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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » AUTODUCK能不能做四聚体？
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米喵喵

新虫 (小有名气)

[求助] AUTODUCK能不能做四聚体？

下载了一个PDB文件。。。
导师说要拼成四聚体，这个PDB文件只是单聚体。我试着用其他软件拼成四聚体，读进AUTODUCK时，去水加氢时，加氢时总是显示“could not fint atomic munber for Ap Ap"...
我也不是很懂，不过如果是单独这个单聚体的PDB，是可以加氢的。
所以可能是弄四聚体时的问题。
请教一下大家，能用AUTODUCK拼四聚体吗？如果可以，怎么做？请大家帮忙。
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fengrui826

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天永远不会塌～不要怕～
1楼 2011-12-28 19:32:20
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DMandMD

金虫 (初入文坛)
★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-12-31 17:54:12
单聚体是什么？分子量多少？AUTODUCK不能拼成四聚体，可以手工做好后放进去。你问题不太清楚啊……
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米喵喵
2楼2011-12-30 09:26:32
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leo1252

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-12-31 17:54:20
只用过AutoDock 没有用过autoduck，如果蛋白拼接为四聚体的时候，还是要十分小心的，小的碰撞都可能对后续结果影响很大
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米喵喵
3楼2011-12-30 19:04:48
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米喵喵

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by DMandMD at 2011-12-30 09:26:32:
单聚体是什么？分子量多少？AUTODUCK不能拼成四聚体，可以手工做好后放进去。你问题不太清楚啊……

谢谢啊～我才接触～手工弄了一个了～放进去好像不太可以～我再试试～不懂再请教你～
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天永远不会塌～不要怕～
4楼2012-01-02 13:55:11
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米喵喵

新虫 (小有名气)
送鲜花一朵
引用回帖:
楼: Originally posted by leo1252 at 2011-12-30 19:04:48:
只用过AutoDock 没有用过autoduck，如果蛋白拼接为四聚体的时候，还是要十分小心的，小的碰撞都可能对后续结果影响很大

谢谢你·我也对自己无语了～连发贴都打错～
哈哈～我拼了一个四聚体～用PYMOL～先看一下先～
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天永远不会塌～不要怕～
5楼2012-01-02 13:56:27
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leo1252

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
御剑江湖(金币+3): 鼓励交流 2012-01-04 19:14:56
引用回帖:
5楼: Originally posted by 米喵喵 at 2012-01-02 13:56:27:
谢谢你·我也对自己无语了～连发贴都打错～
哈哈～我拼了一个四聚体～用PYMOL～先看一下先～

既然四聚体已经拼接起来，那么你首先要确定你拼接的四聚体的结构是否可靠，因为你手动拼接有很大的人为因素，你拼接的结构是否可靠就有待考究。
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6楼2012-01-04 16:47:58
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12345123456

捐助贵宾 (正式写手)

科研技术服务，微生物研究

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
我们技术常说，四聚体是个很专的领域，现在在北京不常有，这项技术的价格比较高。如果想进一步了解，我们欢迎交流
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7楼2012-04-10 14:40:09
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芳香之玉

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-02-16 10:14:48
月只蓝: 金币+5, 鼓励新手参与讨论。 2014-02-16 10:14:54
引用回帖:
3楼: Originally posted by leo1252 at 2011-12-30 19:04:48
只用过AutoDock 没有用过autoduck，如果蛋白拼接为四聚体的时候，还是要十分小心的，小的碰撞都可能对后续结果影响很大

请问一下您对Autoduck是很专业的吧？能帮忙设计一个Autoduck针对某一靶点蛋白的彩图吗？付费的也可以。如果可以请回复，谢谢。
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8楼2014-02-16 08:45:22
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fengrui826

新虫 (小有名气)
送红花一朵
您好，想问您一下怎样拼接成四聚体？我也遇到了同样的问题，下载的单聚体想拼接成四聚体进行对接研究，想问您是使用什么软件进行拼接的？
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9楼2017-10-26 11:20:56
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