应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 用MS构建出来的亚硫酸分子无法用Discover模块的Minimizer进行最小化
101/1返回列表
查看: 1784  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wf1663070130

金虫 (小有名气)

[求助] 用MS构建出来的亚硫酸分子无法用Discover模块的Minimizer进行最小化

如题，小虫用MS构建出亚硫酸的3D分子，无法用Discover模块的Minimizer进行最小化。亚硫酸分子的结构如下图所示。
检查Log文件“Error: Energy expression: cannot find parameters for consolidated-torsion: O1(o1=)-S1(s3=)-O2(o2)-H1(h1o)”

亚硫酸.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
低头，好好干！
1楼 2013-04-19 10:41:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-22 19:02:40
力场不行，找不到对应的立场参数，一般用的compass力场，对有些结构不适应，换个立场或者用forcite几何优化试试吧。
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-19 16:58:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wf1663070130

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-19 16:58:57
力场不行，找不到对应的立场参数，一般用的compass力场，对有些结构不适应，换个立场或者用forcite几何优化试试吧。

谢谢，用forcite可以优化，但建盒子的时候依旧需要出问题，后来换了个力场pcff就可以了，但问题又来了，建好盒子后对盒子进行Analysis时又不行了，这一步能改变力场么
赞一下 回复此楼
低头，好好干！
3楼2013-04-20 18:24:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风雨无情8581

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-19 16:58:57
力场不行，找不到对应的立场参数，一般用的compass力场，对有些结构不适应，换个立场或者用forcite几何优化试试吧。

你好 我做蒙脱石模拟，用UFF力场，但是我看的文献每个都有蒙脱石和水SPC的LJ参数和电荷，这些参数和电荷该怎么用，导入到UFF中还是更改UFF的某些参数 求教

力场参数.png
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-20 18:54:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jwucn

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-04-22 19:02:58
用Dmol模块试一试.

..................................帮您顶一个.....................................
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-20 19:18:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-22 19:03:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-20 18:54:22
你好 我做蒙脱石模拟，用UFF力场，但是我看的文献每个都有蒙脱石和水SPC的LJ参数和电荷，这些参数和电荷该怎么用，导入到UFF中还是更改UFF的某些参数 求教

力场参数.png
...

discover不是修改力场的，这些参数在discover中是用不上的。在forcite中可以改，在力场管理中能该参数。help中就有
赞一下 回复此楼
6楼2013-04-21 11:30:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-22 19:03:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by wf1663070130 at 2013-04-20 18:24:54
谢谢，用forcite可以优化，但建盒子的时候依旧需要出问题，后来换了个力场pcff就可以了，但问题又来了，建好盒子后对盒子进行Analysis时又不行了，这一步能改变力场么...

整个过程中应该使用同一种力场，中途最好不要改。建盒子的时候用的AC还是手动建的，AC里面也有力场选择。你可以查查文献，看看什么力场最合适
赞一下 回复此楼
7楼2013-04-21 11:32:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风雨无情8581

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-21 11:30:17
discover不是修改力场的，这些参数在discover中是用不上的。在forcite中可以改，在力场管理中能该参数。help中就有...

请问可以直接在UFF中把范德华部分的参数更改了吗
赞一下 回复此楼
8楼2013-04-21 11:38:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangkj
9楼2013-04-21 12:37:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-21 11:38:56
请问可以直接在UFF中把范德华部分的参数更改了吗...

这个真不知道 UFF没有用过
赞一下 回复此楼
10楼2013-04-21 21:29:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wf1663070130 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 5lbyq5wrhb 2026-02-07 4/200 2026-02-08 08:46 by vs90ilomwc
[论文投稿] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 5/250 2026-02-08 08:32 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +3 3rkserf6qr 2026-02-07 4/200 2026-02-08 08:27 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:26 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +5 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:12 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 6/300 2026-02-08 08:07 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 07:52 by vs90ilomwc
[找工作] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 7/350 2026-02-08 07:46 by vs90ilomwc
[考博] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:27 by vs90ilomwc
[教师之家] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:26 by vs90ilomwc
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8 O5 51O 54,科目齐全 +4 2h7du0nuhk 2026-02-07 8/400 2026-02-08 07:07 by vs90ilomwc
[硕博家园] 博士延得我，科研能力直往上蹿 +8 偏振片 2026-02-02 8/400 2026-02-08 06:52 by liyeqik
[教师之家] 有院领导为了换新车，用横向课题经费买了俩车 +7 瞬息宇宙 2026-02-04 7/350 2026-02-07 21:47 by tfang
[有机交流] 酰胺脱乙酰基 10+5 chibby 2026-02-03 12/600 2026-02-07 19:29 by 江东闲人
[基金申请] 同年申请2项不同项目，第1个项目里不写第2个项目的信息，可以吗 +4 hitsdu 2026-02-06 4/200 2026-02-07 13:07 by jurkat.1640
[基金申请] 有时候真觉得大城市人没有县城人甚至个体户幸福 +9 苏东坡二世 2026-02-04 10/500 2026-02-07 12:37 by 小毛球
[考博] 天津大学招2026.09的博士生，欢迎大家推荐交流（博导是本人） +4 a793625982 2026-02-05 5/250 2026-02-07 10:57 by a793625982
[公派出国] CSC & MSCA 博洛尼亚大学能源材料课题组博士/博士后招生｜MSCA经费充足、排名优 +4 雨念 2026-02-01 6/300 2026-02-06 23:32 by MelissaPon
[基金申请] 面上项目申报 +3 Tide man 2026-02-01 3/150 2026-02-05 22:56 by god_tian
[教师之家] 遇见不省心的家人很难过 +18 otani 2026-02-03 22/1100 2026-02-04 11:06 by tangmnt
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭