| 查看: 2172 | 回复: 7 | |||
| 本帖产生 1 个 模拟EPI ，点击这里进行查看 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
plafalines捐助贵宾 (小有名气)
|
[求助]
用tinker的amoeba09力场模拟~~总是提示参数未定义~~~怎么办啊~热切求助
|
||
|
用tinker的amoeba09模拟一个NaCl水溶液体系 总是提示: Random Number Generator Initialized with SEED : 123456789 MECHANIC -- Some Required Potential Energy Parameters are Undefined TINKER is Unable to Continue; Terminating the Current Calculation xyz文件和key文件见附件 求助各位高手 [ Last edited by plafalines on 2011-5-3 at 22:55 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
材料，纺织，生物（0856、0710），化学招生啦
已经有7人回复
-
301求调剂
已经有5人回复
-
281求调剂（0805）
已经有7人回复
-
材料与化工求调剂
已经有6人回复
-
299求调剂
已经有4人回复
-
277调剂
已经有6人回复
-
341求调剂
已经有7人回复
-
328求调剂，英语六级551，有科研经历
已经有8人回复
-
293求调剂
已经有12人回复
-
070300化学319求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- Matlab画图求助? (有人说, 标题一定要长------------------------->)
已经有5人回复
- matlab拟合拟均相动力学参数
已经有6人回复
- 求助 Origin 自定义函数输入问题
已经有4人回复
- AUTODUCK能不能做四聚体？
已经有8人回复
- 关于使用ANSYS进行模拟的问题
已经有8人回复
- 有偿求助！有关气液两相沸腾相变 做二维即可
已经有4人回复
- 结构优化参数设置
已经有6人回复
- 小木虫论坛引入“专业版应助”参数，大家多多参与哦~~
已经有16人回复
- 求助：滤光片HT@1064 HR@532 θ=45° 中各参数指什么？
已经有4人回复
- 求ANSYS用于焊接分析的生死单元的例子
已经有4人回复
- 谢谢已解决问题，麻烦版主处理
已经有3人回复
- 【500金币本版活动】“经验力场分子模拟+第一性原理计算问题讨论互助及资源共享”
已经有82人回复
- 【讨论】分子模拟中力场参数的调节讨论
已经有7人回复
- 【求助】materials studio 软件中高分子材料模拟的力场选择
已经有10人回复
- 【求助】The fictitious box mass 这个东西起到什么作用
已经有3人回复
fcenf
木虫 (初入文坛)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 3032.2
- 红花: 1
- 帖子: 29
- 在线: 93.7小时
- 虫号: 740553
- 注册: 2009-04-05
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 感谢无私回答 2011-07-14 19:57:56
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 感谢无私回答 2011-07-14 19:57:56
|
你的key文件里只有力场参数，没有动力学计算需要的参数，当然会提示有些参数没有定义啦~ 这里有我测试用的key文件。你用时把parameters这行后面的改成你自己装的Tinker中amoeba09力场参数文件的位置。其他参数你改成适合你体系的就行了。 parameters /opt/tinker/params/amoeba09 verbose save-velocity archive polar-eps 0.01 cutoff 9.0 neighbor-list list-buffer 0.5 ewald ewald-cutoff 9.0 pme-grid 19 19 19 pme-order 5 fft-package fftw a-axis 19.8647 integrate verlet thermostat berendsen tau-temperature 0.2 barostat berendsen tau-pressure 1.0 compress 0.000046 |
4楼2011-07-14 00:00:02
piaoma
木虫 (小有名气)
- 应助: 6 (幼儿园)
- 金币: 2725.5
- 散金: 157
- 帖子: 162
- 在线: 590.2小时
- 虫号: 201836
- 注册: 2006-02-28
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
2楼2011-05-04 22:20:27
plafalines
捐助贵宾 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 27.1
- 散金: 21
- 红花: 8
- 帖子: 89
- 在线: 116.9小时
- 虫号: 1051786
- 注册: 2010-07-04
- 专业: 理论和计算化学
3楼2011-05-04 22:47:56
ChemiAndy
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 40
- 应助: 52 (初中生)
- 金币: 2573.3
- 散金: 18
- 红花: 104
- 帖子: 590
- 在线: 553.8小时
- 虫号: 836907
- 注册: 2009-08-30
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-07-23 09:24:51
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-07-23 09:24:51
|
你这key文件定义了PME，但是4.2版手册67页上说： EWALD SUMMATION METHODS TINKER contains a versions of the Ewald summation technique for inclusion of long range electrostatic interactions via periodic boundaries. The particle mesh Ewald (PME) method is available for simple charge-charge potentials, while regular Ewald is provided for polarizable atomic multipole interactions. 即TINKER中PME方法不用于极化力场的静电计算，它只适于固定电荷模型。 |
5楼2011-07-23 03:43:35
