做的相差很大（MOF、CO2都没电荷）。
我的疑问是：是否吸附质电荷对吸附量影响很大，而吸附剂电荷几乎没有影响？
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13楼2013-06-13 14:00:42
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13楼: Originally posted by xinghe99 at 2013-06-13 14:00:42
电荷来源是一篇经典文献上的，每个原子都附上了电荷，总电荷为0。
我把MOF电荷去掉之后（CO2保留电荷）重做了一遍，结果几乎不变，而和之前做的相差很大（MOF、CO2都没电荷）。
我的疑问是：是否吸附质电荷对吸附 ...

电荷对吸附量影响很明显，这是肯定的，至于你说的吸附剂电荷影响怎样则需要根据体系而定的，但是计算CO2吸附，理论上是一定要考虑骨架电荷的，如果某篇文献并未考虑骨架电荷，通常也是为了吻合实验值的妥协之举，不宜模仿。
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14楼2013-06-13 15:33:11
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14楼: Originally posted by ghcacj at 2013-06-13 15:33:11
电荷对吸附量影响很明显，这是肯定的，至于你说的吸附剂电荷影响怎样则需要根据体系而定的，但是计算CO2吸附，理论上是一定要考虑骨架电荷的，如果某篇文献并未考虑骨架电荷，通常也是为了吻合实验值的妥协之举，不 ...

但是我做MOF-5吸附CO2的实验，骨架电荷存在与否对吸附量几乎没影响，CO2的电荷倒是影响很大
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15楼2013-06-13 16:38:10
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15楼: Originally posted by xinghe99 at 2013-06-13 16:38:10
但是我做MOF-5吸附CO2的实验，骨架电荷存在与否对吸附量几乎没影响，CO2的电荷倒是影响很大...

我不记得这个计算MOF-5的电荷如此不重要，或许是你的计算设置有问题。不过MOF-5吸附CO2的例子有很多人算过，效果都挺好的，你可以看看这篇试着重复下：
Q. Y. Yang and C. L. Zhong, Molecular simulation of carbon dioxide/methane/hydrogen mixture adsorption in metal-organic frameworks, Journal of Physical Chemistry B. 110(2006), pp. 17776-17783.
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16楼2013-06-13 18:27:32
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16楼: Originally posted by ghcacj at 2013-06-13 18:27:32
我不记得这个计算MOF-5的电荷如此不重要，或许是你的计算设置有问题。不过MOF-5吸附CO2的例子有很多人算过，效果都挺好的，你可以看看这篇试着重复下：
Q. Y. Yang and C. L. Zhong, Molecular simulation of car ...

版主 我完全按照这篇文献的条件和设定重新做了一遍还是有较大偏差  不知道哪里出问题了
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17楼2013-06-15 08:38:38
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17楼: Originally posted by xinghe99 at 2013-06-15 08:38:38
版主 我完全按照这篇文献的条件和设定重新做了一遍还是有较大偏差  不知道哪里出问题了...

不知道你有没有注意到这篇文献细化了C原子的类型，不同的类型力场参数不一样，此外MS中的LJ12-6方程与文献中也不一致，sigma这个参数存在一个单位转换的问题，不知道这些是否都做到了。
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18楼2013-06-15 09:46:46
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18楼: Originally posted by ghcacj at 2013-06-15 09:46:46
不知道你有没有注意到这篇文献细化了C原子的类型，不同的类型力场参数不一样，此外MS中的LJ12-6方程与文献中也不一致，sigma这个参数存在一个单位转换的问题，不知道这些是否都做到了。...

有三种C原子 两种O原子  参数的单位转换了
你们做的结果都挺好的呗  我同时做了ZIF-8吸附CO2的模拟 与文献误差较小  准备开始下一步的工作 这块先略过了
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19楼2013-06-15 11:16:52
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19楼: Originally posted by xinghe99 at 2013-06-15 11:16:52
有三种C原子 两种O原子  参数的单位转换了
你们做的结果都挺好的呗  我同时做了ZIF-8吸附CO2的模拟 与文献误差较小  准备开始下一步的工作 这块先略过了...

我的意思是力场参数中的Sigma用到MS中要乘以(2)^(1/6)，这点别忘了。
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20楼2013-06-15 11:20:47
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