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【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
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| 各位，请教一个问题，我使用NAMD做分子动力学计算，希望能使用AMBER力场，但在生成AMBER的构型和力场文件时总是不顺利，而我现在有现成的psf文件，我想直接使用来自AMBER的力场参数然后写CHARMM格式的力场文件，当然这些参数根据两个力场使用的公式不同进行了转化，我这样处理合理吗？接下来的计算会有什么问题？真诚请教 |
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2楼2011-02-22 01:11:03
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ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-02-22 16:02:17
abin007(金币+2): 2011-02-22 16:38:09
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-02-22 16:02:17
abin007(金币+2): 2011-02-22 16:38:09
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倒是没有大的问题, 有些细节是要注意的, 比如1-4scaling namd 是可以直接调用amber 力场的, 方法参考 http://www.mdbbs.org/thread-17292-1-1.html |
3楼2011-02-22 09:00:07
4楼2011-02-22 10:06:25
5楼2014-05-20 21:14:12