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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 求助水分子的粗粒化力场参数，3个4个水分子的都行
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lufuwei

金虫 (小有名气)

[求助] 求助水分子的粗粒化力场参数，3个4个水分子的都行

存在的问题：martini力场中无粗粒化水的参数，而shinoda2007力场中虽然有水的珠子，但忽略了非键力场参数，现在想在martini力场中使用水的粗粒化模型，不知是否有哪位专家愿意分享水的力场参数，谢谢
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1楼 2013-04-22 10:33:54
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fhh2626

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-04-22 11:07:28
lufuwei: 金币+15, ★★★★★最佳答案, 已找到p4，谢谢 2013-05-21 09:15:49
谁说MARTINI力场里面没有水的参数的
http://md.chem.rug.nl/cgmartini/ ... TP/martini_v2.2.itp
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2楼2013-04-22 10:48:13
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lufuwei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fhh2626 at 2013-04-22 10:48:13
谁说MARTINI力场里面没有水的参数的
http://md.chem.rug.nl/cgmartini/images/parameters/ITP/martini_v2.2.itp

没找到里面非键的K值和R值么
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3楼2013-04-22 11:29:04
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lufuwei

金虫 (小有名气)
不过看到了Marrink一篇关于水的极化参数的文章了，三个珠子组合的，我想要一个单个珠子的
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4楼2013-04-22 11:31:39
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zmy0714

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2013-05-03 22:44:02
lufuwei: 金币+5, ★★★很有帮助, 请求力场建立步骤 2013-05-20 15:55:09
引用回帖:
4楼: Originally posted by lufuwei at 2013-04-22 11:31:39
不过看到了Marrink一篇关于水的极化参数的文章了，三个珠子组合的，我想要一个单个珠子的

不知道楼主想用粗粒化力场做什么后续研究；
你可以先建全原子的体系，然后再根据统计规律得出粗粒化的力场参数；不过水分子的粗粒化的非键力场参数，应该是已经有的。
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人生第一个五年规划，加油咯
5楼2013-05-03 17:54:43
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lufuwei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-05-03 17:54:43
不知道楼主想用粗粒化力场做什么后续研究；
你可以先建全原子的体系，然后再根据统计规律得出粗粒化的力场参数；不过水分子的粗粒化的非键力场参数，应该是已经有的。...

您好，我现在想做乳化剂粗粒化模拟，现在做三个重原子珠子的时候，发现带胺基的小分子力场不收敛，比如说我得到的乙胺非键能为0.374，然后不管怎么调键长都无法收敛，不知能否提供可靠点的力场建立方法。

我自己的方法还是很原始的，非键就是用blend统计键能和键长，固定键能后调键长，缺陷比较明显，谢谢
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6楼2013-05-20 15:59:09
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lufuwei

金虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by zmy0714 at 2013-05-03 17:54:43
不知道楼主想用粗粒化力场做什么后续研究；
你可以先建全原子的体系，然后再根据统计规律得出粗粒化的力场参数；不过水分子的粗粒化的非键力场参数，应该是已经有的。...

统计规律如何做，是否也像文献中那样得到相关的曲线图，手工迭代很费事，还会不收敛。是否有编程之外的方法，谢谢
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7楼2013-05-20 16:04:47
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