| 查看: 2779 | 回复: 6 | |||
[求助]
使用antechamber生成resp电荷时报错
|
|
请教各位大神，自学AMBER很抓狂啊。。。 想得到一个分子的resp电荷信息。之前用gaussian09先生成了*.log文件。输入文件为 hf/6-31g* SCA=tight Test Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) 使用AMBER进行转化的时候报错，输入命令为 /antechamber -i *.log -fi gout -o *.mol2 -fo mol2 -c resp 出错信息如下 Info: Bond types are assigned for valence state 1 with penalty of 1 Info: the number of the ESP exceeds the MAXESP(20000),extend the size and reallocate the memory automatically Amber 9 RESP Unit 10 Error on OPEN: ANTECHAMBER.ESP Error: cannot run "resp -O -i ANTECHAMBER_RESP1.IN -o ANTECHAMBER_RESP1.OUT -e ANTECHAMBER.ESP -t qout" in resp() of charge.c properly, exit 另外，很想求助、我的体系有四、五十个原子，请问用resp电荷计算和bcc电荷计算差别有多大呢？因为一直resp电荷一直转化不出来，而bcc电荷可以得到。如果区别不是很大的话，就直接用bcc电荷算了。。折腾的我快折寿了。。。。 跪求指导。。。。  [ Last edited by 梦里晓诗 on 2012-12-17 at 16:31 ] |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 amber |
» 猜你喜欢
一志愿北交大材料工程总分358求调剂
已经有6人回复
-
312求调剂
已经有7人回复
-
材料334求调剂
已经有19人回复
-
生物与医药273求调剂
已经有6人回复
-
301求调剂
已经有10人回复
-
专硕0854初试考材科基，求调剂
已经有5人回复
-
0703化学
已经有15人回复
-
0703调剂，一志愿天津大学319分
已经有9人回复
-
085600材料与化工301分求调剂院校
已经有10人回复
-
求调剂
已经有8人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
caixin5120 
木虫 (正式写手)
- 模拟EPI: 1
- 应助: 46 (小学生)
- 金币: 5.9
- 散金: 100
- 红花: 3
- 帖子: 483
- 在线: 158.3小时
- 虫号: 576460
- 注册: 2008-06-20
- 专业: 药物化学
【答案】应助回帖
★
感谢参与，应助指数 +1
梦里晓诗: 金币+1, 谢谢啊，但是我的体系是中性的，而且没有重原子，都是C、H、O、N 2012-12-17 16:58:03
感谢参与，应助指数 +1
梦里晓诗: 金币+1, 谢谢啊，但是我的体系是中性的，而且没有重原子，都是C、H、O、N 2012-12-17 16:58:03
| 可以参考一下这篇帖子 http://www.bioms.org/thread-125-1-2.html |
2楼2012-12-17 16:51:46
3楼2012-12-17 21:47:06
4楼2012-12-17 21:50:05
wangyan10
铁杆木虫 (正式写手)
- 应助: 36 (小学生)
- 金币: 8264.5
- 散金: 68
- 红花: 4
- 帖子: 369
- 在线: 255小时
- 虫号: 1089510
- 注册: 2010-09-04
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
梦里晓诗: 金币+5, ★★★很有帮助, 多谢啊！ 2012-12-20 10:32:39
感谢参与，应助指数 +1
梦里晓诗: 金币+5, ★★★很有帮助, 多谢啊！ 2012-12-20 10:32:39
|
这种情况我以前也类似的遇到过。刚开始接触ANTECHAMBER的时候，不太清楚这个东西到底是啥，所以出错了也就是一头的雾水。期间用GAUSSIAN做过一些结构优化的计算。发现个问题，AMBER自带的量化计算模块的可操作性真的是很差很差。举个例子吧，如果你的体系是带有一个负电荷的，用AMBER自带的量化计算模块来进行小分子力场的构建，一般是会出错的，指定电荷和自旋多重度的方法我也试过，可是总不能得到好结果。建议在时间允许的情况下，采用GAUSSIAN来计算小分子的相关参数信息。有问题的话可以参考本论坛上一篇文章，就是讲这种方法的。做的工作还少，以上言论只代表个人意见，说的不对的地方还请见谅！ http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3052985 |
5楼2012-12-18 09:22:50
6楼2012-12-20 14:24:50
139564@chen
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 2170.6
- 红花: 1
- 帖子: 134
- 在线: 227.3小时
- 虫号: 1607763
- 注册: 2012-02-09
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
7楼2013-12-04 15:25:29
