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米喵喵

新虫 (小有名气)

[求助] AUTODUCK能不能做四聚体?

下载了一个PDB文件。。。
导师说要拼成四聚体,这个PDB文件只是单聚体。我试着用其他软件拼成四聚体,读进AUTODUCK时,去水加氢时,加氢时总是显示“could not fint atomic munber for Ap Ap"...
我也不是很懂,不过如果是单独这个单聚体的PDB,是可以加氢的。
所以可能是弄四聚体时的问题。
请教一下大家,能用AUTODUCK拼四聚体吗?如果可以,怎么做?请大家帮忙。
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天永远不会塌~不要怕~
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DMandMD

金虫 (初入文坛)

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-31 17:54:12
单聚体是什么?分子量多少?AUTODUCK不能拼成四聚体,可以手工做好后放进去。你问题不太清楚啊……

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2楼2011-12-30 09:26:32
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leo1252

金虫 (正式写手)

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-31 17:54:20
只用过AutoDock 没有用过autoduck,如果蛋白拼接为四聚体的时候,还是要十分小心的,小的碰撞都可能对后续结果影响很大

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3楼2011-12-30 19:04:48
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米喵喵

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by DMandMD at 2011-12-30 09:26:32:
单聚体是什么?分子量多少?AUTODUCK不能拼成四聚体,可以手工做好后放进去。你问题不太清楚啊……

谢谢啊~我才接触~手工弄了一个了~放进去好像不太可以~我再试试~不懂再请教你~
天永远不会塌~不要怕~
4楼2012-01-02 13:55:11
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米喵喵

新虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
: Originally posted by leo1252 at 2011-12-30 19:04:48:
只用过AutoDock 没有用过autoduck,如果蛋白拼接为四聚体的时候,还是要十分小心的,小的碰撞都可能对后续结果影响很大

谢谢你·我也对自己无语了~连发贴都打错~
哈哈~我拼了一个四聚体~用PYMOL~先看一下先~
天永远不会塌~不要怕~
5楼2012-01-02 13:56:27
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leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
御剑江湖(金币+3): 鼓励交流 2012-01-04 19:14:56
引用回帖:
5楼: Originally posted by 米喵喵 at 2012-01-02 13:56:27:
谢谢你·我也对自己无语了~连发贴都打错~
哈哈~我拼了一个四聚体~用PYMOL~先看一下先~

既然四聚体已经拼接起来,那么你首先要确定你拼接的四聚体的结构是否可靠,因为你手动拼接有很大的人为因素,你拼接的结构是否可靠就有待考究。
6楼2012-01-04 16:47:58
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12345123456

捐助贵宾 (正式写手)

科研技术服务,微生物研究


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
我们技术常说,四聚体是个很专的领域,现在在北京不常有,这项技术的价格比较高。如果想进一步了解,我们欢迎交流
7楼2012-04-10 14:40:09
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芳香之玉

新虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-02-16 10:14:48
月只蓝: 金币+5, 鼓励新手参与讨论。 2014-02-16 10:14:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by leo1252 at 2011-12-30 19:04:48
只用过AutoDock 没有用过autoduck,如果蛋白拼接为四聚体的时候,还是要十分小心的,小的碰撞都可能对后续结果影响很大

请问一下您对Autoduck是很专业的吧?能帮忙设计一个Autoduck针对某一靶点蛋白的彩图吗?付费的也可以。如果可以请回复,谢谢。
8楼2014-02-16 08:45:22
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fengrui826

新虫 (小有名气)

送红花一朵
您好,想问您一下怎样拼接成四聚体?我也遇到了同样的问题,下载的单聚体想拼接成四聚体进行对接研究,想问您是使用什么软件进行拼接的?
9楼2017-10-26 11:20:56
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