24小时热门版块排行榜    

查看: 2628  |  回复: 7

ghs25372216

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

» 收录本帖的淘帖专辑推荐

NAMD NAMD

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
ghs25372216: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-11 13:41:28
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-11 13:51:29
第一个问题:
使用命令:eval "vecadd [[atomselect top all] get charge]"

第二个问题:
阅读NAMD 手册把这几个命令的意义搞明白
阅读手册
阅读手册
阅读手册
阅读手册
...............
...............
"又怎么加入这些水分子?" 读VMD手册

...............
...............
到底该如何设置盒子大小

这个问题可以搜搜版上千人的总结和相关的参考文献
2楼2012-06-11 13:22:51
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghs25372216

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

3楼2012-06-11 13:46:42
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghs25372216: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-06-11 14:10:43
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-06-11 14:55:27
内容已删除
4楼2012-06-11 14:03:08
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ghs25372216

禁虫 (正式写手)

本帖内容被屏蔽

5楼2012-06-11 14:10:35
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

引用回帖:
5楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-06-11 14:10:35
谢谢版主的关照,谢谢!...

不客气,刚开始学习MD的时候,都会有很多很多问题,多交流,肯努力,以后就会好起来的。
6楼2012-06-11 14:30:02
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小小刘亚男

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-11 13:22:51
第一个问题:
使用命令:eval "vecadd "

第二个问题:
阅读NAMD 手册把这几个命令的意义搞明白
阅读手册
阅读手册
阅读手册
阅读手册
...............
...............
"又怎么加入这些水分子?" 读VM ...

怎样设置盒子,使得为正方体,我用的solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb这样命令,但是这样只能保证溶剂边长,但是溶质大小不能忽略,最后就成了长方体,有没有其他命令,求解。。。。。
一切靠自己,让家人过得更好。
7楼2014-06-06 16:43:53
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

素君~~~

银虫 (小有名气)

请问楼主,我遇到跟你一样的问题,现在弄不明白第二个问题,如何设定水盒子的大小,我现在需要设置水盒子为90nm-80nm-80nm,在VMD中一直没能设置成功,不知道楼主解决了吗?
在最值得奋斗的日子,好好学习,天天向上,这不也是一种幸福吧
8楼2015-09-01 10:05:25
已阅   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 学员qhVMrx 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 关于豆爷回答的JTJC与%2F数量 +3 yang182083 2026-08-06 4/200 2026-08-07 11:07 by 虫友是什么虫
[基金申请] 基金中了 +11 laoda193707 2026-08-06 11/550 2026-08-07 10:54 by TT和NN
[基金申请] filecode +14 等待解的谜 2026-08-06 18/900 2026-08-07 10:13 by naalan7001
[基金申请] 听说今天filecode变了 +21 布布和一二 2026-08-06 44/2200 2026-08-07 10:11 by 布布和一二
[基金申请] 固定端突然变了,今天 +4 archvillain 2026-08-06 8/400 2026-08-07 08:06 by 带你看大海
[基金申请] filecode +8 布布和一二 2026-08-06 11/550 2026-08-06 20:41 by tangpu318
[基金申请] 大家散了吧,后缀研究没有意义,别浪费时间了,过好目前的每一天,不要焦虑 +5 Tide man 2026-08-06 6/300 2026-08-06 20:19 by 苏知砚
[基金申请] 求各位大神看下 100+6 hpkpkpkp 2026-08-05 33/1650 2026-08-06 14:49 by zhiyanjiang
[教师之家] 咨询面上基金 +4 李长云 2026-07-31 7/350 2026-08-06 11:20 by 李长云
[基金申请] 影响面上的因素 +8 布布和一二 2026-08-05 11/550 2026-08-06 10:41 by 宝贝虫子
[基金申请] 8月时间戳变的,举个手。玩一下,释放压力 +9 archvillain 2026-08-04 11/550 2026-08-05 20:06 by wlwhappy
[基金申请] 面上再次挂了,太难了,躺也躺不了,倦也卷不过,小学校之殇! +22 低垂的野花 2026-07-31 30/1500 2026-08-05 18:03 by 低垂的野花
[基金申请] 好消息?这个有何含义??? +8 Tide man 2026-08-05 10/500 2026-08-05 16:14 by xmuxiaoyu
[考博] 【2027博士申请】纳米药物递送方向 20+3 13586093586 2026-08-03 4/200 2026-08-05 09:59 by lfy8008
[基金申请] 有没有H口的?有收到消息的吗? +3 超级海虾 2026-08-04 3/150 2026-08-04 17:26 by 学教育滴
[论文投稿] 十年后又回来了,论文投稿求助 +3 哈哈114477 2026-08-01 3/150 2026-08-04 15:40 by tegsgjy20
[基金申请] 纯娱乐,不喜欢勿喷 +7 Tide man 2026-08-04 10/500 2026-08-04 15:10 by loufangrui
[基金申请] 面上提前没消息,有中的吗 +14 archvillain 2026-08-02 18/900 2026-08-04 14:42 by archvillain
[基金申请] 娱乐 +4 Tide man 2026-08-03 4/200 2026-08-04 11:51 by wgch518
[基金申请] 什么时候能放榜呀? +3 Jacob678 2026-08-03 3/150 2026-08-03 16:14 by gltch
信息提示
请填处理意见