应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 用MS构建出来的亚硫酸分子无法用Discover模块的Minimizer进行最小化
101/1返回列表
查看: 1822  |  回复: 9
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wf1663070130

金虫 (小有名气)

[求助] 用MS构建出来的亚硫酸分子无法用Discover模块的Minimizer进行最小化

如题，小虫用MS构建出亚硫酸的3D分子，无法用Discover模块的Minimizer进行最小化。亚硫酸分子的结构如下图所示。
检查Log文件“Error: Energy expression: cannot find parameters for consolidated-torsion: O1(o1=)-S1(s3=)-O2(o2)-H1(h1o)”

亚硫酸.jpg
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
低头，好好干！
1楼 2013-04-19 10:41:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-22 19:02:40
力场不行，找不到对应的立场参数，一般用的compass力场，对有些结构不适应，换个立场或者用forcite几何优化试试吧。
赞一下 回复此楼
2楼2013-04-19 16:58:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wf1663070130

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-19 16:58:57
力场不行，找不到对应的立场参数，一般用的compass力场，对有些结构不适应，换个立场或者用forcite几何优化试试吧。

谢谢，用forcite可以优化，但建盒子的时候依旧需要出问题，后来换了个力场pcff就可以了，但问题又来了，建好盒子后对盒子进行Analysis时又不行了，这一步能改变力场么
赞一下 回复此楼
低头，好好干！
3楼2013-04-20 18:24:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风雨无情8581

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-19 16:58:57
力场不行，找不到对应的立场参数，一般用的compass力场，对有些结构不适应，换个立场或者用forcite几何优化试试吧。

你好 我做蒙脱石模拟，用UFF力场，但是我看的文献每个都有蒙脱石和水SPC的LJ参数和电荷，这些参数和电荷该怎么用，导入到UFF中还是更改UFF的某些参数 求教

力场参数.png
赞一下 回复此楼
4楼2013-04-20 18:54:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jwucn

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★
感谢参与，应助指数 +1
zh1987hs: 金币+1, 谢谢 2013-04-22 19:02:58
用Dmol模块试一试.

..................................帮您顶一个.....................................
赞一下 回复此楼
5楼2013-04-20 19:18:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-22 19:03:12
引用回帖:
4楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-20 18:54:22
你好 我做蒙脱石模拟，用UFF力场，但是我看的文献每个都有蒙脱石和水SPC的LJ参数和电荷，这些参数和电荷该怎么用，导入到UFF中还是更改UFF的某些参数 求教

力场参数.png
...

discover不是修改力场的，这些参数在discover中是用不上的。在forcite中可以改，在力场管理中能该参数。help中就有
赞一下 回复此楼
6楼2013-04-21 11:30:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)
★ ★
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-04-22 19:03:20
引用回帖:
3楼: Originally posted by wf1663070130 at 2013-04-20 18:24:54
谢谢，用forcite可以优化，但建盒子的时候依旧需要出问题，后来换了个力场pcff就可以了，但问题又来了，建好盒子后对盒子进行Analysis时又不行了，这一步能改变力场么...

整个过程中应该使用同一种力场，中途最好不要改。建盒子的时候用的AC还是手动建的，AC里面也有力场选择。你可以查查文献，看看什么力场最合适
赞一下 回复此楼
7楼2013-04-21 11:32:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

风雨无情8581

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by liuqiang2270 at 2013-04-21 11:30:17
discover不是修改力场的，这些参数在discover中是用不上的。在forcite中可以改，在力场管理中能该参数。help中就有...

请问可以直接在UFF中把范德华部分的参数更改了吗
赞一下 回复此楼
8楼2013-04-21 11:38:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangkj
9楼2013-04-21 12:37:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liuqiang2270

金虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 风雨无情8581 at 2013-04-21 11:38:56
请问可以直接在UFF中把范德华部分的参数更改了吗...

这个真不知道 UFF没有用过
赞一下 回复此楼
10楼2013-04-21 21:29:55
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 wf1663070130 的主题更新
101/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料专硕306英一数二 +4 z1z2z3879 2026-03-16 6/300 2026-03-16 19:38 by z1z2z3879
[考研] 283求调剂 +10 小楼。 2026-03-12 14/700 2026-03-16 16:08 by 13811244083
[考研] 312求调剂 +3 陌宸希 2026-03-16 4/200 2026-03-16 15:06 by peike
[考研] 求老师收留调剂 +4 jiang姜66 2026-03-14 5/250 2026-03-15 20:11 by Winj1e
[考研] 机械专硕调剂 +3 笨笨兔子 2026-03-12 3/150 2026-03-15 20:02 by 栗子粥?
[考研] 268求调剂 +5 一定有学上- 2026-03-14 6/300 2026-03-14 22:20 by 运气yunqi
[考研] 中科大材料与化工319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-14 3/150 2026-03-14 20:10 by ms629
[考研] 中科大材料专硕319求调剂 +3 孟鑫材料 2026-03-13 3/150 2026-03-14 18:10 by houyaoxu
[考研] 297一志愿上交085600求调剂 +5 指尖八千里 2026-03-14 5/250 2026-03-14 17:26 by a不易
[考研] 318求调剂 +3 李新光 2026-03-10 3/150 2026-03-14 00:21 by JourneyLucky
[考研] 279求调剂 +3 抓着星星的女孩 2026-03-10 3/150 2026-03-13 23:47 by userper
[考研] 308求调剂 +5 是Lupa啊 2026-03-11 5/250 2026-03-13 22:13 by JourneyLucky
[考研] 求调剂（材料与化工327） +4 爱吃香菜啦 2026-03-11 4/200 2026-03-13 22:11 by JourneyLucky
[考研] 26调剂/材料/英一数二/总分289/已过A区线 +6 步川酷紫123 2026-03-13 6/300 2026-03-13 21:59 by 星空星月
[硕博家园] 085600 260分求调剂 +3 天空还下雨么 2026-03-13 5/250 2026-03-13 18:46 by 天空还下雨么
[考研] 328化工专硕求调剂 +4 。，。，。，。i 2026-03-12 4/200 2026-03-13 14:44 by JourneyLucky
[考研] 296求调剂 +3 大口吃饭 身体健 2026-03-13 3/150 2026-03-13 10:31 by 学员8dgXkO
[考研] 一志愿河海大学085900土木水利专硕279求调剂不挑专业 +4 SunWwWwWw 2026-03-10 8/400 2026-03-13 02:23 by SunWwWwWw
[考研] 290求调剂 +3 柯淮然 2026-03-10 8/400 2026-03-11 13:48 by 柯淮然
[考研] 收调剂 +7 调剂的考研学生 2026-03-10 7/350 2026-03-10 17:57 by 麦茶汤圆
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭