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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 急求解答，关于力场的电荷参数！！！
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haoguoyu

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1楼 2013-10-27 09:38:25
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2013-10-29 14:18:15
基组不一定要十分大，有时候半经验都行
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2楼2013-10-27 12:08:09
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
haoguoyu: 金币+5, ★★★很有帮助 2013-10-29 09:49:54
月只蓝: 金币+3, 感谢指导！ 2013-10-29 14:17:55
静电作用衰减很慢，主导远程作用，因此可以说静电参数对于体系的热涨、扩散、介电驰豫等性质具有决定性作用。

一般通用力场拟合静电参数要考虑三个因素：1. 对比分子偶极矩是否与第一原理一致，非极性分子比如苯需要考虑四级距；2. 是否需要对此原子类型的静电参数进行迁移，如果是，则考虑对一个训练基内所有的分子的偶极都有较好的重现性；3. 模拟的宏观性质的密度和蒸发焓与实验值相比是否在可接受的偏差范围内；

拟合力场的话，一般使用B3LYP/6-31++g**。因为DFT计算的偶极矩是比较理想的，这个基组是中等基组，计算较快，而且充分考虑了极化和弥散，对有孤对电子的体系以及离子都有所顾及。

不同的从头算方法，和电荷布居方案得到的电荷参数有时候差别很大。不过，分子整体偶极矩往往差别不大。一般拟合力场，电荷计算方法建议选用“分子偶极与对称约束下的静电势ESP电荷”，比如ChelpG，或Hirshfield方法。因为这种电荷计算方法不是根据波函数或轨道去往原子核上分配电荷，而是根据分子周围的探测电荷感受到的静电作用的大小来拟合电荷，因此更适用于力场开发。

值得注意的是，直接使用从头算或第一原理计算出来的电荷未必能得到理想的结果。因为从头算或第一原理计算出来的偶极矩往往是真空孤立分子的偶极矩，而在凝聚态中，其偶极矩会有明显变化。这是力场开发中比较棘手的问题。你可以尝试选择合适的介电常数，对分子加连续溶剂计算电荷，比较一下真空中的电荷，看哪个结果得到的力场能更好地重现宏观性质。
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3楼2013-10-29 07:37:13
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haoguoyu

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4楼2013-10-29 09:56:20
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 感谢指导！ 2013-10-30 18:56:31
引用回帖:
4楼: Originally posted by haoguoyu at 2013-10-28 13:56:20
拟合力场的从头算用的是什么电荷？...

ChelpG  或者 Hrishfiled
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5楼2013-10-29 14:50:13
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