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使用antechamber生成resp电荷时报错
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请教各位大神，自学AMBER很抓狂啊。。。 想得到一个分子的resp电荷信息。之前用gaussian09先生成了*.log文件。输入文件为 hf/6-31g* SCA=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) 使用AMBER进行转化的时候报错，输入命令为 /antechamber -i *.log -fi gout -o *.mol2 -fo mol2 -c resp 出错信息如下 Info: Bond types are assigned for valence state 1 with penalty of 1 Info: the number of the ESP exceeds the MAXESP(20000),extend the size and reallocate the memory automatically Amber 9 RESP Unit 10 Error on OPEN: ANTECHAMBER.ESP Error: cannot run "resp -O -i ANTECHAMBER_RESP1.IN -o ANTECHAMBER_RESP1.OUT -e ANTECHAMBER.ESP -t qout" in resp() of charge.c properly, exit 另外，很想求助、我的体系有四、五十个原子，请问用resp电荷计算和bcc电荷计算差别有多大呢？因为一直resp电荷一直转化不出来，而bcc电荷可以得到。如果区别不是很大的话，就直接用bcc电荷算了。。折腾的我快折寿了。。。。 跪求指导。。。。  [ Last edited by 梦里晓诗 on 2012-12-17 at 16:31 ] |
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 amber |
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梦里晓诗: 金币+1, 谢谢啊，但是我的体系是中性的，而且没有重原子，都是C、H、O、N 2012-12-17 16:58:03
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梦里晓诗: 金币+1, 谢谢啊，但是我的体系是中性的，而且没有重原子，都是C、H、O、N 2012-12-17 16:58:03
| 可以参考一下这篇帖子 http://www.bioms.org/thread-125-1-2.html |
2楼2012-12-17 16:51:46
3楼2012-12-17 21:47:06
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这种情况我以前也类似的遇到过。刚开始接触ANTECHAMBER的时候，不太清楚这个东西到底是啥，所以出错了也就是一头的雾水。期间用GAUSSIAN做过一些结构优化的计算。发现个问题，AMBER自带的量化计算模块的可操作性真的是很差很差。举个例子吧，如果你的体系是带有一个负电荷的，用AMBER自带的量化计算模块来进行小分子力场的构建，一般是会出错的，指定电荷和自旋多重度的方法我也试过，可是总不能得到好结果。建议在时间允许的情况下，采用GAUSSIAN来计算小分子的相关参数信息。有问题的话可以参考本论坛上一篇文章，就是讲这种方法的。做的工作还少，以上言论只代表个人意见，说的不对的地方还请见谅！ http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985 |
5楼2012-12-18 09:22:50
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139564@chen
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