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fcenf

木虫 (初入文坛)

模拟EPI: 1
应助: 0 (幼儿园)
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红花: 1
帖子: 29
在线: 93.7小时
虫号: 740553
注册: 2009-04-05
性别: GG
专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 感谢无私回答 2011-07-14 19:57:56

引用回帖:

Originally posted by plafalines at 2011-05-03 13:40:17:
用tinker的amoeba09模拟一个NaCl水溶液体系总是提示:

Random Number Generator Initialized with SEED : 123456789

MECHANIC -- Some Required Potential Energy Parameters are Undefined

T ...

你的key文件里只有力场参数，没有动力学计算需要的参数，当然会提示有些参数没有定义啦~
这里有我测试用的key文件。你用时把parameters这行后面的改成你自己装的Tinker中amoeba09力场参数文件的位置。其他参数你改成适合你体系的就行了。

parameters    /opt/tinker/params/amoeba09
verbose
save-velocity
archive

polar-eps       0.01

cutoff          9.0
neighbor-list
list-buffer    0.5

ewald
ewald-cutoff    9.0
pme-grid       19 19 19
pme-order       5
fft-package    fftw

a-axis          19.8647
integrate       verlet
thermostat    berendsen
tau-temperature  0.2
barostat       berendsen
tau-pressure    1.0
compress       0.000046

赞一下(2人)

http://home.ustc.edu.cn/~fucf

4楼2011-07-14 00:00:02

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智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

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