应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
51/1返回列表
查看: 3638  |  回复: 4
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

abin007

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�

各位，请教一个问题，我使用NAMD做分子动力学计算，希望能使用AMBER力场，但在生成AMBER的构型和力场文件时总是不顺利，而我现在有现成的psf文件，我想直接使用来自AMBER的力场参数然后写CHARMM格式的力场文件，当然这些参数根据两个力场使用的公式不同进行了转化，我这样处理合理吗？接下来的计算会有什么问题？真诚请教
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼 2011-02-22 00:57:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

bay__gulf

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-02-22 16:02:17
abin007(金币+2): 2011-02-22 16:38:09

倒是没有大的问题, 有些细节是要注意的, 比如1-4scaling
namd 是可以直接调用amber 力场的, 方法参考
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2011-02-22 09:00:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答

abin007

银虫 (初入文坛)

自己先来坐个沙发，我上面可能说得还有点模糊，我的意思是直接从AMBER力场文件(像parm99.dat)中抽取键长、键角和二面角的力参数，当然了，对于AMBER力场的原子类型的定义我是分清楚了的
赞一下 回复此楼
2楼2011-02-22 01:11:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wally8962

木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-02-22 16:02:26
abin007(金币+1): 2011-02-22 16:38:31

曾经用这种方式处理过碳管。
要小心。
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2011-02-22 10:06:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

兰S水晶

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:13:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by bay__gulf at 2011-02-22 09:00:07
倒是没有大的问题, 有些细节是要注意的, 比如1-4scaling
namd 是可以直接调用amber 力场的, 方法参考
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html

您好，有个问题想问您一下，我现在也正在做amber2charmm的转换，比例关系是将amber网站上的力场包和charmm力场包里的amber2charmm进行了比较，发现比例关系都是1:1，但是这样转换过来后，生成的键长键角参数有些不对劲，我注意到您提到了1-4scaling，是不是我的比例出错了，能否具体告诉我一下是哪些的比例不是一比一呢？（角，键，二面角，非正常）？
赞一下 回复此楼
5楼2014-05-20 21:14:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 5 个回答
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 271求调剂 +14 2261744733 2026-04-11 15/750 2026-04-11 20:26 by liyun12321
[考研] 求调剂，262机械专硕 +7 嗯yyl 2026-04-08 7/350 2026-04-11 12:40 by zhq0425
[考研] 316求调剂 +4 想读研究生( ?∵ 2026-04-07 4/200 2026-04-11 11:43 by zhq0425
[考研] 农业管理302分求调剂 +3 xuening1 2026-04-10 3/150 2026-04-11 10:18 by zhq0425
[考研] 284求调剂 +12 archer.. 2026-04-10 13/650 2026-04-11 08:44 by zhq0425
[考研] 080500求调剂 +17 黄宇博 2026-04-06 17/850 2026-04-11 08:36 by zhq0425
[考研] 309求调剂 +14 wdhw 2026-04-10 15/750 2026-04-10 21:06 by zhouxiaoyu
[考研] 263能源动力专硕求调剂 +4 加大号饭盒袋 2026-04-10 4/200 2026-04-10 20:52 by gong120082
[考研] 284求调剂 +9 让我上岸吧阿西 2026-04-09 11/550 2026-04-10 19:18 by 靖jing
[考研] 一志愿华东师范生物学326分，求调剂 +8 刘墨墨 2026-04-09 8/400 2026-04-10 12:00 by pengliang8036
[考研] 297求调剂 +27 GENJIOW 2026-04-07 30/1500 2026-04-09 23:20 by wolf97
[考研] 生物学308分求调剂（一志愿华东师大） +13 相信必会光芒万� 2026-04-06 16/800 2026-04-09 13:54 by 徐良白眉大侠
[考研] 一志愿西南大学生物学学硕344 求生物学相关调剂/生物与医药 +7 超人不会飞@ 2026-04-08 7/350 2026-04-09 09:35 by gong120082
[考博] 材料方向考博，求推荐 +3 言语aaa 2026-04-05 4/200 2026-04-08 22:22 by nxgogo
[考研] 材料求调剂 +18 一样YWY 2026-04-05 18/900 2026-04-07 15:49 by dxlg
[考研] 292求调剂 +4 lilllllxccc 2026-04-05 5/250 2026-04-07 09:29 by 纺大杨老师
[考研] 287分求调剂 有专利国奖一志愿哈工大085406 +6 白易辰 2026-04-06 7/350 2026-04-06 22:46 by 875465
[考研] 复试调剂 +5 asdasdassda 2026-04-05 5/250 2026-04-06 09:32 by dongzh2009
[考研] 302分 085601求调剂推荐 +11 zyx上岸！ 2026-04-05 11/550 2026-04-05 22:13 by dongzh2009
[考研] 313求调剂 +3 海日海日 2026-04-04 3/150 2026-04-05 07:48 by 544594351
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭