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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 学amber tutorial 遇到参数文件无法产生，急求答案
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倩430

铁虫 (小有名气)

[求助] 学amber tutorial 遇到参数文件无法产生，急求答案

在学习amber tutorial 中例子时，按步骤操作给adna加完电荷后出现大量下列错误信息，这是什么原因呀

> addions adna Na+ 0
20 Na+ ions required to neutralize.
Adding 20 counter ions to "adna" using 1A grid
Used default radius  1.50 for 120 atoms
Grid extends from solute vdw + 5.15  to  11.25
Resolution:      1.00 Angstrom.
grid build: 0 sec
(no solvent present)
Calculating grid charges
charges: 1 sec
Placed Na+ in adna at (-4.02, -4.03, -0.36).
Placed Na+ in adna at (-1.02, 3.97, 25.64).
Placed Na+ in adna at (10.98, -11.03, 11.64).
Placed Na+ in adna at (10.98, 7.97, 18.64).
Placed Na+ in adna at (-3.02, -13.03, 3.64).
Placed Na+ in adna at (-5.02, 2.97, -6.36).
Placed Na+ in adna at (14.98, -4.03, 13.64).
Placed Na+ in adna at (-9.02, 8.97, 26.64).
Placed Na+ in adna at (-11.02, 8.97, 10.64).
Placed Na+ in adna at (-10.02, -3.03, 32.64).
Placed Na+ in adna at (3.98, 9.97, 22.64).
Placed Na+ in adna at (2.98, -15.03, 8.64).
Placed Na+ in adna at (2.98, 13.97, 5.64).
Placed Na+ in adna at (-13.02, -6.03, 15.64).
Placed Na+ in adna at (-1.02, 11.97, -9.36).
Placed Na+ in adna at (-14.02, -2.03, -0.36).
Placed Na+ in adna at (13.98, 3.97, 1.64).
Placed Na+ in adna at (-3.02, -14.03, 20.64).
Placed Na+ in adna at (14.98, 2.97, 14.64).
Placed Na+ in adna at (-0.02, -3.03, 31.64).
> saveamberparm adna a-dna_charges_only.prmtop a-dna_charges_only.inpcrd
Checking Unit.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type.
FATAL:  Atom .R.A does not have a type
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1楼2012-09-25 21:42:10
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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
chaizhm: 金币+3, 很有道理~ 2012-09-26 09:27:33
倩430: 金币+5 2012-09-26 15:03:22
不懂amber
但是这个问题应该比较明了吧，应该是你的输入文件中与参数中的原子类型不对。

这种简单的错误，推荐你google一下，就应该能找到解决的办法，比在这里等待要有效的多。
google  “Atom    does not have a type   amber”

https://www.google.com.hk/search ... =utf-8&oe=UTF-8
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2楼2012-09-25 23:00:18
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倩430

铁虫 (小有名气)
谢谢yao，已解决
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3楼2012-09-26 15:30:28
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倩430

铁虫 (小有名气)
jiaoyixiong
谢谢
赞一下 回复此楼
4楼2012-09-26 15:31:40
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lsg2015

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 倩430 at 2012-09-26 15:31:40
jiaoyixiong
谢谢

求助怎么解决的？
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5楼2016-10-24 20:48:53
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