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【讨论】在创建钾离子通道蛋白四聚体时出现问题 已有3人参与
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在创建钾离子通道蛋白四聚体时出现问题，我按照tutorial操作的过程如下： 在01-BUILD目录下： vmd Extensions ——》Tk Console mol load pdb 1K4C.pdb set all [atomselect top all] $all set segname A $all writepdb KCSA-A.pdb $all delete set sel [atomselect top "all and not name K"] $sel set segname B $sel move {{-1.0 0.0 0.0 310.66} {0.0 -1.0 0.0 310.66} {0.0 0.0 1.0 0.0} {0.0 0.0 0.0 1.0}} $sel writepdb KCSA-B.pdb $sel delete mol delete top mol load pdb 1K4C.pdb set sel [atomselect top "all and not name K"] $sel set segname C $sel move {{0.0 -1.0 0.0 310.66} {1.0 0.0 0.0 0.0} {0.0 0.0 1.0 0.0} {0.0 0.0 0.0 1.0}} $sel writepdb KCSA-C.pdb $sel delete mol delete top mol load pdb 1K4C.pdb set sel [atomselect top "all and not name K"] $sel set segname D $sel move {{0.0 1.0 0.0 0.0} {-1.0 0.0 0.0 310.66} {0.0 0.0 1.0 0.0} {0.0 0.0 0.0 1.0}} $sel writepdb KCSA-D.pdb $sel delete Exit VMD cat KCSA-A.pdb KCSA-B.pdb KCSA-C.pdb KCSA-D.pdb > KCSA.pdb gedit KCSA.pdb，然后 delete the lines: END CRYST1 155.330 155.330 76.270 90.00 90.00 90.00 P 1 1 再存储为KCSA-ALL.pdb 再次在在01-BUILD目录下打开VMD，发现KCSA-ALL.pdb不是四聚体构象   而01-BUILD目录的example-out里的KCSA-ALL.pdb用vmd打开后是四聚体构象：   我查看了我的KCSA-A.pdb KCSA-B.pdb KCSA-C.pdb KCSA-D.pdb 坐标，发现坐标没有重复的啊。然后用VMD依次打开发现正好可以构成一个四聚体的构象，而且和example-out里的KCSA-ALL.pdb一样。这是依次打开后所构成的图请看：   |
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2楼2010-11-10 15:45:33
3楼2010-11-10 15:49:36
wally8962
木虫 (著名写手)
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4楼2010-11-10 17:28:12
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已解决，就是处于segementA与B B与C C与D之间的 END CRYST1 155.330 155.330 76.270 90.00 90.00 90.00 P 1 1 我没收删除。这样VMD读取分子时读到END就会停止，而导致出来的不是四聚体构象。 自己太粗心了，没好好理解这句话： Using a text editor open the file KCSA.pdb, search for END and delete the lines: END CRYST1 155.330 155.330 76.270 90.00 90.00 90.00 P 1 1 that are between segments A and B, B and C, as well as those found between segments C and D. 终于克服了。 谢谢各位的指点了。谢谢 |
5楼2010-11-10 19:21:02
shenchun11
铁虫 (小有名气)
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