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【求助】namd tutorial遇到问题 已有5人参与
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最近开始接触NAMD这种深奥的软件，所以遇到问题多多。 自己的计算机水平实在是。。。 在论坛里也看到同样的问题，所以我就根据上面说的原因一步步的来，结果还是不行。 我把我的操作过程发上来，希望大家给我找出原因。 首先， 在D盘VMD文件夹中新建文件夹namd-tutorial, 在该目录中新建文件夹NAMD，下载完成NAMD2.7b2软件包后，将压缩文件解压到文件夹NAMD中。 然后按照tutorial运行VMD，根据tutorial一步步的进行，直至输入命令： source ubq.pgn之前，1-1-build中的文件显示如图所示：  输入source ubq.pgn之后，VMDTk Console窗口显示如下所示：  上面显示的是在word.pad中生成的ubq.pgn.tx无法找到。 我直接在VMD TK Console中输入命令，如图所示：  我的问题： 1、atomselect 0 是什么意思？是选中原子的个数为0还是只是操作序号？ 2、为什么word.pad中生成的ubq.pgn.tx无法找到路径啊？ 3、在第三个图中调用拓扑文件为什么会出错啊？ 4、resetpsf的作用是什么，一旦输入该命令是不是就得从头开始啊？ 我真的是一步一步做的，但是这个PSF文件就是无法生成，麻烦高手帮忙看看。谢谢！周围没人懂这一块，所以学习进度一直很慢。 [ Last edited by 一步一步 on 2010-4-21 at 12:48 ] |
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一步一步: 金币+9, 恩，很感谢回复。之前用这个软件也是钻研了很久，非常感谢分享！！ 2013-05-22 15:35:00
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
一步一步: 金币+9, 恩，很感谢回复。之前用这个软件也是钻研了很久，非常感谢分享！！ 2013-05-22 15:35:00
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我终于找到答案了。“”输入完成之后，保存文件。注意文件保存在1-1-build目录中， 文件名为ubq.pgn， 文件类型选择文本文档。然后退出写字板。这样我们便制作了pgn文件，这一文件可以被 psfgen软件包所识别，并处理成我们想要的psf文件。（教程的说法）“”如果按照这样做的话，文件的格式是txt，而不是psfgen软件能识别的pgn格式。 解决方法是，用写字板输入命令后，保存，修改文件的后缀名（既是文件格式，而不是单纯修改文件名。）为pgn。 |
10楼2013-05-21 16:43:58
bay__gulf
金虫 (著名写手)
刘苏州
- 模拟EPI: 8
- 应助: 9 (幼儿园)
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- 金币: 2332.8
- 红花: 1
- 帖子: 1344
- 在线: 271小时
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- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-04-21 12:17
一步一步(金币+5): 2010-04-21 13:05
ghcacj(金币+5):谢谢 2010-04-21 12:17
一步一步(金币+5): 2010-04-21 13:05
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不是这个软件深奥, 是你不会用windows 而已 1、atomselect 0 是什么意思？是选中原子的个数为0还是只是操作序号？ atomselect 返回一个数据类型, 其中包含一系列原子的给类信息 atomselect0 是这个类型的数值, ubq 是个变量存储了这个数值 对ubq 操作, 就是对选择的那些原子操作了, 比如查看ubq 的原子数目 $ubq num 2、为什么word.pad中生成的ubq.pgn.tx无法找到路径啊？ 你只有ubq.pgn.tx, 而source 要的是ubq.pgn 当然找不到了 注意后缀, 不要.tx 3、在第三个图中调用拓扑文件为什么会出错啊？ topology top_all27_prot_lipid.inp 一个字符都不要错 4、resetpsf的作用是什么，一旦输入该命令是不是就得从头开始啊？ 如果成功载入top 文件, 可以在这一步之后开始 |
2楼2010-04-21 12:04:14
4楼2010-04-21 12:08:47
5楼2010-04-21 12:51:46
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