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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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lufuwei

金虫 (小有名气)

[求助] 求助水分子的粗粒化力场参数,3个4个水分子的都行

存在的问题:martini力场中无粗粒化水的参数,而shinoda2007力场中虽然有水的珠子,但忽略了非键力场参数,现在想在martini力场中使用水的粗粒化模型,不知是否有哪位专家愿意分享水的力场参数,谢谢
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-22 11:07:28
lufuwei: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 已找到p4,谢谢 2013-05-21 09:15:49
谁说MARTINI力场里面没有水的参数的
http://md.chem.rug.nl/cgmartini/ ... TP/martini_v2.2.itp
2楼2013-04-22 10:48:13
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lufuwei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-04-22 10:48:13
谁说MARTINI力场里面没有水的参数的
http://md.chem.rug.nl/cgmartini/images/parameters/ITP/martini_v2.2.itp

没找到里面非键的K值和R值么
3楼2013-04-22 11:29:04
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lufuwei

金虫 (小有名气)

不过看到了Marrink一篇关于水的极化参数的文章了,三个珠子组合的,我想要一个单个珠子的
4楼2013-04-22 11:31:39
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zmy0714

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-03 22:44:02
lufuwei: 金币+5, ★★★很有帮助, 请求力场建立步骤 2013-05-20 15:55:09
引用回帖:
4楼: Originally posted by lufuwei at 2013-04-22 11:31:39
不过看到了Marrink一篇关于水的极化参数的文章了,三个珠子组合的,我想要一个单个珠子的

不知道楼主想用粗粒化力场做什么后续研究;
你可以先建全原子的体系,然后再根据统计规律得出粗粒化的力场参数;不过水分子的粗粒化的非键力场参数,应该是已经有的。
人生第一个五年规划,加油咯
5楼2013-05-03 17:54:43
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lufuwei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-05-03 17:54:43
不知道楼主想用粗粒化力场做什么后续研究;
你可以先建全原子的体系,然后再根据统计规律得出粗粒化的力场参数;不过水分子的粗粒化的非键力场参数,应该是已经有的。...

您好,我现在想做乳化剂粗粒化模拟,现在做三个重原子珠子的时候,发现带胺基的小分子力场不收敛,比如说我得到的乙胺非键能为0.374,然后不管怎么调键长都无法收敛,不知能否提供可靠点的力场建立方法。

我自己的方法还是很原始的,非键就是用blend统计键能和键长,固定键能后调键长,缺陷比较明显,谢谢
6楼2013-05-20 15:59:09
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lufuwei

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-05-03 17:54:43
不知道楼主想用粗粒化力场做什么后续研究;
你可以先建全原子的体系,然后再根据统计规律得出粗粒化的力场参数;不过水分子的粗粒化的非键力场参数,应该是已经有的。...

统计规律如何做,是否也像文献中那样得到相关的曲线图,手工迭代很费事,还会不收敛。是否有编程之外的方法,谢谢
7楼2013-05-20 16:04:47
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