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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 用amber制作小分子力场参数时突然遇到的一些问题
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老曼7

铁杆木虫 (正式写手)
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:39:30
引用回帖:
9楼: Originally posted by 白云鹤TJY at 2014-05-20 10:44:59
您好！很抱歉当时没有回复您的消息，因为前段时间别的原因，我这个事情给搁置了一段，请问您现在问题解决了吗？...

把pdb里的连接信息删除

[ 发自小木虫客户端 ]
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11楼2014-05-25 18:30:24
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sunlu_56789

银虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
7楼: Originally posted by 老曼7 at 2014-03-02 19:16:53
那个命令是：antechamber -i sustiva_new.pdb -fi pdb -o sustiva.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 2，
提示出错的信息是：Cannot open CONNECT.TPL , exit
求解决………………

我也遇到了这个问题，我用which antechamber 查看它的具体路径之后发现，它引用的是DOCK6.6的程序，所以可以将AMBERHOME的环境变量调到DOCK6.6之上，或者在不用dock6.6的时候，将其注释掉。
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12楼2014-08-07 19:49:49
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冷血孤峰

银虫 (小有名气)
直接段错误哇

发自小木虫IOS客户端
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13楼2021-03-30 00:20:03
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