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plafalines捐助贵宾 (小有名气)
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用tinker的amoeba09力场模拟~~总是提示参数未定义~~~怎么办啊~热切求助
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用tinker的amoeba09模拟一个NaCl水溶液体系 总是提示: Random Number Generator Initialized with SEED : 123456789 MECHANIC -- Some Required Potential Energy Parameters are Undefined TINKER is Unable to Continue; Terminating the Current Calculation xyz文件和key文件见附件 求助各位高手 [ Last edited by plafalines on 2011-5-3 at 22:55 ] |
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2楼2011-05-04 22:20:27
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3楼2011-05-04 22:47:56
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【答案】应助回帖
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御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 感谢无私回答 2011-07-14 19:57:56
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 感谢无私回答 2011-07-14 19:57:56
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你的key文件里只有力场参数，没有动力学计算需要的参数，当然会提示有些参数没有定义啦~ 这里有我测试用的key文件。你用时把parameters这行后面的改成你自己装的Tinker中amoeba09力场参数文件的位置。其他参数你改成适合你体系的就行了。 parameters /opt/tinker/params/amoeba09 verbose save-velocity archive polar-eps 0.01 cutoff 9.0 neighbor-list list-buffer 0.5 ewald ewald-cutoff 9.0 pme-grid 19 19 19 pme-order 5 fft-package fftw a-axis 19.8647 integrate verlet thermostat berendsen tau-temperature 0.2 barostat berendsen tau-pressure 1.0 compress 0.000046 |
4楼2011-07-14 00:00:02
ChemiAndy
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ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-07-23 09:24:51
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-07-23 09:24:51
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你这key文件定义了PME，但是4.2版手册67页上说： EWALD SUMMATION METHODS TINKER contains a versions of the Ewald summation technique for inclusion of long range electrostatic interactions via periodic boundaries. The particle mesh Ewald (PME) method is available for simple charge-charge potentials, while regular Ewald is provided for polarizable atomic multipole interactions. 即TINKER中PME方法不用于极化力场的静电计算，它只适于固定电荷模型。 |
5楼2011-07-23 03:43:35
fcenf
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7楼2011-07-23 20:29:19
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8楼2011-08-05 05:04:20