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abin007

银虫 (初入文坛)

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[交流] 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�

各位，请教一个问题，我使用NAMD做分子动力学计算，希望能使用AMBER力场，但在生成AMBER的构型和力场文件时总是不顺利，而我现在有现成的psf文件，我想直接使用来自AMBER的力场参数然后写CHARMM格式的力场文件，当然这些参数根据两个力场使用的公式不同进行了转化，我这样处理合理吗？接下来的计算会有什么问题？真诚请教

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1楼 2011-02-22 00:57:29

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bay__gulf

金虫 (著名写手)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-02-22 16:02:17
abin007(金币+2): 2011-02-22 16:38:09

倒是没有大的问题, 有些细节是要注意的, 比如1-4scaling
namd 是可以直接调用amber 力场的, 方法参考
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html

赞一下(1人)

3楼2011-02-22 09:00:07

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