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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

[交流] 【任务征集】VASP跑分子动力学数据处理方法 已有16人参与

VASP可以做:

结构驰豫、总能计算,电子结构( 态密度和能带结构),电荷密度,bader布局分析,模量和应变,磁性,声子谱等的计算。

这些方面的数据分析读初学者来说,估计有一定难度,希望可以通过举办系列【任务征集】活动,以一个简单的算例来说明演示计算过程和结果分析。

这些内容可以是自己完成的计算,也可以是收集整理已有的例子。

作为开始,希望征集VASP跑分析动力学的数据处理方法。比如均方位移(mean-square displacement, MSD),若干局部能量极小点筛选(这一点对于固体表面小分子的化学吸附点位初始猜测很重要)。

可以提供线索,思路,原理,或者程序代码,一个或者多个方面都欢迎。

希望广大虫子积极分享,集结整理后作为精华资源通过木虫出版rcs发布。奖励方法另行发布,受奖虫子可以参与协商。

小木虫对于原创和分享的奖励,一贯是慷慨的。

[ Last edited by cenwanglai on 2011-4-13 at 14:07 ]
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egogg

木虫 (小有名气)

★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
1282173楼: Originally posted by blueybz at 2012-11-03 02:37:41
请问,能讲讲 怎么把轨迹的坐标输出来吗?...

vmd中,选中轨迹文件,右键-》保存坐标-》然后选择需要导出的帧及文件格式,保存就行了。
我一般是导出需要的那一帧为pdb,然后倒入到ms中,重建晶体就可以恢复晶体结构数据了。
16楼2012-11-03 12:09:40
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查看全部 21 个回答

轻风龙骑士

新虫 (初入文坛)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
初学者,基本的DFT还行。动力学就等待楼下的大侠们了,顶帖
自然如何呈现给我们,取决于我们用多少时间去观察他
2楼2011-04-13 22:51:38
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chaoma95

银虫 (小有名气)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
希望大虾顶贴发表意见
3楼2011-05-11 20:20:13
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enola

捐助贵宾 (正式写手)

★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-04-13 11:05:47:
VASP可以做:

结构驰豫、总能计算,电子结构( 态密度和能带结构),电荷密度,bader布局分析,模量和应变,磁性,声子谱等的计算。

这些方面的数据分析读初学者来说,估计有一定难度,希望可以通过举办系列 ...

大家顶顶顶。。。。。。
timeflies..
4楼2011-05-12 13:38:33
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