| 查看: 1634 | 回复: 10 | |||
[交流]
【求助】namd tutorial遇到问题 已有5人参与
|
|||
|
最近开始接触NAMD这种深奥的软件，所以遇到问题多多。 自己的计算机水平实在是。。。 在论坛里也看到同样的问题，所以我就根据上面说的原因一步步的来，结果还是不行。 我把我的操作过程发上来，希望大家给我找出原因。 首先， 在D盘VMD文件夹中新建文件夹namd-tutorial, 在该目录中新建文件夹NAMD，下载完成NAMD2.7b2软件包后，将压缩文件解压到文件夹NAMD中。 然后按照tutorial运行VMD，根据tutorial一步步的进行，直至输入命令： source ubq.pgn之前，1-1-build中的文件显示如图所示：  输入source ubq.pgn之后，VMDTk Console窗口显示如下所示：  上面显示的是在word.pad中生成的ubq.pgn.tx无法找到。 我直接在VMD TK Console中输入命令，如图所示：  我的问题： 1、atomselect 0 是什么意思？是选中原子的个数为0还是只是操作序号？ 2、为什么word.pad中生成的ubq.pgn.tx无法找到路径啊？ 3、在第三个图中调用拓扑文件为什么会出错啊？ 4、resetpsf的作用是什么，一旦输入该命令是不是就得从头开始啊？ 我真的是一步一步做的，但是这个PSF文件就是无法生成，麻烦高手帮忙看看。谢谢！周围没人懂这一块，所以学习进度一直很慢。 [ Last edited by 一步一步 on 2010-4-21 at 12:48 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
283求调剂
已经有11人回复
-
深圳大学硕士招生（2026秋，传感器方向，仅录取第一志愿）
已经有8人回复
-
0703化学调剂
已经有7人回复
-
344求调剂
已经有3人回复
-
304求调剂
已经有4人回复
-
0703化学调剂 290分有科研经历，论文在投
已经有6人回复
-
材料专硕306英一数二
已经有3人回复
-
环境工程调剂
已经有3人回复
-
290求调剂
已经有10人回复
-
321求调剂
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- NAMD分子体系平衡和分子动力学模拟
已经有10人回复
- 交流一下c语言或者Fortran语言怎么应用于namd中
已经有11人回复
- 【求助】在NAMD运行中使用CHARMM格式的力场文件，但力场参数来自AMBER力场，会出问题�
已经有4人回复
- 【求助】做NAMD的1K4C.pdb时候出现的错误
已经有30人回复
- 【求助】各位好：我按照NAMD tutorial做出来的RMSD图没有tutorial漂亮
已经有6人回复
- 【求助】Gromacs和NAMD比Amber快很多吗？如何选择？
已经有7人回复
- 【专家会诊】bay 讨论namd,gmx处理水溶液,蛋白等MD 模拟;讨论水及水通道
已经有50人回复
- 【求助】NAMD和Gromacs哪个简单？
已经有5人回复
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
- 贵宾: 4.85
- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
- 虫号: 592012
- 注册: 2008-09-03
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-04-21 12:17
一步一步(金币+5): 2010-04-21 13:05
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-04-21 12:17
一步一步(金币+5): 2010-04-21 13:05
|
不是这个软件深奥, 是你不会用windows 而已 1、atomselect 0 是什么意思？是选中原子的个数为0还是只是操作序号？ atomselect 返回一个数据类型, 其中包含一系列原子的给类信息 atomselect0 是这个类型的数值, ubq 是个变量存储了这个数值 对ubq 操作, 就是对选择的那些原子操作了, 比如查看ubq 的原子数目 $ubq num 2、为什么word.pad中生成的ubq.pgn.tx无法找到路径啊？ 你只有ubq.pgn.tx, 而source 要的是ubq.pgn 当然找不到了 注意后缀, 不要.tx 3、在第三个图中调用拓扑文件为什么会出错啊？ topology top_all27_prot_lipid.inp 一个字符都不要错 4、resetpsf的作用是什么，一旦输入该命令是不是就得从头开始啊？ 如果成功载入top 文件, 可以在这一步之后开始 |
2楼2010-04-21 12:04:14
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一步一步: 金币+9, 恩，很感谢回复。之前用这个软件也是钻研了很久，非常感谢分享！！ 2013-05-22 15:35:00
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一步一步: 金币+9, 恩，很感谢回复。之前用这个软件也是钻研了很久，非常感谢分享！！ 2013-05-22 15:35:00
|
我终于找到答案了。“”输入完成之后，保存文件。注意文件保存在1-1-build目录中， 文件名为ubq.pgn， 文件类型选择文本文档。然后退出写字板。这样我们便制作了pgn文件，这一文件可以被 psfgen软件包所识别，并处理成我们想要的psf文件。（教程的说法）“”如果按照这样做的话，文件的格式是txt，而不是psfgen软件能识别的pgn格式。 解决方法是，用写字板输入命令后，保存，修改文件的后缀名（既是文件格式，而不是单纯修改文件名。）为pgn。 |
10楼2013-05-21 16:43:58
3楼2010-04-21 12:06:25
4楼2010-04-21 12:08:47
5楼2010-04-21 12:51:46
6楼2010-04-21 12:52:56
arthurii
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 3025.8
- 红花: 2
- 帖子: 902
- 在线: 207.3小时
- 虫号: 816600
- 注册: 2009-07-27
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
7楼2010-04-21 13:56:17
8楼2010-04-21 14:55:56
9楼2010-04-23 17:06:50
20