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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于NAMD初学者有几个问题求解答？
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ghs25372216

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1楼 2012-06-11 12:51:01
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ghs25372216: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-11 13:41:28
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-11 13:51:29
第一个问题：
使用命令：eval "vecadd [[atomselect top all] get charge]"

第二个问题：
阅读NAMD 手册把这几个命令的意义搞明白
阅读手册
阅读手册
阅读手册
阅读手册
...............
...............
"又怎么加入这些水分子？" 读VMD手册

...............
...............
到底该如何设置盒子大小

这个问题可以搜搜版上千人的总结和相关的参考文献
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2楼2012-06-11 13:22:51
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ghs25372216

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3楼2012-06-11 13:46:42
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
ghs25372216: 金币+20, ★★★很有帮助 2012-06-11 14:10:43
zh1987hs: 金币+5, 谢谢 2012-06-11 14:55:27
内容已删除
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4楼2012-06-11 14:03:08
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)
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5楼2012-06-11 14:10:35
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ghs25372216 at 2012-06-11 14:10:35
谢谢版主的关照，谢谢！...

不客气，刚开始学习MD的时候，都会有很多很多问题，多交流，肯努力，以后就会好起来的。
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6楼2012-06-11 14:30:02
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小小刘亚男

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-11 13:22:51
第一个问题：
使用命令：eval "vecadd "

第二个问题：
阅读NAMD 手册把这几个命令的意义搞明白
阅读手册
阅读手册
阅读手册
阅读手册
...............
...............
"又怎么加入这些水分子？" 读VM ...

怎样设置盒子，使得为正方体，我用的solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb这样命令，但是这样只能保证溶剂边长，但是溶质大小不能忽略，最后就成了长方体，有没有其他命令，求解。。。。。
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一切靠自己，让家人过得更好。
7楼2014-06-06 16:43:53
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素君~~~

银虫 (小有名气)
请问楼主，我遇到跟你一样的问题，现在弄不明白第二个问题，如何设定水盒子的大小，我现在需要设置水盒子为90nm-80nm-80nm，在VMD中一直没能设置成功，不知道楼主解决了吗？
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在最值得奋斗的日子，好好学习，天天向上，这不也是一种幸福吧
8楼2015-09-01 10:05:25
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