24小时热门版块排行榜    

查看: 2139  |  回复: 9

wf1663070130

金虫 (小有名气)

[求助] 用MS构建出来的亚硫酸分子无法用Discover模块的Minimizer进行最小化

如题,小虫用MS构建出亚硫酸的3D分子,无法用Discover模块的Minimizer进行最小化。亚硫酸分子的结构如下图所示。
检查Log文件“Error: Energy expression: cannot find parameters for consolidated-torsion: O1(o1=)-S1(s3=)-O2(o2)-H1(h1o)”

亚硫酸.jpg
回复此楼
低头,好好干!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-22 19:02:40
力场不行,找不到对应的立场参数,一般用的compass力场,对有些结构不适应,换个立场或者用forcite几何优化试试吧。
2楼2013-04-19 16:58:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wf1663070130

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-19 16:58:57
力场不行,找不到对应的立场参数,一般用的compass力场,对有些结构不适应,换个立场或者用forcite几何优化试试吧。

谢谢,用forcite可以优化,但建盒子的时候依旧需要出问题,后来换了个力场pcff就可以了,但问题又来了,建好盒子后对盒子进行Analysis时又不行了,这一步能改变力场么
低头,好好干!
3楼2013-04-20 18:24:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风雨无情8581

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-19 16:58:57
力场不行,找不到对应的立场参数,一般用的compass力场,对有些结构不适应,换个立场或者用forcite几何优化试试吧。

你好 我做蒙脱石模拟,用UFF力场,但是我看的文献每个都有蒙脱石和水SPC的LJ参数和电荷,这些参数和电荷该怎么用,导入到UFF中还是更改UFF的某些参数 求教

力场参数.png

4楼2013-04-20 18:54:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jwucn

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-04-22 19:02:58
用Dmol模块试一试.

..................................帮您顶一个.....................................
5楼2013-04-20 19:18:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-22 19:03:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-20 18:54:22
你好 我做蒙脱石模拟,用UFF力场,但是我看的文献每个都有蒙脱石和水SPC的LJ参数和电荷,这些参数和电荷该怎么用,导入到UFF中还是更改UFF的某些参数 求教

力场参数.png
...

discover不是修改力场的,这些参数在discover中是用不上的。在forcite中可以改,在力场管理中能该参数。help中就有
6楼2013-04-21 11:30:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)

★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-22 19:03:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by wf1663070130 at 2013-04-20 18:24:54
谢谢,用forcite可以优化,但建盒子的时候依旧需要出问题,后来换了个力场pcff就可以了,但问题又来了,建好盒子后对盒子进行Analysis时又不行了,这一步能改变力场么...

整个过程中应该使用同一种力场,中途最好不要改。建盒子的时候用的AC还是手动建的,AC里面也有力场选择。你可以查查文献,看看什么力场最合适
7楼2013-04-21 11:32:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风雨无情8581

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-21 11:30:17
discover不是修改力场的,这些参数在discover中是用不上的。在forcite中可以改,在力场管理中能该参数。help中就有...

请问可以直接在UFF中把范德华部分的参数更改了吗
8楼2013-04-21 11:38:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
9楼2013-04-21 12:37:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-21 11:38:56
请问可以直接在UFF中把范德华部分的参数更改了吗...

这个真不知道 UFF没有用过
10楼2013-04-21 21:29:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wf1663070130 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[论文投稿] 职称评审,求友友推荐见刊最快的期刊 +5 工厂打螺丝 2026-08-08 5/250 2026-08-14 11:03 by 玖戈弋
[基金申请] 咱们一起用铁证分析2026国家社科基金中标与否 +5 启萌科技 2026-08-12 13/650 2026-08-14 10:53 by lnjx2024
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的,真有人买论文么?感觉没必要啊 +10 Tide man 2026-08-10 11/550 2026-08-14 10:30 by 沁言学术
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[硕博家园] 一作与独作在应聘高校教师时区别大吗 +3 mbygzh 2026-08-08 4/200 2026-08-13 19:31 by 龙-樱
[基金申请] 重要来源:本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了,巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
[基金申请] 结合人工智能,周易传统文化,filecode打分制来了,3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 好奇怪的filecode +5 布布和一二 2026-08-08 6/300 2026-08-12 16:11 by 云上清扬
[基金申请] 综述论文作为代表作会不会影响评审专家的印象分? +11 yufeiwaner 2026-08-09 13/650 2026-08-12 08:17 by yufeiwaner
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 据悉今年马上要出结果了 +7 瞬息宇宙 2026-08-10 8/400 2026-08-10 12:42 by Vivilian
[基金申请] 2026国自然放榜时间 +9 布布和一二 2026-08-08 9/450 2026-08-10 11:22 by xxxx2020
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
[基金申请] fileCode有新解读? +10 Tide man 2026-08-08 18/900 2026-08-09 12:55 by 仁砚薪传
[基金申请] 国基金的申报应该改成非等额制,评价高的钱多评价低的钱少,但是增加资助率 +7 a089 2026-08-07 7/350 2026-08-08 18:05 by gltch
[基金申请] 关于filecode +4 布布和一二 2026-08-07 7/350 2026-08-07 22:55 by zhanghaozhu
[基金申请] 化学口download_prp&fileCode的固定段好像这几天一直没变,有变的大神么? +3 Tide man 2026-08-07 4/200 2026-08-07 22:39 by Tide man
信息提示
请填处理意见