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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 关于NAMD初学者有几个问题求解答？
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ghs25372216

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1楼 2012-06-11 12:51:01
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小小刘亚男

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by jiaoyixiong at 2012-06-11 13:22:51
第一个问题：
使用命令：eval "vecadd "

第二个问题：
阅读NAMD 手册把这几个命令的意义搞明白
阅读手册
阅读手册
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阅读手册
...............
...............
"又怎么加入这些水分子？" 读VM ...

怎样设置盒子，使得为正方体，我用的solvate ubq.psf ubq.pdb -t 5 -o ubq wb这样命令，但是这样只能保证溶剂边长，但是溶质大小不能忽略，最后就成了长方体，有没有其他命令，求解。。。。。
赞一下 回复此楼
一切靠自己，让家人过得更好。
7楼2014-06-06 16:43:53
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ghs25372216: 金币+10, ★★★很有帮助 2012-06-11 13:41:28
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-06-11 13:51:29
第一个问题：
使用命令：eval "vecadd [[atomselect top all] get charge]"

第二个问题：
阅读NAMD 手册把这几个命令的意义搞明白
阅读手册
阅读手册
阅读手册
阅读手册
...............
...............
"又怎么加入这些水分子？" 读VMD手册

...............
...............
到底该如何设置盒子大小

这个问题可以搜搜版上千人的总结和相关的参考文献
赞一下 回复此楼
2楼2012-06-11 13:22:51
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)
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3楼2012-06-11 13:46:42
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ghs25372216

禁虫 (正式写手)
本帖内容被屏蔽
5楼2012-06-11 14:10:35
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