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fcenf

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 感谢无私回答 2011-07-14 19:57:56
引用回帖:
Originally posted by plafalines at 2011-05-03 13:40:17:
用tinker的amoeba09模拟一个NaCl水溶液体系 总是提示:

Random Number Generator Initialized with SEED :      123456789

MECHANIC  --  Some Required Potential Energy Parameters are Undefined

T ...

你的key文件里只有力场参数,没有动力学计算需要的参数,当然会提示有些参数没有定义啦~
这里有我测试用的key文件。你用时把parameters这行后面的改成你自己装的Tinker中amoeba09力场参数文件的位置。其他参数你改成适合你体系的就行了。


parameters       /opt/tinker/params/amoeba09
verbose
save-velocity
archive


polar-eps        0.01

cutoff           9.0
neighbor-list
list-buffer      0.5

ewald
ewald-cutoff     9.0
pme-grid         19 19 19
pme-order        5
fft-package      fftw

a-axis           19.8647
integrate        verlet
thermostat       berendsen
tau-temperature  0.2
barostat         berendsen
tau-pressure     1.0
compress         0.000046
http://home.ustc.edu.cn/~fucf
4楼2011-07-14 00:00:02
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