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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 用MS构建出来的亚硫酸分子无法用Discover模块的Minimizer进行最小化
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wf1663070130

金虫 (小有名气)

[求助] 用MS构建出来的亚硫酸分子无法用Discover模块的Minimizer进行最小化

如题，小虫用MS构建出亚硫酸的3D分子，无法用Discover模块的Minimizer进行最小化。亚硫酸分子的结构如下图所示。
检查Log文件“Error: Energy expression: cannot find parameters for consolidated-torsion: O1(o1=)-S1(s3=)-O2(o2)-H1(h1o)”

亚硫酸.jpg
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低头，好好干！
1楼 2013-04-19 10:41:19
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liuqiang2270

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-22 19:02:40
力场不行，找不到对应的立场参数，一般用的compass力场，对有些结构不适应，换个立场或者用forcite几何优化试试吧。
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2楼2013-04-19 16:58:57
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wf1663070130

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-19 16:58:57
力场不行，找不到对应的立场参数，一般用的compass力场，对有些结构不适应，换个立场或者用forcite几何优化试试吧。

谢谢，用forcite可以优化，但建盒子的时候依旧需要出问题，后来换了个力场pcff就可以了，但问题又来了，建好盒子后对盒子进行Analysis时又不行了，这一步能改变力场么
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低头，好好干！
3楼2013-04-20 18:24:54
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风雨无情8581

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-19 16:58:57
力场不行，找不到对应的立场参数，一般用的compass力场，对有些结构不适应，换个立场或者用forcite几何优化试试吧。

你好 我做蒙脱石模拟，用UFF力场，但是我看的文献每个都有蒙脱石和水SPC的LJ参数和电荷，这些参数和电荷该怎么用，导入到UFF中还是更改UFF的某些参数 求教

力场参数.png
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4楼2013-04-20 18:54:22
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jwucn

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-04-22 19:02:58
用Dmol模块试一试.

..................................帮您顶一个.....................................
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5楼2013-04-20 19:18:18
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liuqiang2270

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-22 19:03:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-20 18:54:22
你好 我做蒙脱石模拟，用UFF力场，但是我看的文献每个都有蒙脱石和水SPC的LJ参数和电荷，这些参数和电荷该怎么用，导入到UFF中还是更改UFF的某些参数 求教

力场参数.png
...

discover不是修改力场的，这些参数在discover中是用不上的。在forcite中可以改，在力场管理中能该参数。help中就有
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6楼2013-04-21 11:30:17
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liuqiang2270

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-22 19:03:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by wf1663070130 at 2013-04-20 18:24:54
谢谢，用forcite可以优化，但建盒子的时候依旧需要出问题，后来换了个力场pcff就可以了，但问题又来了，建好盒子后对盒子进行Analysis时又不行了，这一步能改变力场么...

整个过程中应该使用同一种力场，中途最好不要改。建盒子的时候用的AC还是手动建的，AC里面也有力场选择。你可以查查文献，看看什么力场最合适
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7楼2013-04-21 11:32:54
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风雨无情8581

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-21 11:30:17
discover不是修改力场的，这些参数在discover中是用不上的。在forcite中可以改，在力场管理中能该参数。help中就有...

请问可以直接在UFF中把范德华部分的参数更改了吗
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8楼2013-04-21 11:38:56
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wangkj
9楼2013-04-21 12:37:59
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liuqiang2270

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-21 11:38:56
请问可以直接在UFF中把范德华部分的参数更改了吗...

这个真不知道 UFF没有用过
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10楼2013-04-21 21:29:55
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