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lyfxie8607木虫 (著名写手)
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[求助]
300金币求帮忙解决个PMF相关的问题
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所用软件：NAMD 模拟方法：ABF simulation 模拟对象：离子通道（膜蛋白） 单离子穿越通道模拟PMF(Potential means of force) 问题：投文章，审稿人给的意见如下 It is particularly striking that the PMF is asymmetric (different end point values between cytosolic and extracellular sides although - under periodic boundary conditions - the final ion activities are identical). This hints at a massive hysteresis or nonergodicity problem that needs to be clarified and remedied. 大概意思是生成的PMF曲线不对称，我做的两条曲线（红线和蓝线）的起点和终点的差距比较大，图片中的红圈部分所示。审稿人提示说是hysteresis（磁滞）或nonergodicity（非遍历性）的问题。 由于本人对这两个概念不了解，所以求解答。 1.为什么我做的PMF曲线不对称，原因可能有哪些？ 2.在不否定我的结果的基础上，怎么回答这个审稿人提出的问题比较合理？ 3.求解释hysteresis（磁滞）或nonergodicity（非遍历性）的概念，它们和PMF有什么关系？  1.jpg |
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【答案】应助回帖
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lyfxie8607: 金币+100, ★★★很有帮助 2013-04-05 10:28:06
lyfxie8607: 金币+50 2013-04-05 10:32:51
lyfxie8607: 金币+100, ★★★很有帮助 2013-04-05 10:28:06
lyfxie8607: 金币+50 2013-04-05 10:32:51
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金币多少没有关系，如果一些建议能够对你的问题有所帮助，那就很好了。 还是建议你先选几个自由能变化较大的windows（比如在你的图中：0 to -5 angstrom）或者是你认为有可能出错的windows（像-40 to -45）sample更长的时间。 如果没有大的变化， 可以借此新的数据回复编辑和审稿人说明不是 nonergodicity problem。 但是你就必须说明为什么PMF不对称，例如膜两侧的物理几何环境不相同。你还可以把起始和终止的结构（比如 r =-49 和 35的结构），即膜两侧的结构（但必须是平衡结构）拿出来计算能量，如果能量平均值有较大区别，比fluctuation大，说明不对称是对的。 如果是对称的，仔细检查一下数据处理是否正确。否则的话，那是一定要做更多simulations。 希望这些有用。 |
6楼2013-04-05 07:02:10
【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
lyfxie8607: 金币+100, ★★★很有帮助 2013-04-04 09:49:23
lyfxie8607: 金币+50 2013-04-04 09:53:18
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lyfxie8607: 金币+100, ★★★很有帮助 2013-04-04 09:49:23
lyfxie8607: 金币+50 2013-04-04 09:53:18
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如果膜蛋白具有对称性（cyto 和 extracellular side 很相似），或者在离子穿越方向加了周期性边界条件，可以认为是连续跨膜模型，那末referee是对的。 如果是这种情况的话， nonergodicity problem 是说你的sampling还远不够，许多平衡构象没有sample到，在每一个sampling ABF window，应当sample更长的时间 。建议你做一个长时间的sampling，看看ABF 算出的力的平均值是否一致。如不一致，说明是nonergodicity problem， 你的sampling还不收敛。 |
2楼2013-04-04 02:32:52
lyfxie8607
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3楼2013-04-04 09:52:55
lyfxie8607
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4楼2013-04-04 09:56:54