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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用amber制作小分子力场参数时突然遇到的一些问题
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)

[求助] 用amber制作小分子力场参数时突然遇到的一些问题 已有1人参与

现在我按照教程http://ambermd.org/tutorials/basic/tutorial4b/说的一步一步去做，一开始还很顺利，出现的提示和结果都跟教程中说的一样，但是当我走到
Now we can load our sustiva unit (sustiva.mol2):

SUS = loadmol2 sustiva.mol2

If you now type list in tLeap you should see the new SUS unit (highlighted in bold):
这一步时，并没有出现教程中的结果，而是直接退出了tleap如：
> SUS = loadmol2 sustiva.mol2
Loading Mol2 file: ./sustiva.mol2
Reading MOLECULE named SUS
/opt/soft/amber/amber10/bin/tleap: line 8: 23774 Segmentation fault      /opt/soft/amber/amber10/bin/teLeap -I/opt/soft/amber/amber10/dat/leap/prep -I/opt/soft/amber/amber10/dat/leap/lib -I/opt/soft/amber/amber10/dat/leap/parm -I/opt/soft/amber/amber10/dat/leap/cmd $*
这样的结果，求大神们指点，分析一下错误原因，感谢感谢再感谢！
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我们之所以战斗，不是为了改变世界，而是为了不让世界改变我们。
1楼 2014-02-21 20:00:00
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smutao

禁虫 (著名写手)
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2楼2014-02-21 21:17:37
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-02-21 21:17:37
贴出sus.mol2看看

哦，好的，谢谢！
@<TRIPOS>MOLECULE
SUS
   30    32     1     0     0
SMALL
bcc


@<TRIPOS>ATOM
      1 CL         -4.6850  -32.7250   25.2220 cl      999 SUS     -0.073800
      2 F1         -0.7550  -36.6320   25.6970 f       999 SUS     -0.229900
      3 F2          1.0780  -37.0430   24.6720 f       999 SUS     -0.218900
      4 F3         -0.7840  -37.1770   23.6260 f       999 SUS     -0.224600
      5 O1          1.5240  -34.9340   20.9100 o       999 SUS     -0.579100
      6 O2          0.9890  -34.8800   23.0580 os      999 SUS     -0.368600
      7 N          -0.6810  -34.9710   21.4340 n       999 SUS     -0.465000
      8 C1         -1.6620  -34.4140   22.3130 ca      999 SUS      0.093600
      9 C2         -2.9150  -33.9470   21.8430 ca      999 SUS     -0.164600
     10 C3         -3.8380  -33.4230   22.7710 ca      999 SUS     -0.070600
     11 C4         -3.5330  -33.3730   24.1190 ca      999 SUS     -0.018900
     12 C5         -2.3100  -33.8290   24.5930 ca      999 SUS     -0.046500
     13 C6         -1.3860  -34.3780   23.6810 ca      999 SUS     -0.169000
     14 C7         -0.0020  -34.9570   24.1440 c3      999 SUS      0.313700
     15 C8          0.5520  -34.2360   25.3150 c1      999 SUS     -0.191900
     16 C9          0.9850  -33.6570   26.2410 c1      999 SUS      0.015500
     17 C10         1.6050  -32.8020   27.5860 cx      999 SUS     -0.084200
     18 C11         2.8080  -33.0830   27.6390 cx      999 SUS     -0.107100
     19 C12         2.4040  -31.9800   27.1230 cx      999 SUS     -0.107700
     20 C13        -0.1210  -36.4720   24.5390 c3      999 SUS      0.613700
     21 C14         0.6650  -34.9320   21.7250 c       999 SUS      0.828400
     22 H122        2.4720  -31.7980   26.0400 hc      999 SUS      0.086400
     23 H112        3.3480  -33.1000   28.5970 hc      999 SUS      0.078500
     24 H121        2.5850  -31.0170   27.6230 hc      999 SUS      0.078000
     25 H111        3.2350  -33.8820   27.0150 hc      999 SUS      0.087400
     26 H101        0.7840  -32.7610   28.3170 hc      999 SUS      0.104200
     27 HN         -0.9810  -35.4020   20.5830 hn      999 SUS      0.345300
     28 H5         -2.0660  -33.7630   25.6640 ha      999 SUS      0.166600
     29 H3         -4.8110  -33.0500   22.4190 ha      999 SUS      0.156500
     30 H2         -3.1630  -33.9930   20.7720 ha      999 SUS      0.152500
@<TRIPOS>BOND
     1    1   11 1   
     2    2   20 1   
     3    3   20 1   
     4    4   20 1   
     5    5   21 2   
     6    6   14 1   
     7    6   21 1   
     8    7    8 1   
     9    7   21 1   
    10    7   27 1   
    11    8    9 ar  
    12    8   13 ar  
    13    9   10 ar  
    14    9   30 1   
    15   10   11 ar  
    16   10   29 1   
    17   11   12 ar  
    18   12   13 ar  
    19   12   28 1   
    20   13   14 1   
    21   14   15 1   
    22   14   20 1   
    23   15   16 3   
    24   16   17 1   
    25   17   18 1   
    26   17   19 1   
    27   17   26 1   
    28   18   19 1   
    29   18   23 1   
    30   18   25 1   
    31   19   22 1   
    32   19   24 1   
@<TRIPOS>SUBSTRUCTURE
     1 SUS         1 TEMP              0 ****  ****    0 ROOT
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我们之所以战斗，不是为了改变世界，而是为了不让世界改变我们。
3楼2014-02-21 22:22:00
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by smutao at 2014-02-21 21:17:37
贴出sus.mol2看看

这是我拿教程中的pdb按照教程做的，前边唯一的不同就是.mol2文件中的电荷竟然不一样
教程中的电荷是
@<TRIPOS>MOLECULE
SUS
30 32 1 0 0
SMALL
bcc
@<TRIPOS>ATOM
1 CL -4.6850 -32.7250 25.2220 cl 999 SUS -0.073100
2 F1 -0.7550 -36.6320 25.6970 f 999 SUS -0.231400
3 F2 1.0780 -37.0430 24.6720 f 999 SUS -0.221400
4 F3 -0.7840 -37.1770 23.6260 f 999 SUS -0.216800
5 O1 1.5240 -34.9340 20.9100 o 999 SUS -0.573600
6 O2 0.9890 -34.8800 23.0580 os 999 SUS -0.371900
7 N -0.6810 -34.9710 21.4340 n 999 SUS -0.459500
8 C1 -1.6620 -34.4140 22.3130 ca 999 SUS 0.084700
9 C2 -2.9150 -33.9470 21.8430 ca 999 SUS -0.167000
10 C3 -3.8380 -33.4230 22.7710 ca 999 SUS -0.069500
11 C4 -3.5330 -33.3730 24.1190 ca 999 SUS -0.025500
12 C5 -2.3100 -33.8290 24.5930 ca 999 SUS -0.040200
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我们之所以战斗，不是为了改变世界，而是为了不让世界改变我们。
4楼2014-02-21 22:24:53
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)
★ ★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-03-02 18:22:57
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-03 20:05:49
引用回帖:
4楼: Originally posted by 白云鹤TJY at 2014-02-21 22:24:53
这是我拿教程中的pdb按照教程做的，前边唯一的不同就是.mol2文件中的电荷竟然不一样
教程中的电荷是
@<TRIPOS>MOLECULE
SUS
30 32 1 0 0
SMALL
bcc
@<TRIPOS>ATOM
1 CL -4.6850 -32.7250 25.2 ...

我得到的sus.mol2是跟教程上一样的，但也出现了和你一样的错误，请问你的在这个问题解决了吗？是什么原因？能否指点一下？谢谢啦！
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5楼2014-03-02 09:52:55
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-03 20:05:43
我的输第一个antechamber命令时提示，can' open CONNECT.TENP.......

[ 发自小木虫客户端 ]
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6楼2014-03-02 15:13:57
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-03-03 20:05:39
那个命令是：antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb -o sustiva.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2，
提示出错的信息是：Cannot open CONNECT.TPL , exit
求解决………………
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7楼2014-03-02 19:16:53
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by fanghongmei at 2014-03-02 09:52:55
我得到的sus.mol2是跟教程上一样的，但也出现了和你一样的错误，请问你的在这个问题解决了吗？是什么原因？能否指点一下？谢谢啦！...

您好！我的这个问题前段时给搁置了，现在又要重新捡起来，请问您的小分子力场参数文件制备出来了吗？
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我们之所以战斗，不是为了改变世界，而是为了不让世界改变我们。
8楼2014-05-20 10:43:32
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白云鹤TJY

新虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 老曼7 at 2014-03-02 19:16:53
那个命令是：antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb -o sustiva.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2，
提示出错的信息是：Cannot open CONNECT.TPL , exit
求解决………………

您好！很抱歉当时没有回复您的消息，因为前段时间别的原因，我这个事情给搁置了一段，请问您现在问题解决了吗？
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我们之所以战斗，不是为了改变世界，而是为了不让世界改变我们。
9楼2014-05-20 10:44:59
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fanghongmei

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 白云鹤TJY at 2014-05-20 10:43:32
您好！我的这个问题前段时给搁置了，现在又要重新捡起来，请问您的小分子力场参数文件制备出来了吗？...

我把mol2文件中的残基号999都改成了1，结果就没有出错了，小分子的参数文件也制备出来了，但我也不知道是什么原因，只是一个偶然的尝试。请问你的问题解决了吗？可否有合理的办法？
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10楼2014-05-21 15:18:00
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