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ghs25372216

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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ghs25372216: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-11 13:41:28
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-11 13:51:29
第一个问题:
使用命令:eval "vecadd [[atomselect top all] get charge]"

第二个问题:
阅读NAMD 手册把这几个命令的意义搞明白
阅读手册
阅读手册
阅读手册
阅读手册
...............
...............
"又怎么加入这些水分子?" 读VMD手册

...............
...............
到底该如何设置盒子大小

这个问题可以搜搜版上千人的总结和相关的参考文献
2楼2012-06-11 13:22:51
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

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3楼2012-06-11 13:46:42
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghs25372216: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-06-11 14:10:43
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-06-11 14:55:27
内容已删除
4楼2012-06-11 14:03:08
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)

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5楼2012-06-11 14:10:35
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-06-11 14:10:35
谢谢版主的关照,谢谢!...

不客气,刚开始学习MD的时候,都会有很多很多问题,多交流,肯努力,以后就会好起来的。
6楼2012-06-11 14:30:02
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小小刘亚男

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-11 13:22:51
第一个问题:
使用命令:eval "vecadd "

第二个问题:
阅读NAMD 手册把这几个命令的意义搞明白
阅读手册
阅读手册
阅读手册
阅读手册
...............
...............
"又怎么加入这些水分子?" 读VM ...

怎样设置盒子,使得为正方体,我用的solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb这样命令,但是这样只能保证溶剂边长,但是溶质大小不能忽略,最后就成了长方体,有没有其他命令,求解。。。。。
一切靠自己,让家人过得更好。
7楼2014-06-06 16:43:53
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素君~~~

银虫 (小有名气)

请问楼主,我遇到跟你一样的问题,现在弄不明白第二个问题,如何设定水盒子的大小,我现在需要设置水盒子为90nm-80nm-80nm,在VMD中一直没能设置成功,不知道楼主解决了吗?
在最值得奋斗的日子,好好学习,天天向上,这不也是一种幸福吧
8楼2015-09-01 10:05:25
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