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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
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abin007

银虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�

各位，请教一个问题，我使用NAMD做分子动力学计算，希望能使用AMBER力场，但在生成AMBER的构型和力场文件时总是不顺利，而我现在有现成的psf文件，我想直接使用来自AMBER的力场参数然后写CHARMM格式的力场文件，当然这些参数根据两个力场使用的公式不同进行了转化，我这样处理合理吗？接下来的计算会有什么问题？真诚请教
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1楼2011-02-22 00:57:29
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abin007

银虫 (初入文坛)

自己先来坐个沙发，我上面可能说得还有点模糊，我的意思是直接从AMBER力场文件(像parm99.dat)中抽取键长、键角和二面角的力参数，当然了，对于AMBER力场的原子类型的定义我是分清楚了的
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2楼2011-02-22 01:11:03
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bay__gulf

金虫 (著名写手)
★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-02-22 16:02:17
abin007(金币+2): 2011-02-22 16:38:09

倒是没有大的问题, 有些细节是要注意的, 比如1-4scaling
namd 是可以直接调用amber 力场的, 方法参考
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html
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3楼2011-02-22 09:00:07
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wally8962

木虫 (著名写手)
★
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-02-22 16:02:26
abin007(金币+1): 2011-02-22 16:38:31

曾经用这种方式处理过碳管。
要小心。
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4楼2011-02-22 10:06:25
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兰S水晶

银虫 (小有名气)
★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-05-30 19:13:08
引用回帖:
3楼: Originally posted by bay__gulf at 2011-02-22 09:00:07
倒是没有大的问题, 有些细节是要注意的, 比如1-4scaling
namd 是可以直接调用amber 力场的, 方法参考
http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html

您好，有个问题想问您一下，我现在也正在做amber2charmm的转换，比例关系是将amber网站上的力场包和charmm力场包里的amber2charmm进行了比较，发现比例关系都是1:1，但是这样转换过来后，生成的键长键角参数有些不对劲，我注意到您提到了1-4scaling，是不是我的比例出错了，能否具体告诉我一下是哪些的比例不是一比一呢？（角，键，二面角，非正常）？
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5楼2014-05-20 21:14:12
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