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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】namd tutorial遇到问题
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一步一步

木虫 (著名写手)

[交流] 【求助】namd tutorial遇到问题 已有5人参与

最近开始接触NAMD这种深奥的软件，所以遇到问题多多。
自己的计算机水平实在是。。。
在论坛里也看到同样的问题，所以我就根据上面说的原因一步步的来，结果还是不行。
我把我的操作过程发上来，希望大家给我找出原因。
首先，
在D盘VMD文件夹中新建文件夹namd-tutorial, 在该目录中新建文件夹NAMD，下载完成NAMD2.7b2软件包后，将压缩文件解压到文件夹NAMD中。
然后按照tutorial运行VMD，根据tutorial一步步的进行，直至输入命令：
source ubq.pgn之前，1-1-build中的文件显示如图所示：


输入source ubq.pgn之后，VMDTk Console窗口显示如下所示：


上面显示的是在word.pad中生成的ubq.pgn.tx无法找到。
我直接在VMD TK Console中输入命令，如图所示：


我的问题：
1、atomselect 0 是什么意思？是选中原子的个数为0还是只是操作序号？
2、为什么word.pad中生成的ubq.pgn.tx无法找到路径啊？
3、在第三个图中调用拓扑文件为什么会出错啊？
4、resetpsf的作用是什么，一旦输入该命令是不是就得从头开始啊？

我真的是一步一步做的，但是这个PSF文件就是无法生成，麻烦高手帮忙看看。谢谢！周围没人懂这一块，所以学习进度一直很慢。

[ Last edited by 一步一步 on 2010-4-21 at 12:48 ]
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1楼 2010-04-21 11:03:39
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州
★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-04-21 12:17
一步一步(金币+5): 2010-04-21 13:05
不是这个软件深奥, 是你不会用windows 而已
1、atomselect 0 是什么意思？是选中原子的个数为0还是只是操作序号？
atomselect 返回一个数据类型, 其中包含一系列原子的给类信息
atomselect0 是这个类型的数值, ubq 是个变量存储了这个数值
对ubq 操作, 就是对选择的那些原子操作了, 比如查看ubq 的原子数目
$ubq  num

2、为什么word.pad中生成的ubq.pgn.tx无法找到路径啊？
你只有ubq.pgn.tx, 而source 要的是ubq.pgn 当然找不到了
注意后缀, 不要.tx

3、在第三个图中调用拓扑文件为什么会出错啊？
topology  top_all27_prot_lipid.inp
一个字符都不要错

4、resetpsf的作用是什么，一旦输入该命令是不是就得从头开始啊？
如果成功载入top 文件, 可以在这一步之后开始
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2楼2010-04-21 12:04:14
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苏祖清

铜虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一步一步: 金币+9, 恩，很感谢回复。之前用这个软件也是钻研了很久，非常感谢分享！！ 2013-05-22 15:35:00
我终于找到答案了。“”输入完成之后，保存文件。注意文件保存在1-1-build目录中， 文件名为ubq.pgn，
文件类型选择文本文档。然后退出写字板。这样我们便制作了pgn文件，这一文件可以被
psfgen软件包所识别，并处理成我们想要的psf文件。（教程的说法）“”如果按照这样做的话，文件的格式是txt，而不是psfgen软件能识别的pgn格式。   解决方法是，用写字板输入命令后，保存，修改文件的后缀名（既是文件格式，而不是单纯修改文件名。）为pgn。
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我来学学
10楼2013-05-21 16:43:58
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普通回帖

caohuiming

铜虫 (初入文坛)
一步一步(金币+1): 2010-04-21 13:06
去掉.txt后缀
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3楼2010-04-21 12:06:25
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caohuiming

铜虫 (初入文坛)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-21 12:17
一步一步(金币+1): 2010-04-21 13:06
拓扑文件名输入错误  少了第一个下划线
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4楼2010-04-21 12:08:47
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by bay__gulf at 2010-04-21 12:04:14:
不是这个软件深奥, 是你不会用windows 而已
1、atomselect 0 是什么意思？是选中原子的个数为0还是只是操作序号？
atomselect 返回一个数据类型, 其中包含一系列原子的给类信息
atomselect0 是这个类型的数值, ...

我知道我是怎么错的了，确实是我不会用Windows，我把拓扑文件输错了。谢谢指教!!!

[ Last edited by 一步一步 on 2010-4-21 at 17:19 ]
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5楼2010-04-21 12:51:46
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by caohuiming at 2010-04-21 12:08:47:
拓扑文件名输入错误  少了第一个下划线

加上第一个下划线也试过了，提示同样的错误。。
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6楼2010-04-21 12:52:56
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arthurii

木虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-04-21 15:00
一步一步(金币+2): 2010-04-21 15:02
你把你解压修改后的文件发上来吧……认真user guide对照一下，不要跳着看，建议要认真看，打印下来，写写注释，要不很多东西很容易看漏的
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7楼2010-04-21 13:56:17
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一步一步

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by arthurii at 2010-04-21 13:56:17:
你把你解压修改后的文件发上来吧……认真user guide对照一下，不要跳着看，建议要认真看，打印下来，写写注释，要不很多东西很容易看漏的

这是解压后的namd文件夹里面的所有文件：


呵呵，可以了。。。谢谢！！

[ Last edited by 一步一步 on 2010-4-21 at 17:17 ]
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8楼2010-04-21 14:55:56
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caohuiming

铜虫 (初入文坛)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-04-23 17:52
一步一步(金币+2): 2010-04-24 14:00
把example-output文件下的pgn文件拿过来，直接用，再与你自己做得pgn文件对比一下，最后可以发现问题所在
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9楼2010-04-23 17:06:50
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