| 查看: 2149 | 回复: 10 | |||
lyfxie8607木虫 (著名写手)
|
[求助]
300金币求帮忙解决个PMF相关的问题
|
||
|
所用软件：NAMD 模拟方法：ABF simulation 模拟对象：离子通道（膜蛋白） 单离子穿越通道模拟PMF(Potential means of force) 问题：投文章，审稿人给的意见如下 It is particularly striking that the PMF is asymmetric (different end point values between cytosolic and extracellular sides although - under periodic boundary conditions - the final ion activities are identical). This hints at a massive hysteresis or nonergodicity problem that needs to be clarified and remedied. 大概意思是生成的PMF曲线不对称，我做的两条曲线（红线和蓝线）的起点和终点的差距比较大，图片中的红圈部分所示。审稿人提示说是hysteresis（磁滞）或nonergodicity（非遍历性）的问题。 由于本人对这两个概念不了解，所以求解答。 1.为什么我做的PMF曲线不对称，原因可能有哪些？ 2.在不否定我的结果的基础上，怎么回答这个审稿人提出的问题比较合理？ 3.求解释hysteresis（磁滞）或nonergodicity（非遍历性）的概念，它们和PMF有什么关系？  1.jpg |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 NAMD |
» 猜你喜欢
国自科面上基金字体
已经有6人回复
-
304求调剂
已经有3人回复
-
304求调剂
已经有6人回复
-
材料与化工一志愿南昌大学327求调剂推荐
已经有8人回复
-
0703 物理化学调剂
已经有5人回复
-
化学工程321分求调剂
已经有7人回复
-
0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投
已经有7人回复
-
308求调剂
已经有3人回复
-
本人考085602 化学工程 专硕
已经有10人回复
-
焦虑
已经有9人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 至少500金币求解答一个问题-磷氧键（主要是P=O双键，还有P-O单键）键能多少？
已经有12人回复
- ！！重金悬赏！！只要解决问题，200金币送你了！！
已经有4人回复
- 求程序查错，关于多组分多相流指针问题，解决的话送上所有金币
已经有15人回复
- 一级质谱良好，但二级质谱效果很差，请教原因，问题解决赠送所有金币，谢谢！！！
已经有26人回复
- 关于XPS的几个问题，求指导！（小弟金币实在寒颤，真心希望高手解答）
已经有12人回复
- 求兄弟们帮我解决一个问题20金币送你了！
已经有15人回复
- 50个金币求助解决debug assertion failed问题
已经有4人回复
- 100金币求解决如下问题，谢谢啦
已经有5人回复
- 【求助】请教几个有关表面活性剂的问题(标题要长，金币要多，虚心求指教，额外金币奉�
已经有13人回复
- 【求助】毕业论文的问题（有关酰胺合成）-能解决愿倾家荡产发金币
已经有31人回复
- 【求助/交流】热不对称PCR的问题，回帖就送金币！！多谢帮忙回答的，帮顶的！！
已经有49人回复
- 【求助】50金币求助。EDC或者酰氯酯化反应不完全的问题！有效解决问题可以增加金币
已经有11人回复
- 【求助】求助 程序我问题 解决送80金币
已经有14人回复
- 【请教】关于Ni-Ti形状记忆合金的问题（10个金币求答案）。
已经有7人回复
- 20金币求两个关于CAD的简单问题
已经有9人回复
7楼2013-04-05 08:17:29
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
感谢参与，应助指数 +1
lyfxie8607: 金币+100, ★★★很有帮助 2013-04-04 09:49:23
lyfxie8607: 金币+50 2013-04-04 09:53:18
感谢参与，应助指数 +1
lyfxie8607: 金币+100, ★★★很有帮助 2013-04-04 09:49:23
lyfxie8607: 金币+50 2013-04-04 09:53:18
|
如果膜蛋白具有对称性（cyto 和 extracellular side 很相似），或者在离子穿越方向加了周期性边界条件，可以认为是连续跨膜模型，那末referee是对的。 如果是这种情况的话， nonergodicity problem 是说你的sampling还远不够，许多平衡构象没有sample到，在每一个sampling ABF window，应当sample更长的时间 。建议你做一个长时间的sampling，看看ABF 算出的力的平均值是否一致。如不一致，说明是nonergodicity problem， 你的sampling还不收敛。 |
2楼2013-04-04 02:32:52
lyfxie8607
木虫 (著名写手)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 6397.5
- 散金: 3081
- 红花: 17
- 帖子: 1777
- 在线: 568.6小时
- 虫号: 611974
- 注册: 2008-09-25
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
3楼2013-04-04 09:52:55
lyfxie8607
木虫 (著名写手)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 6397.5
- 散金: 3081
- 红花: 17
- 帖子: 1777
- 在线: 568.6小时
- 虫号: 611974
- 注册: 2008-09-25
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
4楼2013-04-04 09:56:54
lyfxie8607
木虫 (著名写手)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 6397.5
- 散金: 3081
- 红花: 17
- 帖子: 1777
- 在线: 568.6小时
- 虫号: 611974
- 注册: 2008-09-25
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
5楼2013-04-04 20:49:04
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
lyfxie8607: 金币+100, ★★★很有帮助 2013-04-05 10:28:06
lyfxie8607: 金币+50 2013-04-05 10:32:51
lyfxie8607: 金币+100, ★★★很有帮助 2013-04-05 10:28:06
lyfxie8607: 金币+50 2013-04-05 10:32:51
|
金币多少没有关系，如果一些建议能够对你的问题有所帮助，那就很好了。 还是建议你先选几个自由能变化较大的windows（比如在你的图中：0 to -5 angstrom）或者是你认为有可能出错的windows（像-40 to -45）sample更长的时间。 如果没有大的变化， 可以借此新的数据回复编辑和审稿人说明不是 nonergodicity problem。 但是你就必须说明为什么PMF不对称，例如膜两侧的物理几何环境不相同。你还可以把起始和终止的结构（比如 r =-49 和 35的结构），即膜两侧的结构（但必须是平衡结构）拿出来计算能量，如果能量平均值有较大区别，比fluctuation大，说明不对称是对的。 如果是对称的，仔细检查一下数据处理是否正确。否则的话，那是一定要做更多simulations。 希望这些有用。 |
6楼2013-04-05 07:02:10
lyfxie8607
木虫 (著名写手)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 6397.5
- 散金: 3081
- 红花: 17
- 帖子: 1777
- 在线: 568.6小时
- 虫号: 611974
- 注册: 2008-09-25
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
|
感谢您的热心帮助，关于PMF不对称的原因，我又有了一个新的想法，或者说是疑问。 又开了个帖子，有空帮忙看一下。下面是地址 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5719730&page=1#pid2 |
8楼2013-04-05 12:30:10
明月照清渠
金虫 (小有名气)
- 应助: 10 (幼儿园)
- 金币: 3550.4
- 散金: 1
- 红花: 3
- 帖子: 95
- 在线: 69.3小时
- 虫号: 1101813
- 注册: 2010-09-17
- 性别: MM
- 专业: 理论和计算化学
9楼2013-05-06 20:09:23
lyfxie8607
木虫 (著名写手)
- 应助: 24 (小学生)
- 金币: 6397.5
- 散金: 3081
- 红花: 17
- 帖子: 1777
- 在线: 568.6小时
- 虫号: 611974
- 注册: 2008-09-25
- 性别: GG
- 专业: 合成药物化学
10楼2013-05-07 08:55:34
